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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rue | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV H139A mutant | ||||||
要素 | L-asparaginase II proteinアスパラギナーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Rhizobium etli / amidohydrolases (アミド加水分解酵素) / l-asparaginases / zinc-binding proteins / site-directed mutagenesis | ||||||
機能・相同性 | アスパラギナーゼ / アスパラギナーゼ / metal ion binding / 2-プロパノール / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L-asparaginase II protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhizobium etli (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Worsztynowicz, P. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. | ||||||
資金援助 | ポーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Front Chem / 年: 2024 タイトル: Probing the active site of Class 3 L-asparaginase by mutagenesis. I. Tinkering with the zinc coordination site of ReAV. 著者: Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Worsztynowicz, P. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. #1: ジャーナル: IUCrJ / 年: 2021 タイトル: Structural and biophysical aspects of l-asparaginases: a growing family with amazing diversity. 著者: Loch, J.I. / Jaskolski, M. #2: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Crystal structures of the elusive Rhizobium etli L-asparaginase reveal a peculiar active site. 著者: Loch, J.I. / Imiolczyk, B. / Sliwiak, J. / Wantuch, A. / Bejger, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023 タイトル: Rhizobium etli has two L-asparaginases with low sequence identity but similar structure and catalytic center. 著者: Loch, J.I. / Worsztynowicz, P. / Sliwiak, J. / Grzechowiak, M. / Imiolczyk, B. / Pokrywka, K. / Chwastyk, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rue.cif.gz | 575.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rue.ent.gz | 467.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rue.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/8rue ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/8rue | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8ruaC 8rudC 8rufC 8rugC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
実験データセット #1 | データ参照: 10.18150/F9YMXN / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/F9YMXN |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 39487.801 Da / 分子数: 4 / 変異: H139A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: point mutation H139A / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 遺伝子: ansA, RHE_PE00350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2K0Z2 |
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-非ポリマー , 8種, 1514分子
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-IPA / #5: 化合物 | ChemComp-ZN / #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 22% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bicine pH 9.0, 1% v/v isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9196 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9196 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→77.33 Å / Num. obs: 309393 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 15.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 12.68 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.49 Å / Rmerge(I) obs: 1.322 / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 49331 / CC1/2: 0.608 / Rrim(I) all: 1.427 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→37.87 Å / SU ML: 0.1514 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.7345 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 詳細: Hydrogen atoms were added at riding position. Anisotropic atomic displacement parameters were used.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→37.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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