PDB-8bz4: Crystal structure of the apo form of the L. monocytogenes RmlT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bz4

タイトル

Crystal structure of the apo form of the L. monocytogenes RmlT

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase

機能・相同性

: / Glycosyl transferase TarS linker domain / 転移酵素; グリコシル基を移すもの / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / glycosyltransferase activity / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / metal ion binding / Glycosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular properties of the RmlT wall teichoic acid rhamnosyltransferase that modulates virulence in Listeria monocytogenes.
著者: Monteiro, R. / Cereija, T.B. / Pombinho, R. / Voskuilen, T. / Codee, J.D.C. / Sousa, S. / Morais-Cabral, J.H. / Cabanes, D.

履歴

登録	2022年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bz4.cif.gz	589.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bz4.ent.gz	412.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bz4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bz5C 8bz6C 8bz7C 8bz8C 9gzjC 9gzkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

B: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

144 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.427, 103.688, 178.405
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 72200.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: APD94_03445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A401AAP7
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Succinic acid pH 7.0 10% (w/v) PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→49.78 Å / Num. obs: 53098 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 52.09 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.21 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.218 / R_sym value: 0.21 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.52→2.6 Å / R_merge(I) obs: 1.735 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4546 / CC_1/2: 0.682 / R_pim(I) all: 0.491 / R_rim(I) all: 1.804 / R_sym value: 1.735

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データスケーリング
SHELXCD		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.52→49.78 Å / SU ML: 0.3564 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.9867
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2514	2570	4.85 %
R_work	0.219	50441	-
obs	0.2206	53011	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→49.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9597	0	1	241	9839

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	9802
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.521	13237
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.7136	1444
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	1703
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.1451	3678

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.52-2.57	0.3244	123	0.3143	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.57-2.62	0.3627	142	0.294	2787	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.62-2.68	0.3061	152	0.2886	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.68-2.74	0.3501	152	0.3551	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.74-2.81	0.3439	132	0.3208	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.81-2.88	0.334	144	0.31	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.97	0.2715	127	0.2718	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.07	0.3282	134	0.2566	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.17	0.2877	149	0.2593	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.18-3.3	0.3132	140	0.2708	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.3-3.45	0.2686	138	0.2594	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.63	0.2749	153	0.2156	2777	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.63-3.86	0.2417	150	0.1972	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.16	0.2162	156	0.1861	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.58	0.2194	130	0.1647	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-5.24	0.1948	135	0.1576	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
5.24-6.6	0.2137	148	0.198	2879	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.6-49.78	0.2203	165	0.191	2997	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.32143342587	-0.0613272083657	-1.1026502063	1.24346884762	0.232494305582	1.66266208554	-0.0554860495348	-0.0373409280112	-0.146758762437	0.0452490386353	0.0403965734551	0.139752145964	0.141792843236	-0.156402441579	0.0188995089424	0.3380275647	-0.0443694006596	-0.00189838393595	0.307999302628	0.0184205784825	0.324352547495	53.6678559349	19.9389324739	171.966792685
2	1.29290198414	0.316706945044	-0.181162860129	2.34488093463	-0.563694698717	1.62578941537	0.0061486311511	0.0511124697263	0.126252386965	-0.0443288832111	0.0334248042017	0.140408109058	-0.156943876546	-0.0705986015303	0.0154556726304	0.301738275047	0.00444759653257	0.000548203284882	0.330963037529	-0.0172696800204	0.339099637732	61.9537882115	32.4541521973	166.927278235
3	0.850302772776	0.505488616457	0.258894647568	1.80088201974	0.416692640609	0.813472519882	-0.0591634975692	0.316950706539	-0.176856134352	-0.231829368003	0.111039119866	-0.158209489514	0.01359107169	0.130275983903	-0.0738419057955	0.320159022627	0.00958924589642	0.0334603863328	0.483852084048	-0.0643760962128	0.368156880365	66.1554343541	14.0411964362	143.152679949
4	0.988472150747	-0.266553692168	-0.474475489506	0.728498264264	0.401204429131	0.341681880073	-0.824728375045	0.12592203352	0.970893282169	0.231844065099	0.0310131589547	0.420986056944	-0.794174550711	-0.420279642906	0.402639112161	1.40072670932	0.119543097915	-0.803536479947	0.971319253738	0.0334248720336	1.38011053373	26.8318648412	27.4172034303	100.857643214
5	1.43373691755	0.237611632186	1.91019933357	2.13895214671	0.150216470594	3.04924749527	-0.959616364759	0.644278097426	1.04542809245	-0.916014995624	0.167503008842	1.08656445029	-0.611776806729	-0.96304655681	0.374232422104	1.27147318047	-0.148854501987	-0.743176804111	1.21341687638	0.20118373594	1.54136077144	28.9300739683	25.2927157933	97.6154300443
6	1.01772499242	-0.00741203209346	1.80641316059	2.04121423476	0.404969265528	3.49934138146	-0.844524810646	0.836151253513	0.397347102704	-1.19094826532	0.661765820197	0.699062658843	-0.699778782111	0.209138318921	0.178975615151	1.01147935687	-0.339801337394	-0.246059656717	1.11390055484	0.153610919167	0.725446902028	42.732424764	15.6481425187	97.6574059231
7	1.58224380411	1.19589980741	0.660184346981	1.96588031053	0.557377437816	1.62527626709	-0.116707340921	0.641407974407	-0.360950139434	-0.304605279789	0.468747266693	-0.107464008205	0.154873961141	0.325255965228	-0.188988852657	0.483985058938	-0.00619277034993	-0.0210172689489	0.761925290608	-0.241563312442	0.544539637259	52.2512788079	0.0102383200262	110.965339615
8	1.7446280343	0.846499659938	0.561161664641	2.76674598608	0.838683474766	1.9113371418	-0.193750604623	0.56555127314	-0.0846445082244	-0.575248063749	0.379410956868	-0.0819762049031	-0.273315172507	0.495777199062	-0.212306120734	0.505001588835	-0.0990943096233	0.048546584188	0.797346199619	-0.0742821702123	0.38192573074	65.1676152048	20.1418815531	114.889321653
9	1.66947832841	0.757013092437	0.172307739409	3.19484028332	0.270630987906	1.87822064693	-0.123641473709	-0.0489118177095	1.1950231547	-0.405195901357	0.102676705847	0.348655592501	-1.09872558596	0.000223712221546	0.0252307300972	1.17929812407	-0.00491361134287	-0.0174140342669	0.574696679001	0.055723491194	1.11945894341	55.4091597534	57.7703239626	123.667422143

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 18 through 161 )	A	A	18 - 161	1 - 144
2	2	chain 'A' and (resid 162 through 255 )	A	A	162 - 255	145 - 238
3	3	chain 'A' and (resid 256 through 623 )	A	A	256 - 623	239 - 606
4	4	chain 'B' and (resid 21 through 66 )	B	B	21 - 66	1 - 37
5	5	chain 'B' and (resid 67 through 128 )	B	B	67 - 128	38 - 90
6	6	chain 'B' and (resid 129 through 237 )	B	B	129 - 237	91 - 191
7	7	chain 'B' and (resid 238 through 354 )	B	B	238 - 354	192 - 308
8	8	chain 'B' and (resid 355 through 512 )	B	B	355 - 512	309 - 466
9	9	chain 'B' and (resid 513 through 623 )	B	B	513 - 623	467 - 577

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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