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- PDB-8e6l: X-ray structure of the Deinococcus radiodurans Nramp/MntH divalen... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8e6l | ||||||
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Title | X-ray structure of the Deinococcus radiodurans Nramp/MntH divalent transition metal transporter D296A mutant in an inward-open, manganese-bound state | ||||||
![]() | Divalent metal cation transporter MntH | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / Membrane protein / divalent transition metal importer / LeuT fold / NRAMP family | ||||||
Function / homology | ![]() manganese ion transport / iron ion transmembrane transport / manganese ion transmembrane transporter activity / cadmium ion transmembrane transporter activity / intracellular manganese ion homeostasis / symporter activity / cellular response to iron ion / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ray, S. / Gaudet, R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: High-resolution structures with bound Mn 2+ and Cd 2+ map the metal import pathway in an Nramp transporter. Authors: Ray, S. / Berry, S.P. / Wilson, E.A. / Zhang, C.H. / Shekhar, M. / Singharoy, A. / Gaudet, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 172.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 135.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8e5sSC ![]() 8e5vC ![]() 8e60C ![]() 8e6hC ![]() 8e6iC ![]() 8e6mC ![]() 8e6nC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 44532.758 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D296A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: mntH, DR_1709 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 46 molecules ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MN / | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-OLC / ( #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.14 % / Description: 30 micron in size |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 6.8 Details: 28% PEG400, 0.1 M HEPES, pH 6.8, 0.1 M sodium chloride, 10 mM manganese chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 20, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.11→45.32 Å / Num. obs: 7042 / % possible obs: 91.7 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 63.48 Å2 / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.342 / Rpim(I) all: 0.173 / Rrim(I) all: 0.386 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 27288 / Scaling rejects: 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 8E5S Resolution: 3.12→45.32 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 201.79 Å2 / Biso mean: 68.0807 Å2 / Biso min: 31.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.12→45.32 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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