PDB-8rud: Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV K138A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rud

タイトル

Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV K138A mutant

要素

L-asparaginase II protein

キーワード

HYDROLASE / Rhizobium etli / amidohydrolases / l-asparaginases / zinc-binding proteins / site-directed mutagenesis

機能・相同性

L-asparaginase II / L-asparaginase II / metal ion binding / L-asparaginase II protein

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium etli (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Worsztynowicz, P. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Front Chem / 年: 2024
タイトル: Probing the active site of Class 3 L-asparaginase by mutagenesis. I. Tinkering with the zinc coordination site of ReAV.
著者: Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Worsztynowicz, P. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2024年1月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rud.cif.gz	545 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rud.ent.gz	442.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rud.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8rud_validation.pdf.gz	497.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rud_full_validation.pdf.gz	508.7 KB	表示
XML形式データ	8rud_validation.xml.gz	56.5 KB	表示
CIF形式データ	8rud_validation.cif.gz	80.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/8rud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/8rud	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ruaC 8rueC 8rufC 8rugC 7os3 7os5 7os6 7ou1 7oz6 8cly 8clz 8col 8ori 8osw C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/RBG2F9 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/RBG2F9

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-asparaginase II protein

B: L-asparaginase II protein

C: L-asparaginase II protein

D: L-asparaginase II protein

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: L-asparaginase II protein

B: L-asparaginase II protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
79.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: L-asparaginase II protein

D: L-asparaginase II protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.066, 91.386, 114.547
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.900, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	L-asparaginase II protein 分子量: 39496.770 Da / 分子数: 4 / 変異: K138A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: point mutation K138A / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 遺伝子: ansA, RHE_PE00350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2K0Z2

-
非ポリマー , 5種, 748分子

#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 722 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 22% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bicine pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→113.73 Å / Num. obs: 91345 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.13 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.138 / R_rim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 7.72
反射シェル	解像度: 2.1→2.23 Å / R_merge(I) obs: 0.858 / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 14875 / CC_1/2: 0.571 / R_rim(I) all: 1.046

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→56.86 Å / SU ML: 0.3468 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.6946
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Hydrogen atoms were added at riding position.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2618	999	1.1 %
R_work	0.2059	90120	-
obs	0.2066	91119	97.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→56.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10330	0	106	722	11158

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0096	10812
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0721	14609
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0588	1620
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1942
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.867	4017

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.21	0.3345	143	0.2966	12946	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.21-2.35	0.4068	135	0.3112	12103	X-RAY DIFFRACTION	92.3
2.35-2.53	0.304	143	0.2494	12895	X-RAY DIFFRACTION	98.35
2.53-2.79	0.2695	144	0.2283	13056	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.79-3.19	0.2949	146	0.1962	13121	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.19-4.02	0.224	142	0.1742	12838	X-RAY DIFFRACTION	97.42
4.02-56.86	0.1956	146	0.1549	13161	X-RAY DIFFRACTION	98.38

