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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d2a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of theophylline aptamer in complex with TAL3 | ||||||
要素 | RNA (33-MER) | ||||||
キーワード | RNA / aptamer / theophylline | ||||||
機能・相同性 | Chem-QB3 / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å | ||||||
データ登録者 | Menichelli, E. / Spraggon, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Discovery of small molecules that target a tertiary-structured RNA. 著者: Menichelli, E. / Lam, B.J. / Wang, Y. / Wang, V.S. / Shaffer, J. / Tjhung, K.F. / Bursulaya, B. / Nguyen, T.N. / Vo, T. / Alper, P.B. / McAllister, C.S. / Jones, D.H. / Spraggon, G. / ...著者: Menichelli, E. / Lam, B.J. / Wang, Y. / Wang, V.S. / Shaffer, J. / Tjhung, K.F. / Bursulaya, B. / Nguyen, T.N. / Vo, T. / Alper, P.B. / McAllister, C.S. / Jones, D.H. / Spraggon, G. / Michellys, P.Y. / Joslin, J. / Joyce, G.F. / Rogers, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8d2a.cif.gz | 105.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8d2a.ent.gz | 81.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8d2a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8d2a_validation.pdf.gz | 879.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8d2a_full_validation.pdf.gz | 880.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8d2a_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8d2a_validation.cif.gz | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/8d2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/8d2a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 10637.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: sodium cacodylate, PEG 8000, 2-methyl-2,4-pentanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年1月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97648 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.17→27.91 Å / Num. obs: 9761 / % possible obs: 91.52 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.78 |
反射 シェル | 解像度: 2.17→2.248 Å / Num. unique obs: 911 / CC1/2: 0.731 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1O15 解像度: 2.17→27.91 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.24 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.52 Å2 / Biso mean: 39.6722 Å2 / Biso min: 13.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.17→27.91 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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