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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ro1 | ||||||
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タイトル | Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome double-primed for disassembly (ILS'') | ||||||
要素 |
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キーワード | SPLICING / pre-mRNA splicing / intron lariat spliceosome / gene expression / spliceosome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 feminization of hermaphroditic germ-line / molting cycle / RNA lariat debranching enzyme activator activity / regulation of primary miRNA processing / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / snRNP Assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / germline cell cycle switching, mitotic to meiotic cell cycle ...feminization of hermaphroditic germ-line / molting cycle / RNA lariat debranching enzyme activator activity / regulation of primary miRNA processing / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / snRNP Assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / germline cell cycle switching, mitotic to meiotic cell cycle / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination / vulval development / nematode larval development / egg-laying behavior / post-spliceosomal complex / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / spliceosomal complex disassembly / post-mRNA release spliceosomal complex / apoptotic DNA fragmentation / nuclear mRNA surveillance / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / nuclease activity / U12-type spliceosomal complex / Prp19 complex / snRNP binding / locomotion / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / P granule / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / embryo development ending in birth or egg hatching / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / cyclosporin A binding / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / spliceosomal complex assembly / germ cell development / uterus development / protein K63-linked ubiquitination / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / helicase activity / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / spliceosomal complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / ubiquitin-protein transferase activity / rRNA processing / metallopeptidase activity / ubiquitin protein ligase activity / ribosome biogenesis / protein folding / regulation of gene expression / DNA replication / nucleic acid binding / RNA helicase activity / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA helicase / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Vorlaender, M.K. / Rothe, P. / Plaschka, C. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Mechanism for the initiation of spliceosome disassembly. 著者: Matthias K Vorländer / Patricia Rothe / Justus Kleifeld / Eric D Cormack / Lalitha Veleti / Daria Riabov-Bassat / Laura Fin / Alex W Phillips / Luisa Cochella / Clemens Plaschka / 要旨: Precursor-mRNA (pre-mRNA) splicing requires the assembly, remodelling and disassembly of the multi-megadalton ribonucleoprotein complex called the spliceosome. Recent studies have shed light on ...Precursor-mRNA (pre-mRNA) splicing requires the assembly, remodelling and disassembly of the multi-megadalton ribonucleoprotein complex called the spliceosome. Recent studies have shed light on spliceosome assembly and remodelling for catalysis, but the mechanism of disassembly remains unclear. Here we report cryo-electron microscopy structures of nematode and human terminal intron lariat spliceosomes along with biochemical and genetic data. Our results uncover how four disassembly factors and the conserved RNA helicase DHX15 initiate spliceosome disassembly. The disassembly factors probe large inner and outer spliceosome surfaces to detect the release of ligated mRNA. Two of these factors, TFIP11 and C19L1, and three general spliceosome subunits, SYF1, SYF2 and SDE2, then dock and activate DHX15 on the catalytic U6 snRNA to initiate disassembly. U6 therefore controls both the start and end of pre-mRNA splicing. Taken together, our results explain the molecular basis of the initiation of canonical spliceosome disassembly and provide a framework to understand general spliceosomal RNA helicase control and the discard of aberrant spliceosomes. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 8ro1.cif.gz | 2.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ro1.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8ro1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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文書・要旨 | 8ro1_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ro1_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ro1_validation.xml.gz | 315.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ro1_validation.cif.gz | 522.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/8ro1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/8ro1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 256IN
