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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8env | ||||||
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タイトル | In situ cryo-EM structure of Pseudomonas phage E217 tail baseplate in C6 map | ||||||
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![]() | VIRUS / Pseudomonas / phage / baseplate | ||||||
機能・相同性 | ![]() Protein of unknown function DUF2612 / Protein of unknown function (DUF2612) / Protein of unknown function DUF3383 / Protein of unknown function (DUF3383) / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å | ||||||
![]() | Li, F. / Cingolani, G. / Hou, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High-resolution cryo-EM structure of the Pseudomonas bacteriophage E217. 著者: Fenglin Li / Chun-Feng David Hou / Ravi K Lokareddy / Ruoyu Yang / Francesca Forti / Federica Briani / Gino Cingolani / ![]() ![]() 要旨: E217 is a Pseudomonas phage used in an experimental cocktail to eradicate cystic fibrosis-associated Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe the structure of the whole E217 virion before and after ...E217 is a Pseudomonas phage used in an experimental cocktail to eradicate cystic fibrosis-associated Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe the structure of the whole E217 virion before and after DNA ejection at 3.1 Å and 4.5 Å resolution, respectively, determined using cryogenic electron microscopy (cryo-EM). We identify and build de novo structures for 19 unique E217 gene products, resolve the tail genome-ejection machine in both extended and contracted states, and decipher the complete architecture of the baseplate formed by 66 polypeptide chains. We also determine that E217 recognizes the host O-antigen as a receptor, and we resolve the N-terminal portion of the O-antigen-binding tail fiber. We propose that E217 design principles presented in this paper are conserved across PB1-like Myoviridae phages of the Pbunavirus genus that encode a ~1.4 MDa baseplate, dramatically smaller than the coliphage T4. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 243 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 387.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 28280MC ![]() 8eonC ![]() 8frsC ![]() 8fuvC ![]() 8fvgC ![]() 8fvhC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 24分子 ABCDEFHMRWbgINSXchJOTYdi
#1: タンパク質 | 分子量: 53694.750 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A2K8IA62 #3: タンパク質 | 分子量: 11769.064 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A6G9LIA6 #4: タンパク質 | 分子量: 16110.277 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A5C1KAX6 #5: タンパク質 | 分子量: 43207.457 Da / 分子数: 6 / Fragment: triplex gp44-confor 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A2K8HLX5 |
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-Structural protein ... , 2種, 12分子 GLQVafKPUZej
#2: タンパク質 | 分子量: 11575.988 Da / 分子数: 6 Fragment: helices bundle (responsible for connecting ripcord) 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A6G9LFR0 #6: タンパク質 | 分子量: 54107.535 Da / 分子数: 6 / Fragment: triplex gp45 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A410T8C1 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 9300 | ||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9300 / 対称性のタイプ: POINT |