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Yorodumi- PDB-8pz4: Structure of alginate transporter, AlgE, solved at wavelength 2.755 A -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8pz4 | ||||||
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Title | Structure of alginate transporter, AlgE, solved at wavelength 2.755 A | ||||||
Components | Alginate production protein AlgE | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / transporter | ||||||
Function / homology | Alginate export domain / Alginate export / alginic acid biosynthetic process / cell outer membrane / (2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / CITRATE ANION / Alginate production protein AlgE Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.77 Å | ||||||
Authors | Duman, R. / El Omari, K. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Wagner, A. / Vogeley, L. / Brown, D.G. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Commun Chem / Year: 2023 Title: Experimental phasing opportunities for macromolecular crystallography at very long wavelengths. Authors: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / ...Authors: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / Owen, C.D. / Wittmann, S. / Renner, M. / Senda, M. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Bowden, T.A. / Moraes, I. / Grimes, J.M. / Mancini, E.J. / Walsh, M.A. / Guzzo, C.R. / Owens, R.J. / Jones, E.Y. / Brown, D.G. / Stuart, D.I. / Beis, K. / Wagner, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8pz4.cif.gz | 263.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8pz4.ent.gz | 174.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8pz4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8pz4_validation.pdf.gz | 4.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8pz4_full_validation.pdf.gz | 4.4 MB | Display | |
Data in XML | 8pz4_validation.xml.gz | 23.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8pz4_validation.cif.gz | 32.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/8pz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/8pz4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8pwnC 8px0C 8px1C 8px4C 8px5C 8px7C 8px9C 8pxcC 8pxgC 8pxhC 8pxjC 8pxkC 8pxlC 8pyvC 8pyzC 8pz5C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 53502.070 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: algE, alg76, PA3544 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P18895 |
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-Non-polymers , 8 types, 210 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / | ||||||||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-FLC / | #5: Chemical | ChemComp-LDA / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-78N / ( #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 7.5 Details: 0.1 M TRIS-HCL, PH 7.5, 0.1 M SODIUM CITRATE, 18 %(W/V) PEG 400. PROTEIN WAS MIXED WITH 7.8 MAG AT RATIO 1:1 (W:W) TO FORM CUBIC PHASE. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I23 / Wavelength: 2.755 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 12M / Detector: PIXEL / Date: Aug 8, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 2.755 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.77→56.58 Å / Num. obs: 88023 / % possible obs: 96.76 % / Redundancy: 26.7 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 27.32 |
Reflection shell | Resolution: 1.77→1.833 Å / Num. unique obs: 4019 / CC1/2: 0.903 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.77→56.58 Å / SU ML: 0.2107 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 24.6529 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.77→56.58 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 15.8123825024 Å / Origin y: 10.0349664802 Å / Origin z: 30.5498486659 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |