PDB-8px4: Structure of the PAS domain code by the LIC_11128 gene from Lepto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8px4

タイトル

Structure of the PAS domain code by the LIC_11128 gene from Leptospira interrogans serovar Copenhageni Fiocruz, solved at wavelength 3.09 A

要素

Diguanylate cyclase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / GGDEF family protein

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Leptospira interrogans serovar Copenhageni (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Guzzo, C.R. / Owens, R.J. / Wagner, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Experimental phasing opportunities for macromolecular crystallography at very long wavelengths.
著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / ...

履歴

登録	2023年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8px4.cif.gz	145.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8px4.ent.gz	115.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8px4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8px4_validation.pdf.gz	442.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8px4_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	8px4_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	8px4_validation.cif.gz	16.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8px4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8px4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pwnC 8px0C 8px1C 8px5C 8px7C 8px9C 8pxcC 8pxgC 8pxhC 8pxjC 8pxkC 8pxlC 8pyvC 8pyzC 8pz4C 8pz5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (2) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (2) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (2)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (2)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (2)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Diguanylate cyclase

B: Diguanylate cyclase

C: Diguanylate cyclase

40.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diguanylate cyclase

C: Diguanylate cyclase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
26.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Diguanylate cyclase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.910, 144.560, 48.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Diguanylate cyclase 分子量: 13441.053 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptospira interrogans serovar Copenhageni (バクテリア) 遺伝子: FVE87_03295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6G9EEG0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M BIS-Tris pH 5,5, 17% w/v PEG 10,000, and 0.1 M Ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 3.09 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 3.09 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→72.28 Å / Num. obs: 12470 / % possible obs: 81.04 % / 冗長度: 49.2 % / B_iso Wilson estimate: 64.86 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.08298 / R_pim(I) all: 0.0117 / R_rim(I) all: 0.08386 / Net I/σ(I): 41.69
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / R_merge(I) obs: 1.433 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique obs: 1065 / CC_1/2: 0.636 / % possible all: 78.66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
HKL2Map		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→72.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 21.063 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.951 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27653	549	4.8 %	RANDOM
R_work	0.24152	-	-	-
obs	0.24325	10829	81.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.629 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.77 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.43 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→72.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2667	0	0	7	2674

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	2732
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.656	1.65	3701
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.243	1.576	5860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.035	5	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.063	5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.473	10	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.036	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.898	5.505	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.897	5.504	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.543	9.9	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.543	9.901	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.482	6.427	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.48	6.427	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.673	11.438	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.623	55.92	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.621	55.92	2789
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.385	32	-
R_work	0.294	756	-
obs	-	-	78.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7879	0.1971	0.2418	1.0123	-0.8009	2.5297	0.0335	-0.0276	-0.0359	0.1711	0.1843	0.0796	-0.1727	-0.047	-0.2178	0.1278	0.0552	0.0259	0.071	0.0191	0.0245	26.3097	26.9397	41.5317
2	3.1619	-1.1293	0.0953	2.4882	-0.7067	0.226	0.0072	-0.0753	-0.4736	-0.0921	0.043	0.3555	0.0122	0.0116	-0.0502	0.0656	-0.0449	-0.0233	0.0442	0.0544	0.2157	11.1492	-5.0208	32.6695
3	0.046	0.0283	0.3726	3.346	0.4446	3.0783	-0.0271	0.0074	-0.0286	-0.2492	0.2771	0.1843	-0.1302	0.0593	-0.25	0.1071	-0.0239	-0.0135	0.0731	0.0585	0.0755	18.7895	21.5713	19.2605

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	10 - 116
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	9 - 116

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)