PDB-8jep: Crystal structure of Ociperlimab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jep

タイトル

Crystal structure of Ociperlimab

要素

antibody heavy chain
antibody light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunotherapy / antibody / checkpoint inhibitor

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Sun, J. / Zhang, X.X. / Song, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the unique pH-responsive characteristics of the anti-TIGIT therapeutic antibody Ociperlimab.
著者: Sun, J. / Zhang, X. / Xue, L. / Cheng, L. / Zhang, J. / Chen, X. / Shen, Z. / Li, K. / Wang, L. / Huang, C. / Song, J.

履歴

登録	2023年5月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jep.cif.gz	351.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jep.ent.gz	286.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jep.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8jep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8jep	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jelC 8jenC 8jeoC 8jeqC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: antibody heavy chain

B: antibody light chain

C: antibody heavy chain

D: antibody light chain

95.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: antibody heavy chain

B: antibody light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, chain A, B chain C, D
47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: antibody heavy chain

D: antibody light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.500, 112.300, 159.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	antibody heavy chain 分子量: 24613.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	antibody light chain 分子量: 23302.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 798 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% isopropanol, 19% PEG4000, 5% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→26.65 Å / Num. obs: 126278 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.054 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 22.5 / Num. measured all: 1669149
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 1.145 / Num. measured all: 101839 / Num. unique obs: 9236 / CC_1/2: 0.855 / R_pim(I) all: 0.359 / R_rim(I) all: 1.201 / Χ²: 0.84 / Net I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→24.86 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2101	6289	4.99 %
R_work	0.1844	-	-
obs	0.1856	126121	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6546	0	0	798	7344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6702
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.852	9119
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.353	928
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1021
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1164

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.3146	187	0.2646	3966	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.74	0.3116	208	0.2616	3932	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.76	0.3153	191	0.2542	3994	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.78	0.2698	225	0.2425	3913	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.2406	213	0.2269	3940	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.83	0.2345	225	0.2206	3930	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.2307	199	0.2144	3946	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2377	203	0.225	3994	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.91	0.2368	189	0.2292	3973	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.95	0.2665	193	0.2237	3949	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.98	0.2419	219	0.2107	3984	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.02	0.217	222	0.2084	3943	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.2423	245	0.2075	3946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1	0.2216	230	0.2045	3914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.14	0.2028	233	0.1995	3956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.19	0.2363	221	0.2043	3974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.25	0.2427	212	0.2034	3960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.31	0.2451	223	0.202	3965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.37	0.2566	200	0.2093	3999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.45	0.2413	199	0.2061	4007	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.54	0.2325	215	0.207	4014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.64	0.2341	208	0.2002	3986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.76	0.2255	189	0.1974	4026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.91	0.2199	213	0.1937	3990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.09	0.2017	198	0.1985	4029	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.33	0.1968	205	0.1809	4068	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.66	0.2047	199	0.1706	4047	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-4.19	0.1934	202	0.1581	4105	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-5.27	0.1439	194	0.138	4134	X-RAY DIFFRACTION	100
5.27-24.86	0.2079	229	0.1795	4248	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 7.3606 Å / Origin y: 60.8528 Å / Origin z: 110.7061 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2515 Å²	-0.0054 Å²	-0.0008 Å²	-	0.2566 Å²	-0.0023 Å²	-	-	0.2805 Å²
L	0.0795 °²	-0.1447 °²	0.2057 °²	-	0.2544 °²	-0.6282 °²	-	-	0.9108 °²
S	-0.0078 Å °	-0.0015 Å °	-0.028 Å °	0.0089 Å °	0.0492 Å °	0.0097 Å °	0.0395 Å °	-0.0197 Å °	-0.0002 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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