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.46953810944	4.94973368626	0.777323444717	4.1883051074	0.603097308284	0.735762750468	-0.432736665254	0.176634637561	-0.252124912179	-0.366483088654	0.266644659821	-0.176277536743	-0.0724279952592	-0.0599299114387	0.173969160141	0.149419681918	0.00659787575184	-0.00162084788	0.175327518819	0.0119976481827	0.222611074513	-25.5033262223	51.4125475153	-7.04566758082
2	1.436269685	1.2160987587	-1.40013495404	2.5159812768	-2.06132213524	2.39766842097	-0.0461119285527	0.0738596220485	-0.000189674353834	-0.0615855339057	0.0312281732387	0.0725224858533	0.148181552578	-0.132594385297	-0.00400520243258	0.16591065309	-0.0249897369551	0.00653651075945	0.151335019838	-0.0399730834917	0.190797746108	-39.6116307598	31.6772670949	0.712487550095
3	3.67507966842	0.18623806805	0.120938976317	2.22524145969	-0.339978914084	1.77994352063	-0.0318920253015	-0.0590137426887	0.274867473112	0.0819102497894	-0.0453636437425	-0.118747060784	-0.176402806351	0.116323641958	0.0834602391356	0.234822606652	-0.0426087760111	0.0374659698785	0.196766558895	-0.0275366343332	0.205153331913	-33.0862585349	35.0737996392	21.576960758
4	2.51054781249	2.03314535834	1.17251081679	4.59678703106	0.894585168645	3.51616881331	0.113634555817	0.0242114634662	-0.528421391172	0.105029022038	-0.0353389024995	-0.858913639106	0.332315228693	-0.015815774529	-0.0559178465219	0.19519006711	0.0132763506546	-0.000853673763085	0.171873518635	0.00817468457791	0.244400258188	-35.372842632	19.3515016685	14.0475207699
5	2.00656997144	-0.641540406735	0.35162150628	1.7739994363	-1.31189352479	1.83517405414	-0.0392695931254	0.0333521509714	0.0384216521796	-0.225767514925	0.0140557168873	-0.10835557033	0.294038818331	-0.204412166787	0.0570249818533	0.208512572685	-0.0903401325974	0.0225293388193	0.227199528005	-0.0456886012728	0.257282378032	-38.2667028229	28.0607928839	-0.870186936966
6	2.08933783893	1.92205554936	1.9352730375	8.38971115913	1.00129932762	3.17222411217	-0.0218362483712	0.281176443454	-0.307102086507	0.0148860584099	-0.226244228544	0.39587571984	0.0955229802352	-1.05973919002	0.164953080002	0.179816122859	-0.0627308574909	0.0687457391779	0.440163791511	-0.0290792629642	0.443881006083	-52.1396214891	32.7205904467	4.96810684782
7	1.1389546646	0.525478251387	-0.149406292939	1.20969555857	0.148227065502	0.982653572047	-0.00439623055525	0.0236648633047	0.145087531895	0.0323636614351	-0.00185880020805	0.19749124604	-0.0382732943102	-0.13381443981	0.0175379044804	0.183556899561	0.0188855917253	0.00925876094123	0.193802950041	0.00957016327579	0.274550954582	-37.4201435486	50.1139321181	1.43982962143
8	5.86562440071	6.55748594164	-2.05972631239	7.80919050298	-2.85775813036	1.35926641307	-0.166078684209	0.215106514812	-0.148075271384	-0.476771613764	0.193930285593	0.0294901578242	0.10319968518	-0.0735349563311	-0.0553841700686	0.206737415321	0.0216492182909	0.0292326205383	0.191663140675	-0.0443571336876	0.232965096804	-13.4325178486	41.1160058606	-6.11831135207
9	1.38780937817	0.939281291571	1.87875349177	6.23422909814	0.222029468231	2.74103829051	-0.182279554811	0.28270363669	-0.0302532408517	-0.497470420498	0.087653463859	0.140365235512	-0.0999034483352	0.263094258912	0.0933558206344	0.207265566034	-0.000716424882851	0.0139265451974	0.160995450922	0.0279281008604	0.164700111505	-2.95932054595	53.9850834154	-10.6202112076
10	1.21319082515	0.885818100974	-0.458495577261	0.816982006885	0.0149505709551	1.47133670545	0.0433195036442	-0.0869313660408	0.0843009863815	0.0603212300427	-0.0636116278252	-0.0130360468377	-0.0395641444665	0.0391773741321	0.0153020075346	0.209909160497	-0.0155783618354	-0.0010671623939	0.161949473536	0.00732391933749	0.244664385981	-1.71794192926	64.5616952941	16.4284235115
11	5.69632839853	4.81678408854	-2.79440381182	7.03872768721	-3.72708613591	4.38256252243	0.115202418699	-0.0661022707847	0.0540450556834	0.00111086757904	0.103558215899	0.364003495583	0.166898933763	-0.1930598593	-0.233967970804	0.201788075566	0.00562994708987	-0.00230345762581	0.191551754282	0.0011631006548	0.217625700769	-9.74748833729	61.0523387332	20.1710171991
12	0.609676932435	0.0576705763027	0.104985298255	1.0912490447	0.370084751696	0.80761699681	0.00914546021614	-0.000600104281936	-0.00293332742355	-0.0316363427677	0.0227736167975	-0.112234126909	0.0204262995179	0.079433574963	-0.0285767512898	0.157619262217	-0.0127313379716	0.0325000939785	0.166764561435	0.0064474717486	0.254375763615	0.634868787702	57.6285388647	2.07647744507
13	1.74007705823	1.77410727024	-1.01733285615	2.01866191605	-0.980744751451	1.89469158483	0.114873633983	-0.126069913697	-0.119854305454	-0.0124986372535	-0.0585855338504	-0.186164233122	0.0473209394608	-0.0192307734942	-0.0601584376816	0.198075187963	0.0195867239585	0.0567802841	0.165884202606	-0.00953730520102	0.336817947269	-6.74316413355	35.5505660948	2.867949903
14	6.88345219379	-6.49777601231	2.05742112349	6.85460413993	-2.46718675972	1.16805760219	-0.442124864695	-0.363100758683	-0.0145393690365	0.476935319391	0.429668631182	-0.146306907952	-0.243930782205	-0.0528830504612	-0.0126074222091	0.245799195571	0.00658126019334	0.0438837530023	0.220978130474	-0.0282867457415	0.32275561093	18.8483032761	48.8216622828	63.8964102121
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18	0.735612262125	0.30607226842	-0.0174224202268	1.77209930562	0.117888342218	0.527324342026	0.00693313375279	-0.0535580220494	0.0156448737421	-0.0135322360381	0.0104547887978	-0.139038728125	0.0218311549471	0.143283676843	-0.0114904492297	0.183678393169	0.0123874335439	0.0319865858963	0.228925829013	0.0120695941379	0.266158841837	33.1352328051	33.0584341787	54.6717201106
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20	4.36164105031	-5.46743636861	-2.71354750252	6.87843833359	3.26134017027	2.39984270369	-0.330853125998	-0.528327443038	-0.106574724566	0.235219991407	0.357787540607	-0.0814294257072	0.0349565022602	0.375337863453	-0.0680268920427	0.192858378419	0.00260360855777	0.0458629166821	0.201982475161	0.0140394164653	0.315807108251	6.52863929191	38.6645947868	62.8519686761
21	2.16173376961	-0.653970315169	0.570845742767	1.27754256073	-1.19459510009	1.1225550078	0.00863486051124	-0.399053937426	-0.00802349656832	0.20248813795	-0.0666157441295	0.186419899253	-0.131342617924	-0.105703246991	0.0373580083327	0.249389620485	0.00816981041818	0.0858305194351	0.233389888711	-0.0743121859026	0.257414443586	-3.46789677913	52.2175718247	67.2741483128
22	1.40531716167	0.783196401291	-0.806249457027	0.477079678239	-0.178408747844	2.26895009983	-0.024940380393	0.0686279012384	-0.00674901408275	-0.0733692993144	0.01184320119	0.035516011118	0.0283800238846	-0.0195131690576	0.00935493611739	0.221999015384	0.0241298878476	-0.000731642301482	0.150344379275	-0.00949159486034	0.250653957496	-4.77982357749	62.6815162676	40.573184093
23	4.25495547978	-2.24230313868	-1.48874867346	3.74537235429	1.51616221785	3.57744118038	0.0435232790788	0.306640548847	-0.383359879295	0.0479186309648	0.033965394582	0.00792331494591	0.0993991882124	0.227934429727	-0.0616805852821	0.219468141686	0.026154638254	0.010495249104	0.266916190383	-0.0176896789311	0.246240744039	3.17961929031	59.1230606351	36.6951504866
24	0.998278245716	0.0392105508684	0.0123850538059	2.08815784237	-0.319249341464	1.38530045011	0.0122776466676	0.0532988195161	0.131440823584	0.0418821115184	-0.0319841205694	0.191909074329	0.0205855119982	0.0402957178424	0.0128716050204	0.181995177023	0.0131599847536	0.0417979063781	0.186222033129	-0.00644509601877	0.264989657714	-7.4300215451	64.1117306352	55.1168067481
25	0.888689209023	-0.518518236548	-0.148713187029	0.987440486259	-0.129871032511	0.600578635838	-0.00666403843856	0.0951970087654	-0.0896855425186	-0.0337087329317	-0.0241200522002	0.168518037736	0.0243370957746	-0.0780866795661	0.0307088705564	0.227648799901	-0.00401702819664	0.026523414909	0.186423422216	-0.0019946685493	0.334086946955	-4.71115681119	41.4741222236	53.9205802925

