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万見
- PDB-8b9d: Human replisome bound by Pol Alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b9d
タイトルHuman replisome bound by Pol Alpha
要素
  • (DNA polymerase alpha ...) x 2
  • (DNA replication complex GINS protein ...) x 4
  • (DNA replication licensing factor ...) x 6
  • Cell division control protein 45 homolog
  • Claspin
  • DNA Molecule
  • DNA primase large subunit
  • DNA primase small subunit
  • Leading strand DNA
  • Protein timeless homolog
  • TIMELESS-interacting protein
  • WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1
キーワードREPLICATION / human / priming / polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to bleomycin / DNA primase AEP / DNA secondary structure binding / ribonucleotide binding / detection of abiotic stimulus / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / replication fork arrest / Switching of origins to a post-replicative state / cell cycle phase transition / Unwinding of DNA ...cellular response to bleomycin / DNA primase AEP / DNA secondary structure binding / ribonucleotide binding / detection of abiotic stimulus / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / replication fork arrest / Switching of origins to a post-replicative state / cell cycle phase transition / Unwinding of DNA / DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / activation of protein kinase activity / Telomere C-strand synthesis initiation / DNA/RNA hybrid binding / cellular response to cisplatin / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / replication fork protection complex / nuclear origin of replication recognition complex / cellular response to hydroxyurea / regulation of type I interferon production / alpha DNA polymerase:primase complex / anaphase-promoting complex binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / mitotic DNA replication / Polymerase switching / CMG complex / DNA replication checkpoint signaling / regulation of phosphorylation / Processive synthesis on the lagging strand / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / Removal of the Flap Intermediate / lagging strand elongation / mitotic DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via break-induced replication / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / mitotic DNA replication initiation / DNA replication, synthesis of primer / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / inner cell mass cell proliferation / DNA strand elongation involved in DNA replication / Apoptotic cleavage of cellular proteins / branching morphogenesis of an epithelial tube / DNA synthesis involved in DNA repair / positive regulation of double-strand break repair / G1/S-Specific Transcription / leading strand elongation / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / nuclear replication fork / replication fork processing / DNA replication origin binding / cochlea development / DNA replication initiation / Activation of the pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / response to UV / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to interleukin-4 / DNA helicase activity / lung development / cellular response to epidermal growth factor stimulus / DNA damage checkpoint signaling / morphogenesis of an epithelium / Defective pyroptosis / Assembly of the pre-replicative complex / enzyme activator activity / helicase activity / circadian rhythm / regulation of circadian rhythm / peptidyl-serine phosphorylation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / multicellular organism growth / cellular response to xenobiotic stimulus / nuclear matrix / Orc1 removal from chromatin / protein import into nucleus / DNA-directed RNA polymerase activity / cellular senescence / nuclear envelope / mitotic cell cycle / nucleosome assembly / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / Processing of DNA double-strand break ends / histone binding / DNA helicase / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / cell population proliferation / Ub-specific processing proteases / cilium / ciliary basal body
類似検索 - 分子機能
: / WDHD1 HMG box / WDHD1 first WD40 domain / Claspin / Timeless, C-terminal / Timeless PAB domain / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal domain superfamily / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 ...: / WDHD1 HMG box / WDHD1 first WD40 domain / Claspin / Timeless, C-terminal / Timeless PAB domain / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal domain superfamily / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / : / DNA polymerase alpha subunit B, OB domain / DNA polymerase alpha subunit B N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal / Timeless, N-terminal / Timeless / Timeless protein / : / DNA polymerase alpha-binding protein Ctf4, C-terminal domain / DNA polymerase alpha, subunit B / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / Minichromosome loss protein, Mcl1, middle region / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / DNA polymerase alpha catalytic subunit, N-terminal domain / DNA polymerase alpha, zinc finger domain superfamily / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit C-terminal domain / DNA Polymerase alpha zinc finger / DNA polymerase alpha subunit p180 N terminal / Zinc finger, DNA-directed DNA polymerase, family B, alpha / DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / DNA polymerase alpha catalytic subunit, catalytic domain / : / PSF2 N-terminal domain / : / : / PSF3 N-terminal domain / PSF1 C-terminal domain / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45 / GINS complex, subunit Psf3 / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / GINS complex, subunit Psf1 / GINS, helical bundle-like domain superfamily / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor MCM7, winged helix / DNA replication licensing factor Mcm5 / MCM4, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / : / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / DNA polymerase family B, thumb domain / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / Cell division control protein 45 homolog / WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1 / DNA polymerase alpha catalytic subunit / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication licensing factor MCM7 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / Cell division control protein 45 homolog / WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1 / DNA polymerase alpha catalytic subunit / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA polymerase alpha subunit B / DNA replication licensing factor MCM6 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / TIMELESS-interacting protein / Claspin / Protein timeless homolog / DNA replication complex GINS protein PSF2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Jones, M.L. / Yeeles, J.T.P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/12 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: How Pol α-primase is targeted to replisomes to prime eukaryotic DNA replication.
著者: Morgan L Jones / Valentina Aria / Yasemin Baris / Joseph T P Yeeles /
要旨: During eukaryotic DNA replication, Pol α-primase generates primers at replication origins to start leading-strand synthesis and every few hundred nucleotides during discontinuous lagging-strand ...During eukaryotic DNA replication, Pol α-primase generates primers at replication origins to start leading-strand synthesis and every few hundred nucleotides during discontinuous lagging-strand replication. How Pol α-primase is targeted to replication forks to prime DNA synthesis is not fully understood. Here, by determining cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of budding yeast and human replisomes containing Pol α-primase, we reveal a conserved mechanism for the coordination of priming by the replisome. Pol α-primase binds directly to the leading edge of the CMG (CDC45-MCM-GINS) replicative helicase via a complex interaction network. The non-catalytic PRIM2/Pri2 subunit forms two interfaces with CMG that are critical for in vitro DNA replication and yeast cell growth. These interactions position the primase catalytic subunit PRIM1/Pri1 directly above the exit channel for lagging-strand template single-stranded DNA (ssDNA), revealing why priming occurs efficiently only on the lagging-strand template and elucidating a mechanism for Pol α-primase to overcome competition from RPA to initiate primer synthesis.
履歴
登録2022年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: DNA replication licensing factor MCM2
3: DNA replication licensing factor MCM3
4: DNA replication licensing factor MCM4
5: DNA replication licensing factor MCM5
6: DNA replication licensing factor MCM6
7: DNA replication licensing factor MCM7
A: DNA polymerase alpha subunit B
C: Cell division control protein 45 homolog
D: DNA replication complex GINS protein PSF1
E: DNA replication complex GINS protein PSF2
F: DNA replication complex GINS protein PSF3
G: DNA replication complex GINS protein SLD5
K: Protein timeless homolog
L: TIMELESS-interacting protein
M: Leading strand DNA
N: DNA Molecule
P: DNA primase large subunit
Q: Claspin
O: DNA primase small subunit
H: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1
B: DNA polymerase alpha catalytic subunit
J: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1
I: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,834,17733
ポリマ－1,832,32323
非ポリマー1,85310
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA replication licensing factor ... , 6種, 6分子 234567

