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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d5l | ||||||
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タイトル | Crystal structure of theophylline aptamer in complex with TAL1 | ||||||
![]() | RNA (33-MER) | ||||||
![]() | RNA / aptamer / theophylline | ||||||
機能・相同性 | 4-amino-8-methylpteridine-2,7(1H,8H)-dione / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Menichelli, E. / Spraggon, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Discovery of small molecules that target a tertiary-structured RNA. 著者: Menichelli, E. / Lam, B.J. / Wang, Y. / Wang, V.S. / Shaffer, J. / Tjhung, K.F. / Bursulaya, B. / Nguyen, T.N. / Vo, T. / Alper, P.B. / McAllister, C.S. / Jones, D.H. / Spraggon, G. / ...著者: Menichelli, E. / Lam, B.J. / Wang, Y. / Wang, V.S. / Shaffer, J. / Tjhung, K.F. / Bursulaya, B. / Nguyen, T.N. / Vo, T. / Alper, P.B. / McAllister, C.S. / Jones, D.H. / Spraggon, G. / Michellys, P.Y. / Joslin, J. / Joyce, G.F. / Rogers, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 200.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 159.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 1種, 4分子 ABCD
#1: RNA鎖 | 分子量: 10637.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 5種, 564分子 








#2: 化合物 | ChemComp-QIJ / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Calcium Acetate, PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97648 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→41.06 Å / Num. obs: 46505 / % possible obs: 95.87 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.702 Å / Num. unique obs: 10593 / CC1/2: 0.877 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1O15 解像度: 1.64→41.06 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 26.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.28 Å2 / Biso mean: 27.8696 Å2 / Biso min: 10.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.64→41.06 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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