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Yorodumi- PDB-8bz7: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with TD... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8bz7 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with TDP-rhamnose | ||||||
Components | Glycosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Glycosyltransferase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationTransferases; Glycosyltransferases / hexosyltransferase activity / biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Listeria monocytogenes (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H. | ||||||
| Funding support | Portugal, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2025Title: Molecular properties of the RmlT wall teichoic acid rhamnosyltransferase that modulates virulence in Listeria monocytogenes. Authors: Monteiro, R. / Cereija, T.B. / Pombinho, R. / Voskuilen, T. / Codee, J.D.C. / Sousa, S. / Morais-Cabral, J.H. / Cabanes, D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8bz7.cif.gz | 1.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8bz7.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8bz7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8bz7_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8bz7_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
| Data in XML | 8bz7_validation.xml.gz | 132.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 8bz7_validation.cif.gz | 183.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8bz4SC ![]() 8bz5C ![]() 8bz6C ![]() 8bz8C ![]() 9gzjC ![]() 9gzkC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
| #1: Protein | Mass: 71637.930 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Listeria monocytogenes (bacteria) / Gene: APD94_03445 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 1222 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-TRH / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-TAR / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.23 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate 20% (w/v) PEG 3,350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.979257 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 22, 2020 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979257 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 227206 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 46.28 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 14 |
| Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 1.087 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 11233 / CC1/2: 0.555 / Rpim(I) all: 0.658 / Rrim(I) all: 1.275 / Rsym value: 1.087 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 8BZ4 Resolution: 2.2→50 Å / SU ML: 0.2964 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.2681 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 57.86 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→50 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Listeria monocytogenes (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Portugal, 1items
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