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万見
- PDB-8dra: LRRC8A:C conformation 2 (oblong) LRR mask -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dra
タイトルLRRC8A:C conformation 2 (oblong) LRR mask
要素
  • Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A,Soluble cytochrome b562
  • Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ION CHANNEL / VOLUME-REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to osmotic stress / protein hexamerization ...Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to osmotic stress / protein hexamerization / cell volume homeostasis / monoatomic anion transport / response to osmotic stress / monoatomic ion channel complex / fat cell differentiation / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of myoblast differentiation / chloride transmembrane transport / electron transport chain / positive regulation of insulin secretion / spermatogenesis / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / lysosomal membrane / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / : / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype ...LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / : / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A / Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.98 Å
データ登録者Kern, D.M. / Brohawn, S.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM128263 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis for assembly and lipid-mediated gating of LRRC8A:C volume-regulated anion channels.
著者: David M Kern / Julia Bleier / Somnath Mukherjee / Jennifer M Hill / Anthony A Kossiakoff / Ehud Y Isacoff / Stephen G Brohawn /
要旨: Leucine-rich repeat-containing protein 8 (LRRC8) family members form volume-regulated anion channels activated by hypoosmotic cell swelling. LRRC8 channels are ubiquitously expressed in vertebrate ...Leucine-rich repeat-containing protein 8 (LRRC8) family members form volume-regulated anion channels activated by hypoosmotic cell swelling. LRRC8 channels are ubiquitously expressed in vertebrate cells as heteromeric assemblies of LRRC8A (SWELL1) and LRRC8B-E subunits. Channels of different subunit composition have distinct properties that explain the functional diversity of LRRC8 currents across cell types. However, the basis for heteromeric LRRC8 channel assembly and function is unknown. Here we leverage a fiducial-tagging strategy to determine single-particle cryo-EM structures of heterohexameric LRRC8A:C channels in multiple conformations. Compared to homomers, LRRC8A:C channels show pronounced differences in architecture due to heterotypic LRR interactions that displace subunits away from the conduction axis and poise the channel for activation. Structures and functional studies further reveal that lipids embedded in the channel pore block ion conduction in the closed state. These results provide insight into determinants for heteromeric LRRC8 channel assembly, activity and gating by lipids.
履歴
登録2022年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A,Soluble cytochrome b562
B: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A,Soluble cytochrome b562
F: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,6853
ポリマ－304,6853
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A,Soluble cytochrome b562 / Leucine-rich repeat-containing protein 8A / Protein ebouriffe / ebo / Cytochrome b-562


分子量: 105530.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lrrc8a, Lrrc8, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q80WG5, UniProt: P0ABE7
#2: タンパク質 Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C / Factor for adipocyte differentiation 158 / Leucine-rich repeat-containing protein 8C


分子量: 93624.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lrrc8c, Ad158, Fad158
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8R502

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LRRC8A:C / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.620 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 126955 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007810071
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.396413642
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05831633
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00811715
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.39651303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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