PDB-8px0: Structure of ribonuclease A, solved at wavelength 2.75 A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8px0

タイトル

Structure of ribonuclease A, solved at wavelength 2.75 A

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / RNAse A

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Romano, M. / Beis, K. / Wagner, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Experimental phasing opportunities for macromolecular crystallography at very long wavelengths.
著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / ...

履歴

登録	2023年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8px0.cif.gz	112.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8px0.ent.gz	85.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8px0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8px0_validation.pdf.gz	776.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8px0_full_validation.pdf.gz	778.2 KB	表示
XML形式データ	8px0_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	8px0_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8px0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8px0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pwnC 8px1C 8px4C 8px5C 8px7C 8px9C 8pxcC 8pxgC 8pxhC 8pxjC 8pxkC 8pxlC 8pyvC 8pyzC 8pz4C 8pz5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.980, 32.620, 72.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.16, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-353- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNASE1, RNS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-0U / L-URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE タイプ: L-RNA linking / 分子量: 324.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₉H₁₃N₂O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 mM sodium citrate pH 5.5, 28 % PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 2.7552 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2.7552 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50.01 Å / Num. obs: 17977 / % possible obs: 81.29 % / 冗長度: 17.5 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.09291 / R_pim(I) all: 0.02108 / R_rim(I) all: 0.09543 / Net I/σ(I): 24.67
反射シェル	解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.3414 / Mean I/σ(I) obs: 5.03 / Num. unique obs: 1412 / CC_1/2: 0.915 / R_pim(I) all: 0.12 / R_rim(I) all: 0.3644 / % possible all: 65.04

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
HKL2Map		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 6.065 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23851	903	5 %	RANDOM
R_work	0.20063	-	-	-
obs	0.20252	17074	81.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.321 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.05 Å²	-0 Å²	0.28 Å²
2-	-	1.7 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1875	0	21	139	2035

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.42	1.677	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.467	1.588	4000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.888	5	239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.848	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.021	10	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	432
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.122	2.326	968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.119	2.326	968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.183	4.153	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.182	4.153	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.012	2.628	967
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.011	2.629	968
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.444	4.693	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.244	24.97	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.246	23.78	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	51	-
R_work	0.245	942	-
obs	-	-	62.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4292	0.415	-0.9815	1.2128	0.013	3.1445	0.0733	-0.1801	0.0286	0.2244	0.0151	0.2448	-0.05	-0.0024	-0.0884	0.1336	0.0102	0.0317	0.047	0.0183	0.0622	18.0992	-10.5875	62.3835
2	2.1697	0.2146	0.7477	0.9493	-0.7563	2.7029	-0.0581	-0.1472	0.0346	0.2103	0.0136	-0.0768	-0.0707	0.0431	0.0445	0.1228	0.0171	-0.0154	0.025	-0.0104	0.0104	40.1116	-11.4533	41.1873

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 124

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)