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- PDB-8p8b: Mycoplasma pneumoniae large ribosomal subunit in chloramphenicol-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p8b
タイトルMycoplasma pneumoniae large ribosomal subunit in chloramphenicol-treated cells
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Trigger factor
  • mRNA
  • nascent peptide
  • tRNA-Ala (E-site)
  • tRNA-Asp (P-site)
  • tRNA-Lys (A-site)
キーワードTRANSLATION / In situ / Ribosome / Chloramphenicol / cryo-ET
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / protein transport / protein folding / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding ...RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / protein transport / protein folding / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / response to antibiotic / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. ...Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / : / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / : / L28p-like / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLORAMPHENICOL / : / LYSINE / PENTANE-1,5-DIAMINE / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / SPERMINE / : / RNA / RNA (> 10) ...CHLORAMPHENICOL / : / LYSINE / PENTANE-1,5-DIAMINE / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / SPERMINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Trigger factor / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Schacherl, M. / Xue, L. / Spahn, C.M.T. / Mahamid, J.
資金援助 米国, ドイツ, 2件
組織認可番号国
Chan Zuckerberg InitiativeVisual Proteomics Imaging 米国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into context-dependent inhibitory mechanisms of chloramphenicol in cells.
著者: Liang Xue / Christian M T Spahn / Magdalena Schacherl / Julia Mahamid /
要旨: Ribosome-targeting antibiotics represent an important class of antimicrobial drugs. Chloramphenicol (Cm) is a well-studied ribosomal peptidyl transferase center (PTC) binder and growing evidence ...Ribosome-targeting antibiotics represent an important class of antimicrobial drugs. Chloramphenicol (Cm) is a well-studied ribosomal peptidyl transferase center (PTC) binder and growing evidence suggests that its inhibitory action depends on the sequence of the nascent peptide. How such selective inhibition on the molecular scale manifests on the cellular level remains unclear. Here, we use cryo-electron tomography to analyze the impact of Cm inside the bacterium Mycoplasma pneumoniae. By resolving the Cm-bound ribosomes to 3.0 Å, we elucidate Cm's coordination with natural nascent peptides and transfer RNAs in the PTC. We find that Cm leads to the accumulation of a number of translation elongation states, indicating ongoing futile accommodation cycles, and to extensive ribosome collisions. We, thus, suggest that, beyond its direct inhibition of protein synthesis, the action of Cm may involve the activation of cellular stress responses. This work exemplifies how in-cell structural biology can expand the understanding of mechanisms of action for extensively studied antibiotics.
履歴
登録2023年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32025年3月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L34
1: 50S ribosomal protein L35
2: 50S ribosomal protein L36
3: 23S ribosomal RNA
4: 5S ribosomal RNA
5: 16S ribosomal RNA
6: tRNA-Ala (E-site)
7: tRNA-Asp (P-site)
8: tRNA-Lys (A-site)
X: Trigger factor
Y: mRNA
Z: nascent peptide
a: 50S ribosomal protein L2
b: 50S ribosomal protein L3
c: 50S ribosomal protein L4
d: 50S ribosomal protein L5
e: 50S ribosomal protein L6
f: 50S ribosomal protein L9
g: 50S ribosomal protein L10
h: 50S ribosomal protein L11
i: 50S ribosomal protein L13
j: 50S ribosomal protein L14
k: 50S ribosomal protein L15
l: 50S ribosomal protein L16
m: 50S ribosomal protein L17
n: 50S ribosomal protein L18
o: 50S ribosomal protein L19
p: 50S ribosomal protein L20
q: 50S ribosomal protein L21
r: 50S ribosomal protein L22
s: 50S ribosomal protein L23
t: 50S ribosomal protein L24
u: 50S ribosomal protein L27
v: 50S ribosomal protein L28
w: 50S ribosomal protein L29
x: 50S ribosomal protein L31
y: 50S ribosomal protein L32
z: 50S ribosomal protein L33 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,044,186304
ポリマ－2,033,79238
非ポリマー10,394266
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area214420 Å2
ΔGint-3496 kcal/mol
Surface area530660 Å2

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 012abcdefghijklmnopqrstuvwxyz