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 4 through 28 )	A	A	4 - 28	1 - 25
2	2	chain 'A' and (resid 29 through 70 )	A	A	29 - 70	26 - 67
3	3	chain 'A' and (resid 71 through 135 )	A	A	71 - 135	68 - 132
4	4	chain 'A' and (resid 136 through 161 )	A	A	136 - 161	133 - 158
5	5	chain 'A' and (resid 162 through 217 )	A	A	162 - 217	159 - 214
6	6	chain 'A' and (resid 218 through 237 )	A	A	218 - 237	215 - 234
7	7	chain 'A' and (resid 238 through 353 )	A	A	238 - 353	235 - 350
8	8	chain 'B' and (resid 4 through 28 )	B	F	4 - 28	1 - 25
9	9	chain 'B' and (resid 29 through 46 )	B	F	29 - 46	26 - 43
10	10	chain 'B' and (resid 47 through 114 )	B	F	47 - 114	44 - 111
11	11	chain 'B' and (resid 115 through 149 )	B	F	115 - 149	112 - 146
12	12	chain 'B' and (resid 150 through 314 )	B	F	150 - 314	147 - 311
13	13	chain 'B' and (resid 315 through 352 )	B	F	315 - 352	312 - 349
14	14	chain 'C' and (resid 4 through 28 )	C	Q	4 - 28	1 - 25
15	15	chain 'C' and (resid 29 through 46 )	C	Q	29 - 46	26 - 43
16	16	chain 'C' and (resid 47 through 114 )	C	Q	47 - 114	44 - 111
17	17	chain 'C' and (resid 115 through 149 )	C	Q	115 - 149	112 - 146
18	18	chain 'C' and (resid 150 through 314 )	C	Q	150 - 314	147 - 311
19	19	chain 'C' and (resid 315 through 352 )	C	Q	315 - 352	312 - 349
20	20	chain 'D' and (resid 4 through 28 )	D	Z	4 - 28	1 - 25
21	21	chain 'D' and (resid 29 through 46 )	D	Z	29 - 46	26 - 43
22	22	chain 'D' and (resid 47 through 114 )	D	Z	47 - 114	44 - 111
23	23	chain 'D' and (resid 115 through 149 )	D	Z	115 - 149	112 - 146
24	24	chain 'D' and (resid 150 through 237 )	D	Z	150 - 237	147 - 234
25	25	chain 'D' and (resid 238 through 352 )	D	Z	238 - 352	235 - 349

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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