#1: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 2 homolog / Nuclear protein BM28


分子量: 102034.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM2, BM28, CCNL1, CDCL1, KIAA0030 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P49736, DNA helicase
#2: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM3 / DNA polymerase alpha holoenzyme-associated protein P1 / P1-MCM3 / RLF subunit beta / p102


分子量: 91110.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P25205, DNA helicase
#3: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM4 / CDC21 homolog / P1-CDC21


分子量: 96684.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM4, CDC21 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P33991, DNA helicase
#4: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM5 / CDC46 homolog / P1-CDC46


分子量: 82406.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM5, CDC46 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P33992, DNA helicase
#5: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM6 / p105MCM


分子量: 93010.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q14566, DNA helicase
#6: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM7 / CDC47 homolog / P1.1-MCM3


分子量: 81411.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM7, CDC47, MCM2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P33993, DNA helicase

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DNA polymerase alpha ... , 2種, 2分子 AB

#7: タンパク質 DNA polymerase alpha subunit B / DNA polymerase alpha 70 kDa subunit


分子量: 66015.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLA2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q14181
#21: タンパク質 DNA polymerase alpha catalytic subunit / DNA polymerase alpha catalytic subunit p180


分子量: 170392.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLA1, POLA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P09884, DNA-directed DNA polymerase

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タンパク質 , 7種, 9分子 CKLPQOHJI

#8: タンパク質 Cell division control protein 45 homolog / PORC-PI-1


分子量: 66016.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC45, CDC45L, CDC45L2, UNQ374/PRO710 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75419
#13: タンパク質 Protein timeless homolog / hTIM


分子量: 138903.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIMELESS, TIM, TIM1, TIMELESS1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UNS1
#14: タンパク質 TIMELESS-interacting protein


分子量: 34600.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIPIN / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BVW5
#17: タンパク質 DNA primase large subunit / DNA primase 58 kDa subunit / p58


分子量: 58890.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM2, PRIM2A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P49643
#18: タンパク質 Claspin / hClaspin


分子量: 155184.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLSPN / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9HAW4
#19: タンパク質 DNA primase small subunit / DNA primase 49 kDa subunit / p49


分子量: 54242.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P49642, DNA primase AEP
#20: タンパク質 WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1 / Acidic nucleoplasmic DNA-binding protein 1 / And-1


分子量: 129966.961 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDHD1, AND1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75717

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DNA replication complex GINS protein ... , 4種, 4分子 DEFG

#9: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF1 / GINS complex subunit 1


分子量: 23022.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GINS1, KIAA0186, PSF1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q14691
#10: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF2 / GINS complex subunit 2


分子量: 21453.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GINS2, PSF2, CGI-122, DC5, HSPC037 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y248
#11: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF3 / GINS complex subunit 3


分子量: 24562.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GINS3, PSF3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BRX5
#12: タンパク質 DNA replication complex GINS protein SLD5 / GINS complex subunit 4


分子量: 29983.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GINS4, SLD5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BRT9

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DNA鎖 , 2種, 2分子 MN

#15: DNA鎖 Leading strand DNA


分子量: 26092.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#16: DNA鎖 DNA Molecule


分子量: 26402.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 10分子

#22: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#23: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human replisome bound by pol alpha, engaged on a fork DNA substrate with a 60 nucleotide lagging strand.
タイプ: COMPLEX
Entity ID: #19, #7, #21, #17, #1-#6, #8-#12, #20, #13-#16, #18
由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 37.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 174696 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00867574
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.99191482
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.54325739
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05510197
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00911646

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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