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- PDB-8px7: Structure of Bacterial Multidrug Efflux transporter AcrB, solved ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8px7
タイトルStructure of Bacterial Multidrug Efflux transporter AcrB, solved at wavelength 3.02 A
要素Multidrug efflux pump subunit AcrB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / efflux pump
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Qu, F. / Beis, K. / Wagner, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Diamond Light Source 英国
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Experimental phasing opportunities for macromolecular crystallography at very long wavelengths.
著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / ...著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / Owen, C.D. / Wittmann, S. / Renner, M. / Senda, M. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Bowden, T.A. / Moraes, I. / Grimes, J.M. / Mancini, E.J. / Walsh, M.A. / Guzzo, C.R. / Owens, R.J. / Jones, E.Y. / Brown, D.G. / Stuart, D.I. / Beis, K. / Wagner, A.
履歴
登録2023年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug efflux pump subunit AcrB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,2181
ポリマ－114,2181
非ポリマー00
水00
1
A: Multidrug efflux pump subunit AcrB

A: Multidrug efflux pump subunit AcrB

A: Multidrug efflux pump subunit AcrB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,6533
ポリマ－342,6533
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area20480 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area116260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.300, 145.300, 516.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B


分子量: 114217.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31224

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% PEG 4000, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.1 M AMMONIUM SULPHATE AND 22% V/V GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 3.024 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 3.024 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→28.94 Å / Num. obs: 29410 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 86.9 % / Biso Wilson estimate: 132.83 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1595 / Rpim(I) all: 0.01721 / Rrim(I) all: 0.1604 / Net I/σ(I): 31.15
反射 シェル解像度: 3.4→3.521 Å / 冗長度: 73.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1595 / Mean I/σ(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 2892 / CC1/2: 0.52 / Rpim(I) all: 0.01721 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.4→28.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.528
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 1502 5.11 %RANDOM
Rwork0.301 ---
obs0.302 29404 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 180.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.6499 Å20 Å20 Å2
2---9.6499 Å20 Å2
3---19.2997 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.76 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.4→28.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7854 0 0 0 7854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0098004HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0110870HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2730SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1346HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8004HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.92
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1082SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9207SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.42 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3245 -3.74 %
Rwork0.288 567 -
all0.2893 589 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.8532 Å / Origin y: 61.1108 Å / Origin z: 228.483 Å
111213212223313233
T0.3526 Å20.0665 Å2-0.077 Å2-0.3159 Å2-0.1169 Å2--0.2759 Å2
L0.4716 °2-0.135 °20.1842 °2-0.4933 °20.2906 °2--0.9168 °2
S0.0606 Å °0.1555 Å °-0.3103 Å °-0.0777 Å °-0.0315 Å °0.1147 Å °0.0981 Å °0.1727 Å °-0.029 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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