PDB-8bz8: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT D198A variant in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bz8

タイトル

Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT D198A variant in complex with TDP-rhamnose

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase

機能・相同性

Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / glycosyltransferase activity / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / D(-)-TARTARIC ACID / 2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / Glycosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT D198A variant in complex with TDP-rhamnose
著者: Monteiro, R. / Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H. / Cabanes, D.

履歴

登録	2022年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bz8.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bz8.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bz8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8bz8_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bz8_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8bz8_validation.xml.gz	124.3 KB	表示
CIF形式データ	8bz8_validation.cif.gz	170.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8bz4S 8bz5 8bz6 8bz7 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

B: Glycosyltransferase

C: Glycosyltransferase

D: Glycosyltransferase

E: Glycosyltransferase

F: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

434 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Glycosyltransferase

B: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
145 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Glycosyltransferase

D: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
145 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Glycosyltransferase

F: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
145 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.397, 292.381, 93.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.498, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 71593.922 Da / 分子数: 6 / 変異: D198A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: APD94_03445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A401AAP7

-
非ポリマー , 5種, 695分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-TRH / 2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / dTDP-L-ラムノ-ス分子量: 548.330 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₆N₂O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 673 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate 22.5% (w/v) PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.979415 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979415 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→49.28 Å / Num. obs: 154021 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 54.03 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.122 / R_sym value: 0.113 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2.52→2.56 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 1.394 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 7618 / CC_1/2: 0.568 / R_pim(I) all: 0.558 / R_rim(I) all: 1.503 / R_sym value: 1.394 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8BZ4

8bz4

解像度: 2.52→45.76 Å / SU ML: 0.3571 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.13
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	7584	4.93 %
R_work	0.1907	146342	-
obs	0.1926	153926	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→45.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29239	0	271	673	30183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	30162
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4696	40787
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0432	4472
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0031	5216
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.4838	11376

