[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-8e5v: X-ray structure of the Deinococcus radiodurans Nramp/MntH divalen... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8e5v | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | X-ray structure of the Deinococcus radiodurans Nramp/MntH divalent transition metal transporter WTsoak in an occluded state | ||||||
![]() | Divalent metal cation transporter MntH | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / Membrane protein / divalent transition metal importer / LeuT fold / NRAMP family | ||||||
Function / homology | ![]() manganese ion transport / iron ion transmembrane transport / manganese ion transmembrane transporter activity / cadmium ion transmembrane transporter activity / intracellular manganese ion homeostasis / symporter activity / cellular response to iron ion / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ray, S. / Gaudet, R. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: High-resolution structures with bound Mn 2+ and Cd 2+ map the metal import pathway in an Nramp transporter. Authors: Ray, S. / Berry, S.P. / Wilson, E.A. / Zhang, C.H. / Shekhar, M. / Singharoy, A. / Gaudet, R. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 179.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 140.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 4 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 3.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8e5sSC ![]() 8e60C ![]() 8e6hC ![]() 8e6iC ![]() 8e6lC ![]() 8e6mC ![]() 8e6nC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 44576.766 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: mntH, DR_1709 / Production host: ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 5 types, 92 molecules ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-NA / | ||||
---|---|---|---|---|---|
#3: Chemical | ChemComp-CL / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-OLC / ( #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.02 % / Description: 40 micron in size |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 6.3 Details: 28% PEG400, 0.1 M MES, pH 6.3, 50 mM succinic acid, pH 6.0, 5 mM spermidine, pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 20, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.36→41.23 Å / Num. obs: 17464 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 49.97 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 57927 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 8E5S Resolution: 2.36→41.23 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.39 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 182.48 Å2 / Biso mean: 65.1889 Å2 / Biso min: 31.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.36→41.23 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|