[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-8pz4: Structure of alginate transporter, AlgE, solved at wavelength 2.755 A -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8pz4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of alginate transporter, AlgE, solved at wavelength 2.755 A | ||||||
![]() | Alginate production protein AlgE | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / transporter | ||||||
Function / homology | Alginate export domain / Alginate export / alginic acid biosynthetic process / cell outer membrane / (2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / CITRATE ANION / Alginate production protein AlgE![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Duman, R. / El Omari, K. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Wagner, A. / Vogeley, L. / Brown, D.G. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Experimental phasing opportunities for macromolecular crystallography at very long wavelengths. Authors: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / ...Authors: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / Owen, C.D. / Wittmann, S. / Renner, M. / Senda, M. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Bowden, T.A. / Moraes, I. / Grimes, J.M. / Mancini, E.J. / Walsh, M.A. / Guzzo, C.R. / Owens, R.J. / Jones, E.Y. / Brown, D.G. / Stuart, D.I. / Beis, K. / Wagner, A. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 263.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 174.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 4.5 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 4.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8pwnC ![]() 8px0C ![]() 8px1C ![]() 8px4C ![]() 8px5C ![]() 8px7C ![]() 8px9C ![]() 8pxcC ![]() 8pxgC ![]() 8pxhC ![]() 8pxjC ![]() 8pxkC ![]() 8pxlC ![]() 8pyvC ![]() 8pyzC ![]() 8pz5C C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 53502.070 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 8 types, 210 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/78M.gif)
![](data/chem/img/78N.gif)
![](data/chem/img/PE5.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/78M.gif)
![](data/chem/img/78N.gif)
![](data/chem/img/PE5.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-FLC / | #5: Chemical | ChemComp-LDA / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-78N / ( #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.69 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 7.5 Details: 0.1 M TRIS-HCL, PH 7.5, 0.1 M SODIUM CITRATE, 18 %(W/V) PEG 400. PROTEIN WAS MIXED WITH 7.8 MAG AT RATIO 1:1 (W:W) TO FORM CUBIC PHASE. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 12M / Detector: PIXEL / Date: Aug 8, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 2.755 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.77→56.58 Å / Num. obs: 88023 / % possible obs: 96.76 % / Redundancy: 26.7 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 27.32 |
Reflection shell | Resolution: 1.77→1.833 Å / Num. unique obs: 4019 / CC1/2: 0.903 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.77→56.58 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 15.8123825024 Å / Origin y: 10.0349664802 Å / Origin z: 30.5498486659 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: all |