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.52-2.55	0.3251	264	0.3154	4799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.58	0.3276	248	0.2991	4930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.61	0.3317	256	0.2997	4811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.64	0.3111	267	0.2874	4890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.68	0.3329	266	0.2748	4858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.71	0.3029	237	0.2655	4868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.75	0.308	273	0.2628	4860	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.75-2.79	0.3035	240	0.2543	4870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.84	0.2844	248	0.2667	4915	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.84-2.88	0.3276	257	0.2744	4858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.93	0.36	253	0.2781	4869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-2.99	0.3121	231	0.2724	4893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.05	0.3227	246	0.2522	4868	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.05-3.11	0.259	260	0.2341	4893	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.11-3.17	0.2808	267	0.224	4829	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.17-3.25	0.2549	253	0.2142	4886	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.33	0.2584	227	0.2134	4917	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.33-3.42	0.2524	271	0.2112	4843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.52	0.238	227	0.2122	4896	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.63	0.2261	263	0.1993	4890	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.76	0.2268	273	0.1776	4849	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-3.91	0.225	238	0.1721	4880	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.09	0.2163	217	0.164	4923	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.31	0.1891	261	0.1545	4876	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.31-4.58	0.16	245	0.1341	4900	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.58-4.93	0.1495	250	0.1314	4903	X-RAY DIFFRACTION	100
4.93-5.43	0.1782	271	0.1439	4849	X-RAY DIFFRACTION	99.98
5.43-6.21	0.1912	248	0.1628	4926	X-RAY DIFFRACTION	99.96
6.21-7.82	0.2088	283	0.1754	4868	X-RAY DIFFRACTION	100
7.82-45.76	0.188	244	0.1587	4925	X-RAY DIFFRACTION	99.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.05721359967	0.319285657087	-0.0486863510752	2.43211220383	0.210539726172	2.63272889289	0.0634730723483	-0.17012763021	0.156125797341	-0.0816360967358	-0.109127186844	0.737565339444	0.19085869133	-1.01250007274	0.020444119893	0.333761060511	-0.0255278411236	-0.0778441790691	0.780739560819	-0.13115901427	0.714451311051	4.5842288089	-3.40297143663	4.0745209105
2	3.26452830685	0.503596014123	1.00527487469	4.28492390182	1.05337218561	1.42213037368	0.120066244533	0.0907518318807	-0.314490504236	-0.203071449285	-0.215278515785	0.482499240904	0.212007050685	-0.483205457223	0.0878650542242	0.366656803023	-0.0890220054199	-0.00307781004001	0.536085666191	-0.0861562529302	0.399413792353	17.2418340884	-13.5600752757	-3.40854515574
3	1.39776585787	0.269843967624	0.404540703356	2.6881844486	0.733216856135	1.30865938158	0.172514541267	0.21456967736	-0.26760690319	-0.182469251594	-0.0687286713583	-0.0973442119711	0.286789581588	0.0380635235769	-0.107140059847	0.336204098494	0.0248781483701	0.0149643931003	0.413000888809	-0.0274413040048	0.277549748204	40.0331600329	-9.98886154589	2.08393236914
4	1.91118889997	-0.524051299534	-0.00724474162998	3.5073619645	1.41185468555	5.16820595978	0.122792184692	-0.363381447219	0.267993731514	-0.0259226720658	-0.0819475217877	0.0473301002138	-0.33774387676	-0.193545121906	-0.0595129646614	0.265790338183	0.000553018335635	0.0606392081879	0.353524895662	-0.0439152642908	0.50652502831	32.8895304125	31.5576920136	23.4693727288
5	1.88414439831	-0.634633126538	0.432671107995	2.57461333269	0.903453962762	0.918078999518	0.0444248716249	-0.768609090167	-0.197418423657	1.06276790085	-0.0962096313041	0.249939457194	1.00637733393	-0.489636193761	0.00648196349657	1.41232243451	-0.265035287104	-0.168893340368	0.851850564962	0.306084955211	0.646478164319	58.8846967579	-11.8329888107	63.1315825685
6	1.4718323291	0.440562320288	0.786300221629	2.95936329094	0.199928123522	3.10079198397	0.41273442189	-0.511757974767	-0.355125159258	0.839287894691	-0.0909614569278	-0.508089711402	0.622278536247	-0.0616576989269	-0.256734828477	0.638969270127	-0.074660679339	-0.172968247224	0.521753159006	0.0787014535819	0.482127908408	69.3010273707	-2.96512121318	49.4565991938
7	1.55360252453	0.803734106074	0.998898918717	2.09126828821	1.16176535485	2.4325814248	0.148617504205	0.0938681186734	-0.156153489585	0.0845201215842	-0.0227457668413	-0.172751875582	0.191575641165	0.0967733540937	-0.0907358723338	0.220662760527	0.0293913721984	0.0298910745643	0.382268581601	0.00516425153122	0.321081186442	62.8429147062	0.32777764388	25.2953925843
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Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 18 through 141 )	A	A	18 - 141	1 - 124
2	2	chain 'A' and (resid 142 through 255 )	A	A	142 - 255	125 - 235
3	3	chain 'A' and (resid 256 through 523 )	A	A	256 - 523	236 - 503
4	4	chain 'A' and (resid 524 through 623 )	A	A	524 - 623	504 - 603
5	5	chain 'B' and (resid 18 through 100 )	B	B	18 - 100	1 - 83
6	6	chain 'B' and (resid 101 through 255 )	B	B	101 - 255	84 - 233
7	7	chain 'B' and (resid 256 through 517 )	B	B	256 - 517	234 - 495
8	8	chain 'B' and (resid 518 through 623 )	B	B	518 - 623	496 - 601
9	9	chain 'C' and (resid 18 through 100 )	C	C	18 - 100	1 - 83
10	10	chain 'C' and (resid 101 through 219 )	C	C	101 - 219	84 - 202
11	11	chain 'C' and (resid 220 through 286 )	C	C	220 - 286	203 - 266
12	12	chain 'C' and (resid 287 through 523 )	C	C	287 - 523	267 - 503
13	13	chain 'C' and (resid 524 through 623 )	C	C	524 - 623	504 - 603
14	14	chain 'D' and (resid 18 through 141 )	D	D	18 - 141	1 - 124
15	15	chain 'D' and (resid 142 through 356 )	D	D	142 - 356	125 - 336
16	16	chain 'D' and (resid 357 through 623 )	D	D	357 - 623	337 - 603
17	17	chain 'E' and (resid 18 through 118 )	E	E	18 - 118	1 - 101
18	18	chain 'E' and (resid 119 through 237 )	E	E	119 - 237	102 - 213
19	19	chain 'E' and (resid 238 through 354 )	E	E	238 - 354	214 - 330
20	20	chain 'E' and (resid 355 through 523 )	E	E	355 - 523	331 - 499
21	21	chain 'E' and (resid 524 through 623 )	E	E	524 - 623	500 - 599
22	22	chain 'F' and (resid 18 through 99 )	F	F	18 - 99	1 - 82
23	23	chain 'F' and (resid 100 through 174 )	F	F	100 - 174	83 - 157
24	24	chain 'F' and (resid 175 through 219 )	F	F	175 - 219	158 - 202
25	25	chain 'F' and (resid 220 through 303 )	F	F	220 - 303	203 - 279
26	26	chain 'F' and (resid 304 through 354 )	F	F	304 - 354	280 - 330
27	27	chain 'F' and (resid 355 through 523 )	F	F	355 - 523	331 - 499
28	28	chain 'F' and (resid 524 through 567 )	F	F	524 - 567	500 - 543
29	29	chain 'F' and (resid 568 through 623 )	F	F	568 - 623	544 - 599

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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