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- PDB-8d5l: Crystal structure of theophylline aptamer in complex with TAL1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d5l
タイトルCrystal structure of theophylline aptamer in complex with TAL1
要素RNA (33-MER)
キーワードRNA / aptamer / theophylline
機能・相同性4-amino-8-methylpteridine-2,7(1H,8H)-dione / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Menichelli, E. / Spraggon, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Discovery of small molecules that target a tertiary-structured RNA.
著者: Menichelli, E. / Lam, B.J. / Wang, Y. / Wang, V.S. / Shaffer, J. / Tjhung, K.F. / Bursulaya, B. / Nguyen, T.N. / Vo, T. / Alper, P.B. / McAllister, C.S. / Jones, D.H. / Spraggon, G. / ...著者: Menichelli, E. / Lam, B.J. / Wang, Y. / Wang, V.S. / Shaffer, J. / Tjhung, K.F. / Bursulaya, B. / Nguyen, T.N. / Vo, T. / Alper, P.B. / McAllister, C.S. / Jones, D.H. / Spraggon, G. / Michellys, P.Y. / Joslin, J. / Joyce, G.F. / Rogers, J.
履歴
登録2022年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (33-MER)
B: RNA (33-MER)
C: RNA (33-MER)
D: RNA (33-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,76123
ポリマ－42,5504
非ポリマー1,21119
水9,818545
1
A: RNA (33-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9426
ポリマ－10,6371
非ポリマー3055
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (33-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9426
ポリマ－10,6371
非ポリマー3055
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RNA (33-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9416
ポリマ－10,6371
非ポリマー3045
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: RNA (33-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9355
ポリマ－10,6371
非ポリマー2984
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.606, 50.271, 79.845
Angle α, β, γ (deg.)94.280, 91.530, 90.130
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
RNA鎖 , 1種, 4分子 ABCD

#1: RNA鎖
RNA (33-MER)


分子量: 10637.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 564分子

#2: 化合物
ChemComp-QIJ / 4-amino-8-methylpteridine-2,7(1H,8H)-dione


分子量: 193.163 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Calcium Acetate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→41.06 Å / Num. obs: 46505 / % possible obs: 95.87 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.64→1.702 Å / Num. unique obs: 10593 / CC1/2: 0.877

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1O15

1o15


解像度: 1.64→41.06 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 26.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 2165 4.67 %
Rwork0.1932 44224 -
obs0.1946 46389 95.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.28 Å2 / Biso mean: 27.8696 Å2 / Biso min: 10.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→41.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2816 99 545 3460
Biso mean--18.62 28.54 -
残基数----132
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.64-1.680.32811300.2807291794
1.68-1.720.27111370.248290894
1.72-1.770.31171440.2431287694
1.77-1.820.27561380.2328293494
1.82-1.880.24451290.2303294695
1.88-1.950.27411260.2193294195
1.95-2.030.24251350.2188288795
2.03-2.120.2361930.2069291595
2.12-2.230.25561750.2022286396
2.23-2.370.25661670.2134297797
2.37-2.550.30751320.219302997
2.55-2.810.27141440.208299398
2.81-3.220.1878930.1757304998
3.22-4.050.16351350.1526298797
4.05-41.060.16811870.1618300299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02830.013-0.02990.02860.01230.04070.07530.0072-0.00450.0123-0.17260.0514-0.00290.0895-00.17520.0057-0.01760.1413-0.0040.18251.444513.786332.8705
20.03270.02610.010.0260.02760.0570.13690.05720.037-0.18730.10430.0984-0.0432-0.01320.15750.8154-0.0345-0.06970.26280.27790.21962.668928.013317.481
30.0783-0.022-0.00870.05690.02350.00110.0308-0.0552-0.0676-0.0321-0.01790.0740.03620.0278-0.00090.13760.0089-0.0110.0933-0.02110.19592.42914.55937.0314
40.0701-0.0069-0.02510.04910.06270.0408-0.04560.10760.0432-0.00950.0895-0.0395-0.1306-0.07530.00040.1611-0.02270.01450.25780.02680.14412.65454.394214.4866
50.0788-0.0591-0.01620.12260.12350.08650.00130.1674-0.0229-0.0512-0.034-0.03470.05170.0426-00.1455-0.02340.01530.25330.01770.171713.67660.759616.3329
60.0242-0.00310.02920.02730.03750.06190.0145-0.0078-0.0292-0.0603-0.09180.11070.0420.0452-00.1659-0.00060.02370.142-0.00570.171914.1831.693447.4902
70.0823-0.04640.00220.13380.00110.01980.136-0.0629-0.06440.05070.09880.02020.04480.05640.14450.68950.05390.04860.28530.21650.176913.968617.265562.6922
80.02210.02840.01120.04510.01360.00710.02390.04290.0203-0.0081-0.02040.07-0.03620.0545-0.00080.13720.00570.0130.1002-0.03120.171415.166230.898643.4048
90.0013-0.0055-0.00210.00130.00290.00310.02620.00180.0689-0.01020.0362-0.0243-0.05210.0008-00.12730.0075-0.00650.19540.0190.152932.200345.205652.0017
100.0077-0.0008-0.00790.00830.00710.0104-0.0865-0.10340.00960.04-0.05260.0416-0.0401-0.0238-0.01840.13080.0012-0.0130.3133-0.04330.13624.80145.465769.1368
110.0284-0.01740.01130.0114-0.00550.00680.1409-0.0962-0.07010.1777-0.00080.11250.1826-0.01970.0010.3222-0.0359-0.00930.41240.10960.234723.015834.355377.1825
120.0170.0047-0.01110.0010.00590.02330.04040.03220.11090.0139-0.07630.0077-0.0721-0.04-00.14830.0183-0.01230.1936-0.00780.194322.813347.38460.6057
130.0010.00250.00340.00170.00120.00380.021700.01340.01180.0504-0.0333-0.00220.0075-00.2002-0.0166-0.01540.16490.02910.214537.438152.484651.3929
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 20 )A11 - 20
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 21 through 33 )A21 - 33
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 15 )B1 - 15
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 16 through 33 )B16 - 33
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 11 through 20 )C11 - 20
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 21 through 33 )C21 - 33
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 5 )D1 - 5
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 6 through 10 )D6 - 10
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 11 through 20 )D11 - 20
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 21 through 30 )D21 - 30
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 31 through 33 )D31 - 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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