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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a4x | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of human Cathepsin L with covalently bound Calpain inhibitor III | |||||||||||||||||||||
要素 | Cathepsin L | |||||||||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / cystein protease / drug target / lysosome / virus cell entry | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus ...enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / zymogen activation / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / antigen processing and presentation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / fibronectin binding / protein autoprocessing / Collagen degradation / collagen catabolic process / serpin family protein binding / cysteine-type peptidase activity / Attachment and Entry / endocytic vesicle lumen / collagen binding / MHC class II antigen presentation / Degradation of the extracellular matrix / multivesicular body / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / histone binding / collagen-containing extracellular matrix / adaptive immune response / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / lysosome / symbiont entry into host cell / immune response / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / fusion of virus membrane with host endosome membrane / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Falke, S. / Lieske, J. / Guenther, S. / Reinke, P.Y.A. / Ewert, W. / Loboda, J. / Karnicar, K. / Usenik, A. / Lindic, N. / Sekirnik, A. ...Falke, S. / Lieske, J. / Guenther, S. / Reinke, P.Y.A. / Ewert, W. / Loboda, J. / Karnicar, K. / Usenik, A. / Lindic, N. / Sekirnik, A. / Chapman, H.N. / Hinrichs, W. / Turk, D. / Meents, A. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, スロベニア, 6件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024 タイトル: Structural Elucidation and Antiviral Activity of Covalent Cathepsin L Inhibitors. 著者: Falke, S. / Lieske, J. / Herrmann, A. / Loboda, J. / Karnicar, K. / Gunther, S. / Reinke, P.Y.A. / Ewert, W. / Usenik, A. / Lindic, N. / Sekirnik, A. / Dretnik, K. / Tsuge, H. / Turk, V. / ...著者: Falke, S. / Lieske, J. / Herrmann, A. / Loboda, J. / Karnicar, K. / Gunther, S. / Reinke, P.Y.A. / Ewert, W. / Usenik, A. / Lindic, N. / Sekirnik, A. / Dretnik, K. / Tsuge, H. / Turk, V. / Chapman, H.N. / Hinrichs, W. / Ebert, G. / Turk, D. / Meents, A. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a4x.cif.gz | 606.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8a4x.ent.gz | 421.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a4x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8a4x_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8a4x_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8a4x_validation.xml.gz | 36.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8a4x_validation.cif.gz | 50.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/8a4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/8a4x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qkdC 7zs7C 7zvfC 7zxaC 8a4uC 8a4vC 8a4wC 8a5bC 8ahvC 8b4fC 8c77C 8ofaC 8ozaC 8prxC 8qkbC 3of9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 24161.676 Da / 分子数: 4 / 変異: T110A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSL, CTSL1 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P07711 |
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-非ポリマー , 6種, 357分子
#2: 化合物 | ChemComp-L3F / ( #3: 化合物 | ChemComp-PEG / #4: 化合物 | ChemComp-PGE / | #5: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: Mature cathepsin L at a concentration of 7 mg/ml was equilibrated against 27% w/v PEG 8000, 1 mM TCEP and 0.1 M sodium acetate at pH 4.0. Crystals, which grew at 293 K to final size after ...詳細: Mature cathepsin L at a concentration of 7 mg/ml was equilibrated against 27% w/v PEG 8000, 1 mM TCEP and 0.1 M sodium acetate at pH 4.0. Crystals, which grew at 293 K to final size after approximately 3 days, were transferred to a compound soaking solution containing 22% w/v PEG 8000, 1 mM TCEP and 0.1 M sodium acetate at pH 4.0 as well as 5% v/v DMSO and 10% v/v PEG 400. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→43.92 Å / Num. obs: 68306 / % possible obs: 94.29 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 26.72 Å2 / CC1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1406 / Rpim(I) all: 0.0806 / Rrim(I) all: 0.1631 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 6823 / CC1/2: 0.442 / CC star: 0.783 / Rpim(I) all: 0.6642 / Rrim(I) all: 1.319 / % possible all: 93.28 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3OF9 解像度: 1.8→43.92 Å / SU ML: 0.2268 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.6273 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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