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- PDB-8est: REACTION OF PORCINE PANCREATIC ELASTASE WITH 7-SUBSTITUTED 3-ALKO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8est
タイトルREACTION OF PORCINE PANCREATIC ELASTASE WITH 7-SUBSTITUTED 3-ALKOXY-4-CHLOROISOCOUMARINS: DESIGN OF POTENT INHIBITORS USING THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED WITH 4-CHLORO-3-ETHOXY-7-GUANIDINO-ISOCOUMARIN
要素PORCINE PANCREATIC ELASTASE
キーワードHYDROLASE(SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GIS / Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Radhakrishnan, R. / Powers, J.C. / Meyerjunior, E.F.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Reaction of porcine pancreatic elastase with 7-substituted 3-alkoxy-4-chloroisocoumarins: design of potent inhibitors using the crystal structure of the complex formed with 4-chloro-3- ...タイトル: Reaction of porcine pancreatic elastase with 7-substituted 3-alkoxy-4-chloroisocoumarins: design of potent inhibitors using the crystal structure of the complex formed with 4-chloro-3-ethoxy-7-guanidinoisocoumarin.
著者: Powers, J.C. / Oleksyszyn, J. / Narasimhan, S.L. / Kam, C.M.
#1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1992
タイトル: Effect of the 7-Amino Substituent on the Inhibitory Potency of Mechanism-Based Isocoumarin Inhibitors for Porcine Pancreatic and Human Neutrophil Elastases: A 1.85-Angstroms X-Ray ...タイトル: Effect of the 7-Amino Substituent on the Inhibitory Potency of Mechanism-Based Isocoumarin Inhibitors for Porcine Pancreatic and Human Neutrophil Elastases: A 1.85-Angstroms X-Ray Structure of the Complex between Porcine Pancreatic Elastase and 7-[(N-Tosylphenylalanyl)Amino]-4-Chloro-3-Methoxyisocoumarin
著者: Hernandez, M.A. / Powers, J.C. / Glinski, J. / Oleksyszyn, J. / Vijayalakshmi, J. / Meyerjunior, E.F.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Structural Study of Porcine Pancreatic Elastase Complexed with 7-Amino-3-(2-Bromoethoxy)-4-Chloroisocoumarin as a Nonreactivatable Doubly Covalent Enzyme-Inhibitor Complex
著者: Vijayalakshmi, J. / Meyerjunior, E.F. / Kam, C.-M. / Powers, J.C.
#3: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1990
タイトル: The 2.2-Angstrom Resolution X-Ray Crystal Structure of the Complex of Trypsin Inhibited by 4-Chloro-3-Ethoxy-7-Guanidinoisocoumarin: A Proposed Model of the Thrombin-Inhibitor Complex
著者: Chow, M.M. / Meyerjunior, E.F. / Bode, W. / Kam, C.-M. / Radhakrishnan, R. / Vijayalakshmi, J. / Powers, J.C.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Human Leukocyte and Porcine Pancreatic Elastase: X-Ray Crystal Structures, Mechanism, Substrate Specificity, and Mechanism-Based Inhibitors
著者: Bode, W. / Meyerjunior, E.F. / Powers, J.C.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Crystal Structures of the Complex of Porcine Pancreatic Elastase with Two Valine-Derived Benzoxazinone Inhibitors
著者: Radhakrishnan, R. / Presta, L.G. / Meyerjunior, E.F. / Wildonger, R.
#6: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1985
タイトル: Stereospecific Reaction of 3-Methoxy-4-Chloro-7-Amino-Isocoumarin with Crystalline Porcine Pancreatic Elastase
著者: Meyerjunior, E.F. / Presta, L.G. / Radhakrishnan, R.
履歴
登録1990年2月21日処理サイト: BNL
改定 1.01992年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: PORCINE PANCREATIC ELASTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3644
ポリマ－25,9281
非ポリマー4363
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.620, 58.260, 75.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: THE FOLLOWING ATOMS WERE TREATED AS DUMMY ATOMS, WHICH MEANS THAT THEY CONTRIBUTED TO THE ENERGY REFINEMENT PART OF EREF BUT NOT TO THE CALCULATED STRUCTURE FACTORS -SER 36C OG, SER 37 OG, ARG 61 ...1: THE FOLLOWING ATOMS WERE TREATED AS DUMMY ATOMS, WHICH MEANS THAT THEY CONTRIBUTED TO THE ENERGY REFINEMENT PART OF EREF BUT NOT TO THE CALCULATED STRUCTURE FACTORS -SER 36C OG, SER 37 OG, ARG 61 (CZ,NH1,NH2), GLN 110 (CG,CD,OE1,NE2), ARG 125 (CG,CD,NE,CZ,NH1,NH2), SO4 247 (O1,O3).

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要素

#1: タンパク質 PORCINE PANCREATIC ELASTASE


分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GIS / ETHYL-(2-CARBOXY-4-GUANIDINIUM-PHENYL)-CHLOROACETATE


分子量: 299.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14ClN3O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS COMPLEX IS ONE OF THE BEST IRREVERSIBLE INHIBITORS THUS FAR REPORTED FOR PPE (KOBS/[I] = ...THIS COMPLEX IS ONE OF THE BEST IRREVERSIBLE INHIBITORS THUS FAR REPORTED FOR PPE (KOBS/[I] = 8100/(MOLE. SEC) ).
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE TITLE INHIBITOR HAS BEEN STUDIED IN TWO RELATED ENZYMES PPE AND BOVINE TRYPSIN (REFERENCE 3). ...THE TITLE INHIBITOR HAS BEEN STUDIED IN TWO RELATED ENZYMES PPE AND BOVINE TRYPSIN (REFERENCE 3). IN THE LATTER CASE, AS WOULD BE EXPECTED, THE POSITIVELY CHARGED GUANIDINIUM GROUP IS LOCATED IN TRYPSIN'S PRIMARY SPECIFICITY (S1) SITE BUT TWO BINDING MODES ARE EXHIBITED, SINGLY AND DOUBLY COVALENTLY LINKED TO TRYPSIN. CONVERSELY, THE COMPLEX PRESENTED IN THIS ENTRY IS FLIPPED APPROXIMATELY 180 DEGREE SO THAT THE GUANIDINIUM GROUP IS FOUND IN THE S2' SITE, H-BONDED TO THR E 41.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.49 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.78→7 Å / Rfactor Rwork: 0.17
詳細: THE FOLLOWING ATOMS WERE TREATED AS DUMMY ATOMS, WHICH MEANS THAT THEY CONTRIBUTED TO THE ENERGY REFINEMENT PART OF EREF BUT NOT TO THE CALCULATED STRUCTURE FACTORS -SER 36C OG, SER 37 OG, ...詳細: THE FOLLOWING ATOMS WERE TREATED AS DUMMY ATOMS, WHICH MEANS THAT THEY CONTRIBUTED TO THE ENERGY REFINEMENT PART OF EREF BUT NOT TO THE CALCULATED STRUCTURE FACTORS -SER 36C OG, SER 37 OG, ARG 61 (CZ,NH1,NH2), GLN 110 (CG,CD,OE1,NE2), ARG 125 (CG,CD,NE,CZ,NH1,NH2), SO4 247 (O1,O3).
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 25 169 2016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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