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- PDB-8e60: X-ray structure of the Deinococcus radiodurans Nramp/MntH divalen... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8.0E+60 | ||||||
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Title | X-ray structure of the Deinococcus radiodurans Nramp/MntH divalent transition metal transporter WT in an occluded, manganese-bound state | ||||||
![]() | Divalent metal cation transporter MntH | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / Membrane protein / divalent transition metal importer / LeuT fold / NRAMP family | ||||||
Function / homology | ![]() manganese ion transport / cadmium ion transmembrane transporter activity / manganese ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / symporter activity / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ray, S. / Gaudet, R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: High-resolution structures with bound Mn 2+ and Cd 2+ map the metal import pathway in an Nramp transporter. Authors: Ray, S. / Berry, S.P. / Wilson, E.A. / Zhang, C.H. / Shekhar, M. / Singharoy, A. / Gaudet, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 178.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 139.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8e5sC ![]() 8e5vSC ![]() 8e6hC ![]() 8e6iC ![]() 8e6lC ![]() 8e6mC ![]() 8e6nC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 44576.766 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: mntH, DR_1709 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 77 molecules ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Chemical | ChemComp-OLC / ( #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.17 % / Description: 35 micron in size |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 6 Details: 24% PEG400, 0.1 M MES, pH 5.9, 50 mM succinic acid, pH 6.0, 5 mM spermidine, pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 20, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.38→41.28 Å / Num. obs: 16467 / % possible obs: 96 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 50.55 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 56770 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 8E5V Resolution: 2.38→41.28 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.63 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 197.57 Å2 / Biso mean: 64.9912 Å2 / Biso min: 27.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.38→41.28 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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