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Structure paper

タイトルExperimental phasing opportunities for macromolecular crystallography at very long wavelengths.
ジャーナル・号・ページCommun Chem, Vol. 6, Page 219-219, Year 2023
掲載日2023年7月20日 (構造データの登録日)
著者El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. ...El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / Owen, C.D. / Wittmann, S. / Renner, M. / Senda, M. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Bowden, T.A. / Moraes, I. / Grimes, J.M. / Mancini, E.J. / Walsh, M.A. / Guzzo, C.R. / Owens, R.J. / Jones, E.Y. / Brown, D.G. / Stuart, D.I. / Beis, K. / Wagner, A.
リンクCommun Chem / PubMed:37828292
手法X線回折
解像度1.6 - 3.77 Å
構造データ

PDB-8pwn:
Structure of A2A adenosine receptor A2AR-StaR2-bRIL, solved at wavelength 2.75 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-8px0:
Structure of ribonuclease A, solved at wavelength 2.75 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-8px1:
Structure of salmonella effector SseK3, solved at wavelength 2.75 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-8px4:
Structure of the PAS domain code by the LIC_11128 gene from Leptospira interrogans serovar Copenhageni Fiocruz, solved at wavelength 3.09 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-8px5:
Structure of the RNA recognition motif (RRM) of Seb1 from S. pombe., solved at wavelength 2.75 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.77 Å

PDB-8px7:
Structure of Bacterial Multidrug Efflux transporter AcrB, solved at wavelength 3.02 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.4 Å

PDB-8px9:
Structure of the antibacterial peptide ABC transporter McjD, solved at wavelength 2.75 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-8pxc:
Structure of Fap1, a domain of the accessory Sec-dependent serine-rich glycoprotein adhesin from Streptococcus oralis, solved at wavelength 3.06 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.973 Å

PDB-8pxg:
Structure of Streptactin, solved at wavelength 2.75 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-8pxh:
Structure of TauA from E. coli, solved at wavelength 2.375 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.77 Å

PDB-8pxj:
Structure of Whitewater Arroyo virus GP1 glycoprotein, solved at wavelength 2.75 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.75 Å

PDB-8pxk:
Structure of NADH-DEPENDENT FERREDOXIN REDUCTASE, BPHA4, solved at wavelength 5.76 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.77 Å

PDB-8pxl:
Structure of NADH-DEPENDENT FERREDOXIN REDUCTASE, BPHA4, solved at wavelength 1.37 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-8pyv:
Structure of Human PS-1 GSH-analog complex, solved at wavelength 2.755 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.77 Å

PDB-8pyz:
Structure of Ompk36GD from Klebsiella pneumonia, solved at wavelength 4.13 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-8pz4:
Structure of alginate transporter, AlgE, solved at wavelength 2.755 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.77 Å

PDB-8pz5:
Structure of ThcOx, solved at wavelength 3.099 A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-TEP:
THEOPHYLLINE / テオフィリン / テオフィリン

ChemComp-OLA:
OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-0U:
L-URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 1-(2,4-ジオキソ-1,2,3,4-テトラヒドロピリミジン-1-イル)-1-デオキシ-β-L-リボフラノ-ス5-り(以下略) / ウリジル酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-TAU:
2-AMINOETHANESULFONIC ACID / タウリン / タウリン

ChemComp-IOD:
IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-CD:
Unknown entry

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM / フラビンアデニンジヌクレオチド

ChemComp-FMT:
FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸

ChemComp-48T:
L-gamma-glutamyl-S-(2-biphenyl-4-yl-2-oxoethyl)-L-cysteinylglycine

ChemComp-C8E:
(HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル / C8E, 可溶化剤*YM

ChemComp-LDA:
LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド / LDAO, 可溶化剤*YM / Lauryldimethylamine oxide

ChemComp-FLC:
CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸

ChemComp-78M:
(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE

ChemComp-78N:
(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE

ChemComp-PE5:
3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル / 沈殿剤*YM / ポリエチレングリコール

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN / フラビンモノヌクレオチド

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • bos taurus (ウシ)
  • salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium (サルモネラ菌)
  • leptospira interrogans serovar copenhageni (Leptospira interrogans)
  • schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • streptococcus oralis (バクテリア)
  • streptomyces avidinii (バクテリア)
  • mammarenavirus whitewaterense (ウイルス)
  • pseudomonas sp. kks102 (シュードモナス属)
  • klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
  • pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
  • cyanothece sp. pcc 7425 (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / RNAse A / TOXIN (毒素) / Salmonella -secreted effector SseK3 / UNKNOWN FUNCTION / GGDEF family protein / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RRM / RNA binding protein (RNA結合タンパク質) / efflux pump / ABC transporter / CELL ADHESION (細胞接着) / Sec-dependent serine-rich glycoprotein adhesin / PEPTIDE BINDING PROTEIN / Engineered streptavidin / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / aurine ABC transporter substrate binding protein TauA / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / glycoprotein (糖タンパク質) / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / BPHA4 / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / carbapenemase (Β-ラクタマーゼ) / transporter (運搬体タンパク質) / oxidase (酸化酵素)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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