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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k2b | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosome with Tigecycline | ||||||
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![]() | RIBOSOME / 39S mitoribosome / Tigecycline / antibiotic | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / Complex I biogenesis / negative regulation of ribosome biogenesis / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Respiratory electron transport / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / iron-sulfur cluster assembly complex ...negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / Complex I biogenesis / negative regulation of ribosome biogenesis / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Respiratory electron transport / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / iron-sulfur cluster assembly complex / translation release factor activity, codon nonspecific / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial large ribosomal subunit binding / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / mitochondrial fission / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / [2Fe-2S] cluster assembly / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / ribosomal large subunit binding / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / acyl carrier activity / anatomical structure morphogenesis / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / aerobic respiration / rescue of stalled ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / fatty acid binding / mitochondrial membrane / fibrillar center / fatty acid biosynthetic process / double-stranded RNA binding / cell junction / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / endonuclease activity / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / cytoplasmic translation / nuclear body / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / cell cycle / protein domain specific binding / nucleotide binding / mRNA binding / apoptotic process / synapse / calcium ion binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
![]() | Li, X. / Wang, M. / Cheng, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for differential inhibition of eukaryotic ribosomes by tigecycline. 著者: Xiang Li / Mengjiao Wang / Timo Denk / Robert Buschauer / Yi Li / Roland Beckmann / Jingdong Cheng / ![]() ![]() 要旨: Tigecycline is widely used for treating complicated bacterial infections for which there are no effective drugs. It inhibits bacterial protein translation by blocking the ribosomal A-site. However, ...Tigecycline is widely used for treating complicated bacterial infections for which there are no effective drugs. It inhibits bacterial protein translation by blocking the ribosomal A-site. However, even though it is also cytotoxic for human cells, the molecular mechanism of its inhibition remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of tigecycline-bound human mitochondrial 55S, 39S, cytoplasmic 80S and yeast cytoplasmic 80S ribosomes. We find that at clinically relevant concentrations, tigecycline effectively targets human 55S mitoribosomes, potentially, by hindering A-site tRNA accommodation and by blocking the peptidyl transfer center. In contrast, tigecycline does not bind to human 80S ribosomes under physiological concentrations. However, at high tigecycline concentrations, in addition to blocking the A-site, both human and yeast 80S ribosomes bind tigecycline at another conserved binding site restricting the movement of the L1 stalk. In conclusion, the observed distinct binding properties of tigecycline may guide new pathways for drug design and therapy. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 223.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 372.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 36837 ![]() 36836 ![]() 36838 ![]() 36839 ![]() 36945 ![]() 38629 ![]() 38630 ![]() 38631 ![]() 38632 ![]() 38633 ![]() 38634 ![]() 38635 ![]() 38636 ![]() 38637 ![]() 38638 ![]() 38639 ![]() 39455 ![]() 39456 ![]() 8k2aC ![]() 8k2cC ![]() 8k2dC ![]() 8k82C ![]() 8xsxC ![]() 8xsyC ![]() 8xszC ![]() 8xt0C ![]() 8xt1C ![]() 8xt2C ![]() 8xt3C ![]() 8yooC ![]() 8yopC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 L1L2
#1: RNA鎖 | 分子量: 500019.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 22022.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
+Large ribosomal subunit protein ... , 47種, 47分子 LBLCLDLILJLKLMLNLOLPLQLSLTLULWLXLaLbLuLdLfLgLhLiLjLkLlLmLnLo...
-Mitochondrial ... , 3種, 3分子 LRuv
#14: タンパク質 | 分子量: 20465.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#53: タンパク質 | 分子量: 26203.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#54: タンパク質 | 分子量: 8460.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-39S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 LVLz
#18: タンパク質 | 分子量: 24369.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#44: タンパク質 | 分子量: 13696.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質 , 1種, 1分子 w
#55: タンパク質 | 分子量: 17434.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 100分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/T1C.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/PNS.gif)
![](data/chem/img/T1C.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/PNS.gif)
#56: 化合物 | ChemComp-MG / #57: 化合物 | ChemComp-T1C / | #58: 化合物 | #59: 化合物 | ChemComp-PNS / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 55S mitoribosome with tigecycline / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#55 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | 詳細: Relion / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12156 / 対称性のタイプ: POINT |