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万見
- PDB-8env: In situ cryo-EM structure of Pseudomonas phage E217 tail baseplat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8env
タイトルIn situ cryo-EM structure of Pseudomonas phage E217 tail baseplate in C6 map
要素
  • (Structural protein ...) x 2
  • Baseplate_J domain-containing protein gp44
  • Ripcord gp36
  • Sheath initiator gp34
  • Sheath protein gp31
キーワードVIRUS / Pseudomonas / phage / baseplate
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function DUF2612 / : / Bacteriophage baseplate wedge 1 protein / Tail fiber protein gp32 / Protein of unknown function DUF3383 / Protein of unknown function (DUF3383) / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein barrel domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Baseplate protein J-like domain-containing protein / Tail sheath protein / Putative structural protein / Structural protein / Phage protein / Phage protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Li, F. / Cingolani, G. / Hou, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM140733 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: High-resolution cryo-EM structure of the Pseudomonas bacteriophage E217.
著者: Fenglin Li / Chun-Feng David Hou / Ravi K Lokareddy / Ruoyu Yang / Francesca Forti / Federica Briani / Gino Cingolani /
要旨: E217 is a Pseudomonas phage used in an experimental cocktail to eradicate cystic fibrosis-associated Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe the structure of the whole E217 virion before and after ...E217 is a Pseudomonas phage used in an experimental cocktail to eradicate cystic fibrosis-associated Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe the structure of the whole E217 virion before and after DNA ejection at 3.1 Å and 4.5 Å resolution, respectively, determined using cryogenic electron microscopy (cryo-EM). We identify and build de novo structures for 19 unique E217 gene products, resolve the tail genome-ejection machine in both extended and contracted states, and decipher the complete architecture of the baseplate formed by 66 polypeptide chains. We also determine that E217 recognizes the host O-antigen as a receptor, and we resolve the N-terminal portion of the O-antigen-binding tail fiber. We propose that E217 design principles presented in this paper are conserved across PB1-like Myoviridae phages of the Pbunavirus genus that encode a ~1.4 MDa baseplate, dramatically smaller than the coliphage T4.
履歴
登録2022年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sheath protein gp31
B: Sheath protein gp31
C: Sheath protein gp31
D: Sheath protein gp31
E: Sheath protein gp31
F: Sheath protein gp31
G: Structural protein gp33
H: Sheath initiator gp34
I: Ripcord gp36
J: Baseplate_J domain-containing protein gp44
K: Structural protein gp45
L: Structural protein gp33
M: Sheath initiator gp34
N: Ripcord gp36
O: Baseplate_J domain-containing protein gp44
P: Structural protein gp45
Q: Structural protein gp33
R: Sheath initiator gp34
S: Ripcord gp36
T: Baseplate_J domain-containing protein gp44
U: Structural protein gp45
V: Structural protein gp33
W: Sheath initiator gp34
X: Ripcord gp36
Y: Baseplate_J domain-containing protein gp44
Z: Structural protein gp45
a: Structural protein gp33
b: Sheath initiator gp34
c: Ripcord gp36
d: Baseplate_J domain-containing protein gp44
e: Structural protein gp45
f: Structural protein gp33
g: Sheath initiator gp34
h: Ripcord gp36
i: Baseplate_J domain-containing protein gp44
j: Structural protein gp45


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,142,79036
ポリマ－1,142,79036
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 24分子 ABCDEFHMRWbgINSXchJOTYdi

#1: タンパク質
Sheath protein gp31


分子量: 53694.750 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
参照: UniProt: A0A2K8IA62
#3: タンパク質
Sheath initiator gp34


分子量: 11769.064 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
参照: UniProt: A0A6G9LIA6
#4: タンパク質
Ripcord gp36


分子量: 16110.277 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
参照: UniProt: A0A5C1KAX6
#5: タンパク質
Baseplate_J domain-containing protein gp44


分子量: 43207.457 Da / 分子数: 6 / Fragment: triplex gp44-confor 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
参照: UniProt: A0A2K8HLX5

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Structural protein ... , 2種, 12分子 GLQVafKPUZej

#2: タンパク質
Structural protein gp33


分子量: 11575.988 Da / 分子数: 6
Fragment: helices bundle (responsible for connecting ripcord)
由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
参照: UniProt: A0A6G9LFR0
#6: タンパク質
Structural protein gp45


分子量: 54107.535 Da / 分子数: 6 / Fragment: triplex gp45 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
参照: UniProt: A0A410T8C1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2RELION3.1.2画像取得
4RELION3.1.2CTF補正
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 9300
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9300 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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