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万見
- PDB-8eon: Pseudomonas phage E217 baseplate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eon
タイトルPseudomonas phage E217 baseplate complex
要素
  • (Baseplate component ...) x 5
  • Baseplate hub gp41
  • Baseplate spike gp43
  • Triplex gp44-b
  • Triplex gp45
キーワードVIRUS / Pseudomonas / phage / baseplate
機能・相同性
機能・相同性情報


Baseplate hub gp41 / Baseplate component gp38 / Protein of unknown function DUF2612 / Protein of unknown function (DUF2612) / Phage protein Gp138 N-terminal domain / Phage protein Gp138 N-terminal domain / Tail fiber protein gp32 / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / Vgr protein, OB-fold domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Baseplate protein J-like domain-containing protein / Phage protein / Tail fiber protein / Phage protein / Phage protein Gp138 N-terminal domain-containing protein / Putative structural protein / Structural protein / Phage protein / Phage protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Li, F. / Cingolani, G. / Hou, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM140733 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: High-resolution cryo-EM structure of the Pseudomonas bacteriophage E217.
著者: Fenglin Li / Chun-Feng David Hou / Ravi K Lokareddy / Ruoyu Yang / Francesca Forti / Federica Briani / Gino Cingolani /
要旨: E217 is a Pseudomonas phage used in an experimental cocktail to eradicate cystic fibrosis-associated Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe the structure of the whole E217 virion before and after ...E217 is a Pseudomonas phage used in an experimental cocktail to eradicate cystic fibrosis-associated Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe the structure of the whole E217 virion before and after DNA ejection at 3.1 Å and 4.5 Å resolution, respectively, determined using cryogenic electron microscopy (cryo-EM). We identify and build de novo structures for 19 unique E217 gene products, resolve the tail genome-ejection machine in both extended and contracted states, and decipher the complete architecture of the baseplate formed by 66 polypeptide chains. We also determine that E217 recognizes the host O-antigen as a receptor, and we resolve the N-terminal portion of the O-antigen-binding tail fiber. We propose that E217 design principles presented in this paper are conserved across PB1-like Myoviridae phages of the Pbunavirus genus that encode a ~1.4 MDa baseplate, dramatically smaller than the coliphage T4.
履歴
登録2022年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Baseplate component gp33
H: Baseplate component gp34
I: Baseplate component gp36
J: Triplex gp44-b
K: Triplex gp45
L: Baseplate component gp33
M: Baseplate component gp34
N: Baseplate component gp36
O: Triplex gp44-b
P: Triplex gp45
Q: Baseplate component gp33
R: Baseplate component gp34
S: Baseplate component gp36
T: Triplex gp44-b
U: Triplex gp45
V: Baseplate component gp33
W: Baseplate component gp34
X: Baseplate component gp36
Y: Triplex gp44-b
Z: Triplex gp45
a: Baseplate component gp33
b: Baseplate component gp34
c: Baseplate component gp36
d: Triplex gp44-b
e: Triplex gp45
f: Baseplate component gp33
g: Baseplate component gp34
h: Baseplate component gp36
i: Triplex gp44-b
j: Triplex gp45
A: Baseplate component gp37
B: Baseplate component gp37
C: Baseplate component gp37
D: Baseplate component gp38
E: Baseplate hub gp41
F: Baseplate spike gp43
k: Baseplate component gp38
l: Baseplate hub gp41
m: Baseplate hub gp41
n: Baseplate spike gp43
o: Baseplate component gp38
p: Baseplate spike gp43
q: Triplex gp44-b
r: Triplex gp44-b
s: Triplex gp44-b
t: Triplex gp44-b
u: Triplex gp44-b
v: Triplex gp44-b


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,370,00948
ポリマ－1,370,00948
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Baseplate component ... , 5種, 24分子 GLQVafHMRWbgINSXchABCDko

#1: タンパク質
Baseplate component gp33


分子量: 11575.988 Da / 分子数: 6 / 断片: helices bundle (responsible for connecting ripcord) / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
参照: UniProt: A0A6G9LFR0
#2: タンパク質
Baseplate component gp34


分子量: 11769.064 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
参照: UniProt: A0A6G9LIA6
#3: タンパク質
Baseplate component gp36


分子量: 16110.277 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
参照: UniProt: A0A5C1KAX6
#6: タンパク質 Baseplate component gp37


分子量: 19081.869 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
参照: UniProt: A0A2K8HNS1
#7: タンパク質 Baseplate component gp38


分子量: 21169.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
参照: UniProt: A0A2K8I4C0

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タンパク質 , 4種, 24分子 JOTYdiqrstuvKPUZejElmFnp

#4: タンパク質
Triplex gp44-b


分子量: 43207.457 Da / 分子数: 12 / 断片: triplex gp44-confor 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
参照: UniProt: A0A2K8HLX5
#5: タンパク質
Triplex gp45


分子量: 54107.535 Da / 分子数: 6 / 断片: triplex gp45 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
参照: UniProt: A0A410T8C1
#8: タンパク質 Baseplate hub gp41


分子量: 32480.277 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
参照: UniProt: A0A2K8IA76
#9: タンパク質 Baseplate spike gp43


分子量: 23982.912 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
参照: UniProt: A0A2K8ICH7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 1.25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00997614
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.715133089
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.1213644
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04915345
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00617451

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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