PDB-8bz7: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with TD...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bz7

タイトル

Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with TDP-rhamnose

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with TDP-rhamnose
著者: Monteiro, R. / Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H. / Cabanes, D.

履歴

登録	2022年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bz7.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bz7.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bz7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8bz7_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bz7_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	8bz7_validation.xml.gz	132.6 KB	表示
CIF形式データ	8bz7_validation.cif.gz	183.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8bz4S 8bz5 8bz6 8bz8 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

B: Glycosyltransferase

C: Glycosyltransferase

D: Glycosyltransferase

E: Glycosyltransferase

F: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

435 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Glycosyltransferase

D: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
145 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

C: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
145 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

F: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
145 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.988, 291.265, 92.394
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.379, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 71637.930 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: APD94_03445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A401AAP7

-
非ポリマー , 6種, 1222分子

#2: 化合物	ChemComp-TRH / 2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / dTDP-L-ラムノ-ス分子量: 548.330 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₆N₂O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate 20% (w/v) PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979257 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979257 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 227206 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 46.28 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.069 / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / R_merge(I) obs: 1.087 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 11233 / CC_1/2: 0.555 / R_pim(I) all: 0.658 / R_rim(I) all: 1.275 / R_sym value: 1.087

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8BZ4

8bz4

解像度: 2.2→50 Å / SU ML: 0.2964 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.2681
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	11129	4.9 %
R_work	0.1873	215982	-
obs	0.1887	227111	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29172	0	317	1193	30682

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0046	30144
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6703	40757
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.2806	4466
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	5211
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.2621	11382

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3418	377	0.3221	7155	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.23-2.25	0.3321	398	0.3079	7218	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.25-2.28	0.3061	356	0.2796	7140	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.28-2.31	0.3002	375	0.2683	7218	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.31-2.34	0.319	373	0.2754	7219	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.34-2.37	0.2928	394	0.2622	7195	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.37-2.4	0.2844	359	0.2597	7139	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.4-2.44	0.2933	354	0.2655	7240	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.44-2.48	0.3088	369	0.2792	7198	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.48-2.52	0.3122	368	0.2773	7154	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.52-2.56	0.2789	357	0.2504	7296	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.56-2.61	0.2837	399	0.2385	7113	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.61-2.66	0.2705	355	0.2317	7181	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.66-2.71	0.284	381	0.2335	7205	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.71-2.77	0.2513	364	0.221	7131	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.77-2.84	0.2553	360	0.2196	7197	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.84-2.91	0.255	404	0.2242	7199	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.91-2.99	0.2643	372	0.238	7232	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.99-3.07	0.279	371	0.2241	7167	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.07-3.17	0.248	378	0.2137	7175	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.17-3.29	0.2406	372	0.1951	7242	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.29-3.42	0.2111	330	0.1856	7226	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.42-3.57	0.2109	405	0.1822	7187	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.57-3.76	0.1827	376	0.1709	7177	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.76-4	0.1688	354	0.1517	7241	X-RAY DIFFRACTION	99.71
4-4.31	0.1749	340	0.1439	7253	X-RAY DIFFRACTION	99.83
4.31-4.74	0.1441	354	0.1275	7218	X-RAY DIFFRACTION	99.68
4.74-5.42	0.1555	350	0.1395	7266	X-RAY DIFFRACTION	99.62
5.42-6.83	0.1917	387	0.166	7180	X-RAY DIFFRACTION	99.7
6.83-50	0.1747	397	0.154	7220	X-RAY DIFFRACTION	99.05

