PDB-8px1: Structure of salmonella effector SseK3, solved at wavelength 2.75 A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8px1

タイトル

Structure of salmonella effector SseK3, solved at wavelength 2.75 A

要素

Non-LEE encoded effector protein NleB

キーワード

TOXIN / Salmonella -secreted effector SseK3

機能・相同性

transferase activity / Type III secretion system effector arginine glycosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Esposito, D. / Rittinger, K. / Wagner, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Experimental phasing opportunities for macromolecular crystallography at very long wavelengths.
著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / ...

履歴

登録	2023年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8px1.cif.gz	252.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8px1.ent.gz	204.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8px1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8px1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8px1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pwnC 8px0C 8px4C 8px5C 8px7C 8px9C 8pxcC 8pxgC 8pxhC 8pxjC 8pxkC 8pxlC 8pyvC 8pyzC 8pz4C 8pz5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Non-LEE encoded effector protein NleB

B: Non-LEE encoded effector protein NleB

C: Non-LEE encoded effector protein NleB

D: Non-LEE encoded effector protein NleB

145 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Non-LEE encoded effector protein NleB

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Non-LEE encoded effector protein NleB

登録者が定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Non-LEE encoded effector protein NleB

登録者が定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Non-LEE encoded effector protein NleB

登録者が定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.080, 75.020, 101.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3
4	4
5	5
6	6

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Non-LEE encoded effector protein NleB 分子量: 36301.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: sseK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3V0J4I0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M NaCl and 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 2.7552 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2.7552 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→49.93 Å / Num. obs: 62053 / % possible obs: 77.31 % / 冗長度: 23 % / B_iso Wilson estimate: 36.18 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1655 / R_pim(I) all: 0.03484 / R_rim(I) all: 0.1693 / Net I/σ(I): 13.34
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / R_merge(I) obs: 1.796 / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique obs: 4943 / CC_1/2: 0.703 / R_pim(I) all: 0.3808

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
HKL2Map		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→49.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 11.313 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29317	2978	4.8 %	RANDOM
R_work	0.25187	-	-	-
obs	0.25387	59075	77.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.995 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.8 Å²	0 Å²	-0.32 Å²
2-	-	-3.71 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→49.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9756	0	0	157	9913

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	9980
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.302	1.638	13476
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.372	1.575	21212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.751	5	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.383	23.556	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.242	15	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.944	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11200
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.743	4.348	4892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.74	4.348	4891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.612	6.51	6108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.612	6.511	6109
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.509	4.884	5088
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.509	4.885	5089
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.099	7.113	7369
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.629		40657
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.63		40650
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10263	0.01
1	2	B	10263	0.01
2	1	A	10245	0.02
2	2	C	10245	0.02
3	1	A	10261	0.01
3	2	D	10261	0.01
4	1	B	10249	0.01
4	2	C	10249	0.01
5	1	B	10265	0.01
5	2	D	10265	0.01
6	1	C	10258	0.01
6	2	D	10258	0.01

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.448	177	-
R_work	0.453	3481	-
obs	-	-	62.24 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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