PDB-8jen: Crystal structure of TIGIT in complexed with Ociperlimab, crystal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jen

タイトル

Crystal structure of TIGIT in complexed with Ociperlimab, crystal form II

要素

T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
antibody heavy chain
antibody light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunotherapy / antibody / checkpoint inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of T cell activation / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-10 production / signaling receptor activity / signaling receptor binding / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Sun, J. / Zhang, X.X. / Song, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the unique pH-responsive characteristics of the anti-TIGIT therapeutic antibody Ociperlimab.
著者: Sun, J. / Zhang, X. / Xue, L. / Cheng, L. / Zhang, J. / Chen, X. / Shen, Z. / Li, K. / Wang, L. / Huang, C. / Song, J.

履歴

登録	2023年5月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jen.cif.gz	415.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jen.ent.gz	338.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jen.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jen_validation.pdf.gz	533.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jen_full_validation.pdf.gz	571.4 KB	表示
XML形式データ	8jen_validation.xml.gz	78.5 KB	表示
CIF形式データ	8jen_validation.cif.gz	109.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8jen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8jen	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jelC 8jeoC 8jepC 8jeqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: antibody heavy chain

B: antibody light chain

C: antibody heavy chain

D: antibody light chain

E: antibody heavy chain

F: antibody light chain

I: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

J: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

M: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

P: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

G: antibody heavy chain

H: antibody light chain

239 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: antibody heavy chain

B: antibody light chain

I: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, chain A, B, I chain C, D, J chain G, H, P chain E, F, M
59.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: antibody heavy chain

D: antibody light chain

J: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

登録者が定義した集合体
59.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: antibody heavy chain

F: antibody light chain

M: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

登録者が定義した集合体
59.8 kDa, 3 ポリマー
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4

P: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

G: antibody heavy chain

H: antibody light chain

登録者が定義した集合体
59.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.320, 79.350, 173.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	antibody heavy chain 分子量: 23784.613 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	antibody light chain 分子量: 23302.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質	T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains / V-set and immunoglobulin domain-containing protein 9 / V-set and transmembrane domain-containing protein 3 分子量: 12759.214 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIGIT, VSIG9, VSTM3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q495A1
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.2, 17% PEG 20000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.71→170.1 Å / Num. obs: 72920 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.171 / R_rim(I) all: 0.205 / Net I/σ(I): 6.37

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.71-2.87	1.094	11435	0.557	1.315	1
2.87-3.07	0.707	11159	0.782	0.842	1
3.07-3.32	0.402	10458	0.921	0.48	1
3.32-3.64	0.212	9530	0.971	0.256	1
3.64-4.06	0.139	8394	0.988	0.166	1
4.06-4.69	0.089	7636	0.995	0.106	1
4.69-5.75	0.081	6456	0.995	0.098	1
5.75-8.13	0.076	5029	0.996	0.09	1
8.13-10	0.042	2823	0.997	0.051	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.71→49.12 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2893	3669	5.04 %
R_work	0.2178	-	-
obs	0.2214	72727	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→49.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16341	0	0	395	16736

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	16721
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.094	22764
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.505	2302
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	2569
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2910

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.71-2.75	0.4238	148	0.353	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.78	0.4394	158	0.3415	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.82	0.3942	149	0.3208	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.87	0.3646	142	0.3181	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.91	0.4004	108	0.2976	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.96	0.3635	147	0.2914	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.01	0.3631	123	0.282	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.06	0.388	162	0.2747	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.12	0.3309	157	0.2689	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.19	0.3897	137	0.2643	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
3.19-3.26	0.3303	129	0.258	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.33	0.3344	138	0.2412	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.41	0.3396	137	0.2412	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
3.41-3.51	0.2866	138	0.2092	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
3.51-3.61	0.2855	139	0.2047	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.73	0.2887	136	0.2084	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-3.86	0.2667	114	0.2025	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.01	0.2915	131	0.1993	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-4.2	0.2131	136	0.1867	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2-4.42	0.2469	157	0.1743	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
4.42-4.69	0.2362	127	0.1647	2662	X-RAY DIFFRACTION	99
4.69-5.06	0.2456	155	0.1566	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
5.06-5.56	0.207	136	0.1687	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
5.56-6.37	0.2543	159	0.1907	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
6.37-8.02	0.2499	167	0.2091	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
8.02-49.12	0.2647	139	0.2078	2761	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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