#1: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5616.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P78006
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 6793.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75447
#3: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4400.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P52864
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 31966.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75577
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 31298.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75580
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 23632.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75579
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20270.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: Q50306
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 20624.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: Q50303
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 17185.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75540
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L10


分子量: 17645.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75240
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14803.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75550
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16821.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75178
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13478.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: Q50308
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16768.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: Q50300
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15646.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P41204
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14270.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: Q59547
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13073.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: Q50302
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13870.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75133
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 14742.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P78023
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11664.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P78026
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 17355.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75575
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 25892.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75578
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12461.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: Q50307
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 11527.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75458
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 7549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75171
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 13003.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: Q50310
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 10980.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P78020
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6641.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75238
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L33 1


分子量: 6298.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P78015

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 345678Y

#4: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 940953.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: GenBank: 26117688
#5: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 34796.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: GenBank: 26117688
#6: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 491327.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Sequence comprises 16S rRNA ribonucleotides 1374-1387 and 1463-1480 only.
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: GenBank: 26117688
#7: RNA鎖 tRNA-Ala (E-site)


分子量: 24440.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: GenBank: 26117688
#8: RNA鎖 tRNA-Asp (P-site)


分子量: 24136.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: GenBank: 26117688
#9: RNA鎖 tRNA-Lys (A-site)


分子量: 24401.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: GenBank: 26117688
#11: RNA鎖 mRNA


分子量: 2894.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 XZ

#10: タンパク質 Trigger factor / TF / PPIase


分子量: 51427.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75454, peptidylprolyl isomerase
#12: タンパク質・ペプチド nascent peptide


分子量: 3127.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)

-
非ポリマー , 9種, 266分子

#39: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#40: 化合物 ChemComp-CLM / CHLORAMPHENICOL


分子量: 323.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12Cl2N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#41: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#42: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#43: 化合物
ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#44: 化合物
ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#45: 化合物
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#46: 化合物 ChemComp-N2P / PENTANE-1,5-DIAMINE / カダベリン


分子量: 102.178 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14N2
#47: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Large ribosomal subunit with some elements of the small ribosomal subunit. Focused refinement on 50S subunit of the in situ 70S subunit map.
タイプ: CELL
詳細: Mycoplasma pneumoniae M129 cells treated with chloramphenicol
Entity ID: #1-#8, #10-#38 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4
詳細: The modified Hayflick medium: 14.7g/L Difco PPLO(Becton Dickinson), 20% (v/v) Gibco horse serum(New Zealand origin), 100 mM HEPES-Na; pH 7.4, 1% (w/w) glucose, 0.002% (w/w) phenol red, 1000 U/mL penicillin G.
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Mycoplasma pneumoniae M129 cells were grown on gold Quantifoil grids at 37 Celsius in the modified Hayflick medium. Treatment with chloramphenicol at the final concentration of 0.2 mg/ml was ...詳細: Mycoplasma pneumoniae M129 cells were grown on gold Quantifoil grids at 37 Celsius in the modified Hayflick medium. Treatment with chloramphenicol at the final concentration of 0.2 mg/ml was performed for about 15 minutes before plunge freezing.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細: Back-side blotting for 2-3 seconds before plunging using a manual plunger without an environmental control chamber.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3250 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 3.34 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 137 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 1
詳細: Gatan K3 camera in non-CDS counting mode, targeted dose rate on camera ~20 e/pixel/second, 10 frames per tilt image, constant exposure time for each tilt, pixel size 1.329A
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1PyTom0.9.7.1volume selection
2Warp1.0.9volume selection
3SerialEM3.9画像取得
5Warp1.0.9CTF補正
8Coot0.9.6モデルフィッティングinteractive model building and refinement
9Coot0.9.8.5モデルフィッティングinteractive model building and refinement
10CCP4 package8モデルフィッティングlibG restraints
13RELION3.0.8最終オイラー角割当
14Warp1.0.9最終オイラー角割当
15RELION3.0.8分類
16Warp1.0.9３次元再構成Warp/M
17PHENIX1.20.1_4487モデル精密化real space refine
CTF補正詳細: CTF estimation and 3D CTF correction are done in Warp
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30774 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: half maps from Warp/M / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 139 / Num. of volumes extracted: 30774
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
17OOD

7ood

17OOD1PDBexperimental model
27OOC

7ooc

17OOC2PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004105536
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.597158059
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.15949646
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.02920300
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0058031

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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