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.55336167291	0.506466756169	-0.183890270241	2.40261828439	0.218831205323	2.55309861934	0.0768128454255	-0.517989217902	0.244943869052	0.038795313069	-0.293320658422	0.868063961444	0.215412833303	-1.0961862249	0.190770421924	0.360581975311	-0.107074138	-0.0298436287805	0.865890009121	-0.209859000616	0.658243803225	3.5339394058	-3.30031777439	5.55725904977
2	2.90246956953	-0.116700842435	1.16074349551	2.94910289708	0.631891033325	1.57531403919	0.182432792477	0.0622402240163	-0.324417072782	-0.25069120859	-0.221429108548	0.458344677191	0.334364272813	-0.490080160304	0.0128570636404	0.382819034577	-0.0922092092139	-0.0109647873954	0.479616115927	-0.0737080561608	0.374273116719	17.1155235835	-12.5454576541	-3.49731900537
3	1.11836026999	0.129379252714	0.433454422421	2.29112091091	0.68248213861	1.3780897041	0.181500781928	0.150299510436	-0.238076449586	-0.202197459757	-0.0754331908512	-0.0531438306622	0.300756344133	0.0158438601754	-0.113382606061	0.357940432938	0.0121430836908	0.00944570296888	0.342242224796	-0.0133829907631	0.240967937711	40.0640145395	-9.67892594779	2.52227276351
4	2.09331386258	-0.932850840822	-0.80081001387	3.06976936411	2.19579966179	5.51066112049	0.132860139782	-0.195527088109	0.285673156353	-0.101063447233	-0.0179898954467	-0.0919621440538	-0.250259224532	-0.0445298811056	-0.171981832853	0.232375444308	-0.0159812402935	0.0247798442153	0.304415841494	-0.0171966915593	0.443367559465	32.7876024001	31.8989460085	23.5432102694
5	1.7760639834	0.590170773807	0.00762694719706	3.07551090329	-0.931464749473	3.03946479098	-0.105498067475	0.502245372093	0.257043512871	-0.867122214219	0.0361470808265	0.395198058682	0.190692047771	0.14357651864	0.0621284866463	0.471415148419	-0.00928983610195	-0.114836918391	0.49440650651	0.0755004939422	0.43109017903	10.7236099522	51.3467414113	13.7980012818
6	1.81307988031	-0.379568661474	0.136508501505	3.53490112335	-0.539964048553	1.92179146224	0.0313568545817	0.016314541979	0.610297115785	-0.428800050225	0.00791962734045	0.888697215883	-0.144311177108	-0.0980559713731	-0.00434845530093	0.298131752318	-0.00517860692947	-0.0943024571401	0.390619310035	0.0462729044958	0.705062203128	3.51302958059	58.7803268699	23.9305198279
7	0.647077190116	-0.0352589560208	0.267219582199	1.83036181801	-0.131147385876	0.705629287975	-0.0712624647344	-0.0368215513415	0.285918935939	0.186343110045	-0.0258982720257	0.285353753876	-0.18081478405	-0.0918763345849	0.118063418873	0.271270156675	-0.00022205019505	0.0615250113618	0.399150144517	-0.0470216533254	0.51447271657	7.34506362646	51.5847938227	46.968004103
8	5.01115622562	-2.41491346339	-0.746552468212	4.42661343206	1.55410548568	3.24421261996	-0.151004233792	-0.0577469628642	-0.179392319782	0.110164489299	-0.0104938805324	0.194824123108	0.287739059474	0.0640743052197	0.174474256964	0.276822535628	-0.0608447204578	0.043972904446	0.28786720583	0.0138373038892	0.263540639416	17.2483175837	7.36908459266	31.0812833836
9	3.22111591677	-1.36179149878	0.358043030643	3.21192438723	-0.0135180717928	1.79904355002	-0.193452081592	-0.309238655227	0.31810693893	0.492600016925	0.060775439338	-0.67735465047	0.0274414359263	0.289944109052	0.105738159647	0.422747864129	-0.00180233625387	-0.0614972015893	0.442428317379	0.0136167626604	0.379370961577	71.4766905371	28.8044209144	-15.9053559044
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 18 through 129 )	A	A	18 - 129	1 - 112
2	2	chain 'A' and (resid 130 through 255 )	A	A	130 - 255	113 - 233
3	3	chain 'A' and (resid 256 through 523 )	A	A	256 - 523	234 - 501
4	4	chain 'A' and (resid 524 through 623 )	A	A	524 - 623	502 - 601
5	5	chain 'B' and (resid 18 through 150 )	B	C	18 - 150	1 - 133
6	6	chain 'B' and (resid 151 through 237 )	B	C	151 - 237	134 - 215
7	7	chain 'B' and (resid 238 through 523 )	B	C	238 - 523	216 - 501
8	8	chain 'B' and (resid 524 through 623 )	B	C	524 - 623	502 - 601
9	9	chain 'C' and (resid 18 through 174 )	C	E	18 - 174	1 - 157
10	10	chain 'C' and (resid 175 through 303 )	C	E	175 - 303	158 - 280
11	11	chain 'C' and (resid 304 through 523 )	C	E	304 - 523	281 - 500
12	12	chain 'C' and (resid 524 through 623 )	C	E	524 - 623	501 - 600
13	13	chain 'D' and (resid 17 through 99 )	D	G	17 - 99	1 - 83
14	14	chain 'D' and (resid 100 through 237 )	D	G	100 - 237	84 - 213
15	15	chain 'D' and (resid 238 through 623 )	D	G	238 - 623	214 - 599
16	16	chain 'E' and (resid 18 through 183 )	E	I	18 - 183	1 - 166
17	17	chain 'E' and (resid 184 through 523 )	E	I	184 - 523	167 - 498
18	18	chain 'E' and (resid 524 through 623 )	E	I	524 - 623	499 - 598
19	19	chain 'F' and (resid 18 through 174 )	F	K	18 - 174	1 - 157
20	20	chain 'F' and (resid 175 through 237 )	F	K	175 - 237	158 - 212
21	21	chain 'F' and (resid 238 through 354 )	F	K	238 - 354	213 - 329
22	22	chain 'F' and (resid 355 through 534 )	F	K	355 - 534	330 - 509
23	23	chain 'F' and (resid 535 through 575 )	F	K	535 - 575	510 - 550
24	24	chain 'F' and (resid 576 through 623 )	F	K	576 - 623	551 - 598

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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