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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8px0 | ||||||
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タイトル | Structure of ribonuclease A, solved at wavelength 2.75 A | ||||||
![]() | Ribonuclease pancreatic | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / RNAse A | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Romano, M. / Beis, K. / Wagner, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Experimental phasing opportunities for macromolecular crystallography at very long wavelengths. 著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / ...著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / Owen, C.D. / Wittmann, S. / Renner, M. / Senda, M. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Bowden, T.A. / Moraes, I. / Grimes, J.M. / Mancini, E.J. / Walsh, M.A. / Guzzo, C.R. / Owens, R.J. / Jones, E.Y. / Brown, D.G. / Stuart, D.I. / Beis, K. / Wagner, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 776.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 778.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8pwnC ![]() 8px1C ![]() 8px4C ![]() 8px5C ![]() 8px7C ![]() 8px9C ![]() 8pxcC ![]() 8pxgC ![]() 8pxhC ![]() 8pxjC ![]() 8pxkC ![]() 8pxlC ![]() 8pyvC ![]() 8pyzC ![]() 8pz4C ![]() 8pz5C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-0U / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 mM sodium citrate pH 5.5, 28 % PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 2.7552 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50.01 Å / Num. obs: 17977 / % possible obs: 81.29 % / 冗長度: 17.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.09291 / Rpim(I) all: 0.02108 / Rrim(I) all: 0.09543 / Net I/σ(I): 24.67 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.3414 / Mean I/σ(I) obs: 5.03 / Num. unique obs: 1412 / CC1/2: 0.915 / Rpim(I) all: 0.12 / Rrim(I) all: 0.3644 / % possible all: 65.04 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.321 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→50.01 Å
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拘束条件 |
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