+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8d5o | ||||||
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Title | Crystal structure of theophylline aptamer in complex with TAL4 | ||||||
Components | RNA (33-MER) | ||||||
Keywords | RNA / aptamer / theophylline | ||||||
Function / homology | Chem-QEU / RNA / RNA (> 10) Function and homology information | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Menichelli, E. / Spraggon, G. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2022 Title: Discovery of small molecules that target a tertiary-structured RNA. Authors: Menichelli, E. / Lam, B.J. / Wang, Y. / Wang, V.S. / Shaffer, J. / Tjhung, K.F. / Bursulaya, B. / Nguyen, T.N. / Vo, T. / Alper, P.B. / McAllister, C.S. / Jones, D.H. / Spraggon, G. / ...Authors: Menichelli, E. / Lam, B.J. / Wang, Y. / Wang, V.S. / Shaffer, J. / Tjhung, K.F. / Bursulaya, B. / Nguyen, T.N. / Vo, T. / Alper, P.B. / McAllister, C.S. / Jones, D.H. / Spraggon, G. / Michellys, P.Y. / Joslin, J. / Joyce, G.F. / Rogers, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8d5o.cif.gz | 101.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8d5o.ent.gz | 77.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8d5o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8d5o_validation.pdf.gz | 914.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8d5o_full_validation.pdf.gz | 932.1 KB | Display | |
Data in XML | 8d5o_validation.xml.gz | 7.2 KB | Display | |
Data in CIF | 8d5o_validation.cif.gz | 8.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/8d5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/8d5o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8d28C 8d29C 8d2aC 8d2bC 8d5lC 8dk7C 1o15S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: G / Beg label comp-ID: G / End auth comp-ID: C / End label comp-ID: C / Auth seq-ID: 1 - 33 / Label seq-ID: 1 - 33
|
-Components
#1: RNA chain | Mass: 10637.426 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Chemical | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: sodium cacodylate, PEG 8000, 2-methyl-2,4-pentanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 3, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→39.96 Å / Num. obs: 4549 / % possible obs: 86.93 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 23.86 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04389 / Rpim(I) all: 0.02679 / Rrim(I) all: 0.05151 / Net I/σ(I): 18.13 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.797 Å / Num. unique obs: 365 / CC1/2: 0.989 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1O15 Resolution: 2.7→39.8 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 28.41 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 78.01 Å2 / Biso mean: 25.1637 Å2 / Biso min: 0.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.7→39.8 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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