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- PDB-8pyv: Structure of Human PS-1 GSH-analog complex, solved at wavelength ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pyv
タイトルStructure of Human PS-1 GSH-analog complex, solved at wavelength 2.755 A
要素Prostaglandin E synthase
キーワードIMMUNE SYSTEM / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-E synthase / prostaglandin-E synthase activity / regulation of fever generation / prostaglandin-D synthase activity / glutathione binding / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of prostaglandin secretion / glutathione peroxidase activity / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process ...prostaglandin-E synthase / prostaglandin-E synthase activity / regulation of fever generation / prostaglandin-D synthase activity / glutathione binding / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of prostaglandin secretion / glutathione peroxidase activity / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / nuclear envelope lumen / glutathione transferase / glutathione transferase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / sensory perception of pain / regulation of inflammatory response / cell population proliferation / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Microsomal glutathione S-transferase 1-like / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-48T / PALMITIC ACID / Prostaglandin E synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Duman, R. / El Omari, K. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Wagner, A. / Vogeley, L. / Brown, D.G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Diamond Light Source 英国
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Experimental phasing opportunities for macromolecular crystallography at very long wavelengths.
著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / ...著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / Owen, C.D. / Wittmann, S. / Renner, M. / Senda, M. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Bowden, T.A. / Moraes, I. / Grimes, J.M. / Mancini, E.J. / Walsh, M.A. / Guzzo, C.R. / Owens, R.J. / Jones, E.Y. / Brown, D.G. / Stuart, D.I. / Beis, K. / Wagner, A.
履歴
登録2023年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin E synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1384
ポリマ－17,1231
非ポリマー1,0143
水59433
1
A: Prostaglandin E synthase
ヘテロ分子

A: Prostaglandin E synthase
ヘテロ分子

A: Prostaglandin E synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,41312
ポリマ－51,3703
非ポリマー3,0439
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area10010 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area17830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.200, 77.200, 122.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-324-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Prostaglandin E synthase / Glutathione peroxidase PTGES / Glutathione transferase PTGES / Microsomal glutathione S-transferase ...Glutathione peroxidase PTGES / Glutathione transferase PTGES / Microsomal glutathione S-transferase 1-like 1 / MGST1-L1 / Microsomal prostaglandin E synthase 1 / MPGES-1 / p53-induced gene 12 protein


分子量: 17123.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGES, MGST1L1, MPGES1, PGES, PIG12
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14684, prostaglandin-E synthase, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 化合物 ChemComp-48T / L-gamma-glutamyl-S-(2-biphenyl-4-yl-2-oxoethyl)-L-cysteinylglycine


分子量: 501.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27N3O7S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Tris pH 8 , % PEG400, 100 mM NaCl and 1mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 2.7552 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.7552 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→58.64 Å / Num. obs: 26090 / % possible obs: 97.51 % / 冗長度: 17.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.23
反射 シェル解像度: 1.772→1.836 Å / Num. unique obs: 2383 / CC1/2: 0.21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→58.64 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.58 / 位相誤差: 31.1107
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2138 1276 4.96 %
Rwork0.1979 24460 -
obs0.2127 25736 97.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→58.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1159 0 43 33 1235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01111244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13881682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0528187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0128210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8992185
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.840.53041170.6342181X-RAY DIFFRACTION74.08
1.84-1.930.61241390.50932767X-RAY DIFFRACTION94.73
1.93-2.030.36281470.3522801X-RAY DIFFRACTION95.01
2.03-2.150.2611490.26592796X-RAY DIFFRACTION94.94
2.15-2.320.23231180.23412796X-RAY DIFFRACTION95.95
2.32-2.550.22611600.21472764X-RAY DIFFRACTION94.53
2.56-2.920.1951640.19612767X-RAY DIFFRACTION94.4
2.93-3.680.22461190.18082817X-RAY DIFFRACTION95.95
3.69-58.640.17831430.17392791X-RAY DIFFRACTION95.13
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.0136608101 Å / Origin y: -1.2560639099 Å / Origin z: 49.5994006691 Å
111213212223313233
T0.258189905617 Å20.00381014982209 Å20.000561346834184 Å2-0.257883279113 Å20.00238555277852 Å2--0.228930182538 Å2
L0.267485835479 °2-0.0404106021578 °20.0149831945032 °2-0.352724889462 °2-0.116701283372 °2--0.35897744621 °2
S0.0268236392853 Å °-0.0122344397997 Å °0.00217232236102 Å °-0.00713445036283 Å °-0.0268075162224 Å °-0.0475210042332 Å °0.030095614904 Å °0.0878669762196 Å °-0.00287680827229 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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