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- PDB-8e5s: X-ray structure of the Deinococcus radiodurans Nramp/MntH divalen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e5s
タイトルX-ray structure of the Deinococcus radiodurans Nramp/MntH divalent transition metal transporter WT in an occluded state
要素Divalent metal cation transporter MntH
キーワードMETAL TRANSPORT / Membrane protein / divalent transition metal importer / LeuT fold / NRAMP family
機能・相同性
機能・相同性情報


manganese ion transport / cadmium ion transmembrane transporter activity / manganese ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / symporter activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein-like
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Divalent metal cation transporter MntH
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Ray, S. / Gaudet, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM120996 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: High-resolution structures with bound Mn 2+ and Cd 2+ map the metal import pathway in an Nramp transporter.
著者: Ray, S. / Berry, S.P. / Wilson, E.A. / Zhang, C.H. / Shekhar, M. / Singharoy, A. / Gaudet, R.
履歴
登録2022年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Divalent metal cation transporter MntH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,69532
ポリマ－44,5771
非ポリマー9,11831
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, ITC with Mn shows micromolar level binding affinity
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.658, 70.850, 98.342
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-644-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Divalent metal cation transporter MntH


分子量: 44576.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: mntH, DR_1709 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RTP8

-
非ポリマー , 6種, 78分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物...
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 % / 解説: 30 micron in size and isomorphous
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.7
詳細: 28% PEG400, 0.1 M MES, pH 6.7, 50 mM succinic acid, pH 6.0, 5 mM spermidine, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→41.06 Å / Num. obs: 15678 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 36.73 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.218 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 71063 / Scaling rejects: 210
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 4.4 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.38-2.471.238730416660.3770.6631.4161.895.9
8.91-41.060.06414053180.9960.0310.07221.787.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS1.20.1_4487データ削減
Aimless1.20.1_4487データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6C3I

6c3i


解像度: 2.38→41.06 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 1565 10.02 %
Rwork0.2065 14059 -
obs0.2107 15624 91.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 171.28 Å2 / Biso mean: 48.0864 Å2 / Biso min: 22.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→41.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2922 0 434 47 3403
Biso mean--61.54 41.47 -
残基数----392
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.38-2.460.31261440.26391284142893
2.46-2.540.33761430.26131290143394
2.54-2.650.31831430.25151280142394
2.65-2.770.28631410.24771270141194
2.77-2.910.30641410.24041266140792
2.91-3.10.30591430.23941281142492
3.1-3.330.22951390.2351257139692
3.33-3.670.25441440.19091290143491
3.67-4.20.2251400.17391274141491
4.2-5.290.19391410.17431263140489
5.29-41.060.2261460.19041304145087
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.90510.3801-1.0431.4217-1.44392.409-0.22750.2789-0.5043-0.4451-0.27590.27050.1970.12780.14060.55830.08050.01030.2323-0.02330.2054-14.9745-22.3230.3131
20.574-0.1850.07890.5535-0.89891.3989-0.0532-0.00610.0812-0.10690.0015-0.1078-0.04890.1120.0630.43380.0063-0.01710.21440.0220.1655-14.8842-13.416716.2637
32.32051.2475-0.22642.8143-0.54211.075-0.33340.182-0.2314-0.5410.1004-0.42770.20470.13460.22980.5070.04250.03780.28480.01590.3278-0.8678-26.244625.5401
41.23140.25730.16310.9495-0.91492.046-0.13230.0390.0429-0.1382-0.0680.06610.049-0.01830.0560.45310.02750.02340.2741-0.00160.1888-21.2037-20.691224.2557
50.5907-0.4040.05141.1243-0.83251.37580.0645-0.0252-0.2188-0.16810.1638-0.06440.28720.04030.09840.55760.03370.0360.24910.05110.2562-17.5188-27.34227.8147
60.8668-0.0615-0.16650.6739-0.70691.0977-0.07730.0038-0.08560.0038-0.0717-0.1573-0.00690.31640.15070.46260.00210.00520.210.00960.1993-7.3591-14.293922.3085
71.7349-0.147-0.09321.4146-0.2133.48140.0995-0.20460.1754-0.04380.19940.14150.0633-0.7545-0.01060.38680.0701-0.00170.31340.08110.1757-29.6192-11.503717.343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 45 through 74 )A45 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 75 through 146 )A75 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 147 through 196 )A147 - 196
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 197 through 249 )A197 - 249
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 250 through 304 )A250 - 304
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 305 through 397 )A305 - 397
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 398 through 436 )A398 - 436

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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