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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8a4u | |||||||||||||||||||||
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| Title | Crystal structure of human cathepsin L with CAA0225 | |||||||||||||||||||||
Components | Cathepsin L | |||||||||||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / cystein protease / drug target / lysosome / virus cell entry / epoxide | |||||||||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationenkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus ...enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / zymogen activation / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / antigen processing and presentation / protein autoprocessing / Collagen degradation / collagen catabolic process / fibronectin binding / serpin family protein binding / collagen binding / Attachment and Entry / Degradation of the extracellular matrix / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / multivesicular body / endocytic vesicle lumen / MHC class II antigen presentation / cysteine-type peptidase activity / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / : / histone binding / adaptive immune response / Attachment and Entry / lysosome / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | Falke, S. / Lieske, J. / Guenther, S. / Reinke, P.Y.A. / Ewert, W. / Loboda, J. / Karnicar, K. / Usenik, A. / Lindic, N. / Sekirnik, A. ...Falke, S. / Lieske, J. / Guenther, S. / Reinke, P.Y.A. / Ewert, W. / Loboda, J. / Karnicar, K. / Usenik, A. / Lindic, N. / Sekirnik, A. / Chapman, H.N. / Hinrichs, W. / Turk, D. / Meents, A. | |||||||||||||||||||||
| Funding support | Germany, Slovenia, 6items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2024Title: Structural Elucidation and Antiviral Activity of Covalent Cathepsin L Inhibitors. Authors: Falke, S. / Lieske, J. / Herrmann, A. / Loboda, J. / Karnicar, K. / Gunther, S. / Reinke, P.Y.A. / Ewert, W. / Usenik, A. / Lindic, N. / Sekirnik, A. / Dretnik, K. / Tsuge, H. / Turk, V. / ...Authors: Falke, S. / Lieske, J. / Herrmann, A. / Loboda, J. / Karnicar, K. / Gunther, S. / Reinke, P.Y.A. / Ewert, W. / Usenik, A. / Lindic, N. / Sekirnik, A. / Dretnik, K. / Tsuge, H. / Turk, V. / Chapman, H.N. / Hinrichs, W. / Ebert, G. / Turk, D. / Meents, A. | |||||||||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 8a4u.cif.gz | 605.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8a4u.ent.gz | 419.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8a4u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8a4u_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8a4u_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
| Data in XML | 8a4u_validation.xml.gz | 37.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 8a4u_validation.cif.gz | 51.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/8a4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/8a4u | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7qkdC ![]() 7zs7C ![]() 7zvfC ![]() 7zxaC ![]() 8a4vC ![]() 8a4wC ![]() 8a4xC ![]() 8a5bC ![]() 8ahvC ![]() 8b4fC ![]() 8c77C ![]() 8ofaC ![]() 8ozaC ![]() 8prxC ![]() 8qkbC ![]() 3of9S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 24193.674 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: T110A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CTSL, CTSL1 / Production host: Komagataella phaffii GS115 (fungus) / References: UniProt: P07711 |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 407 molecules 












| #2: Chemical | ChemComp-L2X / ( #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PEG / #5: Chemical | ChemComp-PGE / | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PG4 / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.79 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 Details: Mature cathepsin L at a concentration of 7 mg/ml was equilibrated against 27% w/v PEG 8000, 1 mM TCEP and 0.1 M sodium acetate at pH 4.0. Crystals, which grew at 293 K to final size after ...Details: Mature cathepsin L at a concentration of 7 mg/ml was equilibrated against 27% w/v PEG 8000, 1 mM TCEP and 0.1 M sodium acetate at pH 4.0. Crystals, which grew at 293 K to final size after approximately 3 days, were transferred to a compound soaking solution containing 22% w/v PEG 8000, 1 mM TCEP and 0.1 M sodium acetate at pH 4.0 as well as 5% v/v DMSO and 10% v/v PEG 400. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.033 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 14, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.9→44.14 Å / Num. obs: 56804 / % possible obs: 94.04 % / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 26.11 Å2 / CC1/2: 0.983 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.3316 / Rpim(I) all: 0.1307 / Rrim(I) all: 0.3567 / Net I/σ(I): 5.3 |
| Reflection shell | Resolution: 1.9→1.968 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.925 / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 5668 / CC1/2: 0.503 / CC star: 0.818 / Rpim(I) all: 0.7554 / Rrim(I) all: 2.069 / % possible all: 93.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3OF9 Resolution: 1.9→44.14 Å / SU ML: 0.2019 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 22.8054 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 37.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→44.14 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Germany,
Slovenia, 6items
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PDBj


















Komagataella phaffii GS115 (fungus)