PDB-8pyz: Structure of Ompk36GD from Klebsiella pneumonia, solved at wavele...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pyz

タイトル

Structure of Ompk36GD from Klebsiella pneumonia, solved at wavelength 4.13 A

要素

OmpK36

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / carbapenemase

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Duman, R. / El Omari, K. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Kwong, H. / Beis, K. / Wagner, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Experimental phasing opportunities for macromolecular crystallography at very long wavelengths.
著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / ...

履歴

登録	2023年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pyz.cif.gz	489.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pyz.ent.gz	336.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pyz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/8pyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/8pyz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pwnC 8px0C 8px1C 8px4C 8px5C 8px7C 8px9C 8pxcC 8pxgC 8pxhC 8pxjC 8pxkC 8pxlC 8pyvC 8pz4C 8pz5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: OmpK36

F: OmpK36

C: OmpK36

ヘテロ分子

117 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	233.033, 74.366, 90.119
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.039, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	PHE	PHE	(chain 'C' and (resid 1 through 141 or resid 145...	C	C	1 - 141	1 - 141
1	2	ASP	ASP	PHE	PHE	(chain 'C' and (resid 1 through 141 or resid 145...	C	C	145 - 347	145 - 347
1	3	LDA	LDA	LDA	LDA	(chain 'C' and (resid 1 through 141 or resid 145...	C	K	402
2	1	GLY	GLY	PHE	PHE	(chain 'E' and (resid 1 through 347 or resid 401))	E	A	1 - 141	1 - 141
2	2	ASP	ASP	PHE	PHE	(chain 'E' and (resid 1 through 347 or resid 401))	E	A	145 - 347	145 - 347
2	3	LDA	LDA	LDA	LDA	(chain 'E' and (resid 1 through 347 or resid 401))	C	J	401
3	1	GLY	GLY	PHE	PHE	(chain 'F' and (resid 1 through 141 or resid 145 through 347 or resid 401))	F	B	1 - 141	1 - 141
3	2	ASP	ASP	PHE	PHE	(chain 'F' and (resid 1 through 141 or resid 145 through 347 or resid 401))	F	B	145 - 347	145 - 347
3	3	LDA	LDA	LDA	LDA	(chain 'F' and (resid 1 through 141 or resid 145 through 347 or resid 401))	E	G	504

#1: タンパク質	OmpK36 / OmpK36 porin / Outer membrane protein C 分子量: 38231.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ompK36, ompC_2, DDJ63_09115, NCTC13443_05288 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6QLY1
#2: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Lithium sulfate, 0.1M sodium citrate pH 5.6 and 12% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 4.1328 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月7日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 4.1328 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→83.53 Å / Num. obs: 77000 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 22.3 % / B_iso Wilson estimate: 48.86 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 24.03
反射シェル	解像度: 2.702→2.799 Å / Num. unique obs: 3499 / CC_1/2: 0.957

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→83.53 Å / SU ML: 0.3544 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.4222
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2408	3792	5.16 %
R_work	0.1979	69705	-
obs	0.2001	73497	95.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→83.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8099	0	97	82	8278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	8366
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5275	11297
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0395	1130
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0023	1508
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.5244	2943

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.73	0.2874	114	0.2595	2092	X-RAY DIFFRACTION	76.25
2.73-2.77	0.3218	146	0.2729	2402	X-RAY DIFFRACTION	90.26
2.77-2.81	0.3232	131	0.2631	2532	X-RAY DIFFRACTION	93.18
2.81-2.85	0.3021	141	0.2563	2498	X-RAY DIFFRACTION	91.31
2.85-2.89	0.3038	124	0.2587	2454	X-RAY DIFFRACTION	91.81
2.89-2.94	0.3015	130	0.2382	2531	X-RAY DIFFRACTION	93.3
2.94-2.98	0.3611	141	0.2443	2557	X-RAY DIFFRACTION	93.13
2.98-3.04	0.3399	136	0.2383	2473	X-RAY DIFFRACTION	94.36
3.04-3.09	0.2533	144	0.2243	2583	X-RAY DIFFRACTION	92.69
3.09-3.15	0.2942	136	0.2282	2523	X-RAY DIFFRACTION	95.3
3.15-3.21	0.2468	137	0.2287	2605	X-RAY DIFFRACTION	94.81
3.21-3.28	0.292	146	0.2212	2527	X-RAY DIFFRACTION	95.26
3.28-3.36	0.2394	144	0.2158	2615	X-RAY DIFFRACTION	95.4
3.36-3.44	0.2783	145	0.1985	2608	X-RAY DIFFRACTION	96.43
3.44-3.54	0.2514	144	0.1987	2616	X-RAY DIFFRACTION	96.03
3.54-3.64	0.2291	141	0.2066	2579	X-RAY DIFFRACTION	96.66
3.64-3.76	0.2488	149	0.1995	2645	X-RAY DIFFRACTION	97.49
3.76-3.89	0.2723	135	0.2051	2667	X-RAY DIFFRACTION	98.56
3.89-4.05	0.2265	144	0.196	2646	X-RAY DIFFRACTION	98.1
4.05-4.23	0.2066	148	0.1687	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.06
4.23-4.46	0.2279	143	0.1607	2660	X-RAY DIFFRACTION	98.8
4.46-4.74	0.1768	146	0.1477	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.2
4.74-5.1	0.1992	152	0.1631	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.1-5.62	0.1903	147	0.1573	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.89
5.62-6.43	0.2576	139	0.1893	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.43-8.1	0.2113	142	0.1983	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.79
8.1-83.53	0.2221	147	0.2142	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.23

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.08985191577 Å / Origin y: 36.6112731869 Å / Origin z: 52.9366931275 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.377383809735 Å²	-0.00224262906157 Å²	-0.0725013787636 Å²	-	0.436213163058 Å²	0.00498577179559 Å²	-	-	0.576723066291 Å²
L	0.334553795137 °²	-0.0541374440603 °²	-0.10718530445 °²	-	0.390220341698 °²	0.0203281979024 °²	-	-	0.305582078965 °²
S	0.0078891094528 Å °	-0.0292624323331 Å °	-0.0329383677024 Å °	0.021691303439 Å °	-0.0156011835871 Å °	-0.0481565657225 Å °	0.0209785411725 Å °	0.0503602188461 Å °	0.0095894972143 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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