#1: RNA鎖 | 分子量: 68422.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Full sequence: AUCGCUUCUUCGGCUUAUUAGCUAAGAUCAAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCGUAUUAACCUACGGUAUACACUCGAAUGAGUGUAAUAAAGGUUAUAUGAUUUUUGGAACCUAGGGAAGACUCGGGGCUUGCUCCGACUUCCCAAGGGUCGUCCUGGCGUUGCACUGCUGCCGGGCUCGGCCCAGUCCCC 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 35826.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
#3: RNA鎖 | 分子量: 32483.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 発現宿主: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
#10: RNA鎖 | 分子量: 10348.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
-Pre-mRNA-splicing factor ... , 6種, 6分子 ADXIKMO
#4: タンパク質 | 分子量: 272396.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P34369 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 84495.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q20875, RNA helicase |
#9: タンパク質 | 分子量: 99675.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P91175 |
#12: タンパク質 | 分子量: 27679.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q22417 |
#16: タンパク質 | 分子量: 27719.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q09385 |
#18: タンパク質 | 分子量: 45902.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q22412 |
-タンパク質 , 16種, 20分子 CDJLNPPXQRTFXZbiopqrst
#5: タンパク質 | 分子量: 110612.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q23463 | ||||||
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#6: タンパク質 | 分子量: 31326.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q20716 | ||||||
#11: タンパク質 | 分子量: 88116.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O16376 | ||||||
#13: タンパク質 | 分子量: 85843.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: G5EFC4 | ||||||
#17: タンパク質 | 分子量: 17153.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P34313 | ||||||
#19: タンパク質 | 分子量: 26154.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O45766 | ||||||
#20: タンパク質 | 分子量: 94244.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: G5ECH1 | ||||||
#21: タンパク質 | 分子量: 170397.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9U1Q7 | ||||||
#22: タンパク質 | 分子量: 60303.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q22836 | ||||||
#25: タンパク質 | 分子量: 94421.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q17784 | ||||||
#27: タンパク質 | 分子量: 57466.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: G5EC45 | ||||||
#28: タンパク質 | 分子量: 8135.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q95XJ1 | ||||||
#30: タンパク質 | 分子量: 16768.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P91918 #36: タンパク質 | | 分子量: 28905.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9BLB6 #37: タンパク質 | | 分子量: 24881.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q21323 #38: タンパク質 | 分子量: 53272.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q10051, RING-type E3 ubiquitin transferase |
-WD REPEATS REGION domain-containing ... , 3種, 3分子 ETW
#8: タンパク質 | 分子量: 36865.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q19211 |
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#24: タンパク質 | 分子量: 54766.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: G5EEL2 |
#26: タンパク質 | 分子量: 65385.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O44729 |
-CWF19-like protein ... , 2種, 2分子 L1L2
#14: タンパク質 | 分子量: 59034.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O16216 |
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#15: タンパク質 | 分子量: 53269.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q10946 |
-Peptidyl-prolyl cis-trans ... , 2種, 2分子 Sy
#23: タンパク質 | 分子量: 18547.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q18445, peptidylprolyl isomerase |
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#39: タンパク質 | 分子量: 8825.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9U2S6, peptidylprolyl isomerase |
-Small nuclear ribonucleoprotein Sm ... , 2種, 4分子 ahcj
#29: タンパク質 | 分子量: 14836.212 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q17348 #31: タンパク質 | 分子量: 13724.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: E3LR34 |
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-Probable small nuclear ribonucleoprotein ... , 4種, 8分子 dkelfmgn
#32: タンパク質 | 分子量: 13291.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: MSAQAKPRSEMTAEELAAKEDEEFNVGPLSILTNSVKNNHQVLINCRNNKKLLGRVKAFDRHCNMVLENVKEMWTEVPKTGKGKKKAKSVAKDRFISKMFLRGDSVILVVKNPLAQAE 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q18786 #33: タンパク質 | 分子量: 10625.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9XTU6 #34: タンパク質 | 分子量: 9256.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P34659 #35: タンパク質 | 分子量: 8756.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9N4G9 |
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-非ポリマー , 4種, 17分子
#40: 化合物 | ChemComp-MG / #41: 化合物 | #42: 化合物 | ChemComp-GTP / | #43: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Intron lariat spliceosome (ILS'') / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#39 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 247908 / 対称性のタイプ: POINT |