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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8jeo | ||||||
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Title | Crystal structure of TIGIT in complexed with Tiragolumab | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / immunotherapy / antibody / checkpoint inhibitor | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of T cell activation / negative regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-10 production / signaling receptor binding / cell surface / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sun, J. / Zhang, X.X. / Song, J. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structural insights into the unique pH-responsive characteristics of the anti-TIGIT therapeutic antibody Ociperlimab. Authors: Sun, J. / Zhang, X. / Xue, L. / Cheng, L. / Zhang, J. / Chen, X. / Shen, Z. / Li, K. / Wang, L. / Huang, C. / Song, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 451 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 371.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 469.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 478.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 46 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 67 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8jelC ![]() 8jenC ![]() 8jepC ![]() 8jeqC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 12759.214 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 25410.295 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 24246.883 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M ammonium citrate tribasic pH 7.4, 14% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 21, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.06→151.4 Å / Num. obs: 94450 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6.2 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Rrim(I) all: 0.239 / Net I/σ(I): 6.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.06→48.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 82.4829 Å / Origin y: 47.3199 Å / Origin z: 35.3628 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |