PDB-7yxl: Drosophila melanogaster JMJD7 (dmJMJD7) in complex with Mn and N-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yxl

タイトル

Drosophila melanogaster JMJD7 (dmJMJD7) in complex with Mn and N-oxalyl-D-phenylalanine (NOFD)

要素

GH14974p

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE / OXYGENASE / JMJC / JMJC DOMAIN / JMJC DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 7 / JMJD7 / JMJC HYDROXYLASE / JMJC DEMETHYLASE / KDMS / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS / PTM / HYDROXYLATION / LYSYL HYDROXYLATION / DIMERISATION / TRANSLATION FACTOR / DEVELOPMENTALLY REGULATED GTP BINDING PROTEINS / DRG1 / DRG2 / TRAFAC GTPASE / HYPOXIA / NUCLEIC ACID- BINDING / METAL-BINDING / TRANSLATION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / DEVELOPMENT / CANCER / RIBOSOME BIOGENESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-lysine (3S)-dioxygenase / peptidyl-lysine 3-dioxygenase activity / Protein hydroxylation / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / circadian behavior / ferrous iron binding / endopeptidase activity / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Chowdhury, R. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Conservation of the unusual dimeric JmjC fold of JMJD7 from Drosophila melanogaster to humans.
著者: Chowdhury, R. / Abboud, M.I. / Wiley, J. / Tumber, A. / Markolovic, S. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2022年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: refine_ls_restr
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yxl.cif.gz	372.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yxl.ent.gz	309.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yxl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7yxl_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yxl_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7yxl_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	7yxl_validation.cif.gz	37.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yxl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7yxgSC 7yxhC 7yxiC 7yxjC 7yxkC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (5)

登録構造単位

A: GH14974p

B: GH14974p

ヘテロ分子

74.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.020, 65.160, 99.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.770, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	GH14974p / Jumonji domain containing 7 分子量: 36714.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: JMJD7, Dmel\CG10133, CG10133, Dmel_CG10133 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9VU77, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9VU77, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

GH14974p / Jumonji domain containing 7

分子量: 36714.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: JMJD7, Dmel\CG10133, CG10133, Dmel_CG10133 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9VU77, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 6種, 284分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-NDF / N-(CARBOXYCARBONYL)-D-PHENYLALANINE タイプ: D-peptide linking / 分子量: 237.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₁NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium ...詳細: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium acetate (or alternatively, 0.1 M barium chloride), and 0.002 M manganese chloride. Cryo-protection: 20% v/v ethylene glycol.

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.87 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月3日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97951 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→40.42 Å / Num. obs: 35134 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 34.9 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.067 / R_rim(I) all: 0.154 / R_sym value: 0.138 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
2.2-2.26	5.2	2552	0.559	0.582	1.364	1.229	99.7
9.84-40.42	4.5	411	0.998	0.014	0.032	0.028	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7YXG

7yxg

解像度: 2.2→40.418 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2298	1758	5.01 %
R_work	0.1885	33354	-
obs	0.1906	35112	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 205 Å² / B_iso mean: 53.3569 Å² / B_iso min: 16.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→40.418 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4834	0	140	269	5243
B_iso mean	-	-	68.45	41.76	-
残基数	-	-	-	-	612

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5073
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.654	6920
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.114	2985
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	745
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	907

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.2-2.2595	0.3381	125	0.2866	2523	100
2.2595-2.326	0.3059	148	0.2659	2555	100
2.326-2.4011	0.2863	131	0.2636	2550	100
2.4011-2.4869	0.2867	126	0.2431	2571	100
2.4869-2.5864	0.3058	139	0.2395	2528	100
2.5864-2.7041	0.2828	138	0.2315	2553	100
2.7041-2.8467	0.2796	142	0.2117	2570	100
2.8467-3.025	0.2322	135	0.2	2550	100
3.025-3.2584	0.2512	122	0.1899	2586	100
3.2584-3.5861	0.2343	131	0.1709	2573	100
3.5861-4.1046	0.1849	131	0.1552	2577	100
4.1046-5.1697	0.1702	150	0.1291	2567	100
5.1697-40.418	0.2161	140	0.1934	2651	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8352	4.6599	-2.9703	6.7585	-1.7801	6.7635	0.0053	0.3033	-1.7095	-0.5828	-0.1086	0.5221	0.8722	-0.0988	0.0938	0.5417	-0.0154	-0.1261	0.2963	-0.0783	0.6077	-9.4853	-1.4067	27.17
2	4.0826	3.6411	-0.7668	6.1634	-1.7685	3.2164	0.3647	0.3854	-0.8053	0.1885	-0.0493	-0.1776	0.345	0.0991	-0.0933	0.3788	-0.0056	0.0861	0.3343	-0.0644	0.3677	9.7039	7.6665	29.8785
3	1.8216	-0.1808	1.8917	1.6985	-0.4526	1.9055	-0.2449	0.3656	0.1469	-0.1989	0.1693	0.0607	0.1952	0.0883	0.1048	0.3217	0.0059	0.0588	0.3246	0.0117	0.3205	10.1234	18.3758	29.5572
4	1.1555	1.3262	2.0274	1.6632	2.5114	3.6923	-0.2395	0.2205	0.1554	0.0127	0.1738	-0.0184	-0.1498	0.4827	-0.1864	0.2876	-0.0109	-0.0012	0.2861	0.0401	0.3625	22.9755	20.2424	45.7564
5	3.4595	-0.0154	-4.1251	1.0813	1.9239	8.2942	0.0384	-1.2325	-0.124	0.122	-0.4548	0.7381	-1.105	0.7897	0.1218	0.5327	-0.1371	-0.0365	0.5026	-0.0272	0.4321	21.7063	22.9171	62.7365
6	2.8603	1.2234	0.7874	2.9713	0.6824	2.0299	0.1394	-0.1977	0.2937	0.4381	-0.2374	-0.3521	0.1727	-0.0705	-0.0622	0.2956	0.0212	0.0025	0.2579	0.0355	0.4132	6.5775	9.7585	61.7947
7	3.3096	0.4837	-0.998	3.2765	-1.6053	3.9936	0.4673	-0.1676	-0.1741	0.1382	-0.2772	0.2539	-0.5057	-0.0912	-0.2122	0.318	-0.0109	0.0302	0.2492	0.0169	0.3432	-4.9046	0.2989	60.8851
8	2.9421	1.5207	0.1478	1.8139	0.775	0.7674	0.1116	-0.6176	0.4085	0.7498	-0.0536	0.0559	0.3665	0.1476	-0.0658	0.5577	-0.0908	-0.0391	0.3411	-0.003	0.3783	12.6457	14.025	67.0868
9	3.6043	0.5802	-1.197	3.692	-0.4582	3.764	0.064	-0.2051	-0.1537	0.2047	0.0583	-0.3884	0.2074	-0.1794	-0.1835	0.3075	0.0032	-0.0287	0.3225	0.004	0.357	12.0886	12.6209	61.3268
10	4.3912	0.1573	2.7648	0.7797	-0.3944	2.143	-0.5133	0.2807	0.9521	0.2448	-0.0243	-0.1831	-0.6346	0.359	0.5046	0.3774	-0.0365	-0.056	0.2318	-0.0351	0.4302	14.5838	28.0226	42.713
11	4.3033	-2.8051	3.4514	2.9189	-3.1779	7.274	-0.3971	-0.1067	-0.4251	0.4735	0.3873	0.5053	-0.9769	-0.4436	0.0599	0.3801	0.0147	-0.0423	0.2869	-0.0484	0.3781	7.2857	22.9602	48.2275
12	2.0548	0.1094	-0.2899	2.6465	-0.0464	2.2515	-0.1936	-0.0047	-0.5119	0.17	0.164	-0.016	-0.0861	0.0458	0.0407	0.2902	-0.032	0.0206	0.2351	0.0375	0.31	6.0796	7.5296	51.4156
13	1.5325	0.2185	0.5034	1.6848	-0.1575	2.0606	0.0741	0.0997	-0.1558	0.2453	0.0478	-0.1334	-0.0726	0.0987	-0.0489	0.2624	0.0231	0.0214	0.2125	0.0052	0.2908	10.9027	12.5873	44.3588
14	0.3277	-0.2013	-0.7607	0.9385	-0.6167	2.7374	0.0888	-0.0212	0.0651	0.0245	-0.0239	0.1266	-0.3063	-0.3691	-0.0512	0.2735	-0.044	-0.0016	0.3128	0.06	0.352	-5.0824	3.6204	49.432
15	3.2873	-0.4666	-0.426	3.2531	-0.0434	3.6651	0.242	-0.4552	-0.3075	0.2355	0.0108	0.5265	-0.5812	-0.9514	-0.1271	0.4386	0.0678	0.0643	0.4852	-0.0233	0.3349	-7.1642	6.8985	68.8908
16	2.968	-0.4795	-0.4958	2.4529	0.0821	1.6455	0.0423	-0.1811	-0.3646	-0.1391	0.0591	0.3262	0.0704	-0.2959	-0.1472	0.3243	-0.0378	-0.0319	0.3367	0.0485	0.4289	-3.0077	1.3346	49.9647
17	2.4628	0.7621	-0.1947	2.6116	0.2112	0.9564	0.1611	-0.0182	-0.4445	0.1243	-0.123	-0.5103	0.2144	-0.0151	-0.0179	0.3037	-0.0373	0.042	0.2381	-0.0243	0.3448	3.5005	-2.7021	40.9004
18	1.9734	0.7532	0.3224	1.3146	0.0135	0.0841	-0.4217	0.1753	0.3004	-0.0394	0.2725	-0.0066	0.0134	0.0836	0.0292	0.2404	-0.0345	0.013	0.2679	-0.0097	0.2794	7.4418	14.239	38.996
19	1.2354	-0.6048	-0.6654	1.5365	-0.3466	0.7118	-0.237	-0.2972	-0.1472	0.1301	0.194	-0.4559	-0.3129	-0.101	0.0408	0.2228	0.0144	0.0287	0.2078	0.0368	0.2807	11.5337	7.4378	50.129
20	2.0946	-1.9539	3.154	3.6867	-2.6079	4.7702	0.1287	-0.1176	-0.0164	0.111	-0.1902	0.0685	0.0011	-0.0508	0.2244	0.3315	0.0196	0.0319	0.2592	0.0147	0.3482	7.8083	20.8426	46.2802
21	3.087	1.129	0.6932	6.5315	-1.2344	2.6816	0.2854	0.2397	-0.1014	0.1198	0.1105	0.1549	0.2348	0.1488	-0.3263	0.3124	0.0366	-0.0005	0.3648	-0.0252	0.3001	-10.4262	12.5975	35.6184
22	5.532	3.6086	-0.1844	2.456	0.1813	3.8316	0.0057	-0.3176	-0.1366	0.1583	0.1162	0.8838	0.2933	-0.6641	-0.104	0.3082	-0.0016	0.0044	0.4544	0.0576	0.4404	-21.0351	11.6372	34.2304
23	5.2965	0.1139	0.01	1.9557	1.7222	1.695	-0.4666	0.0517	0.2882	-0.0635	0.1681	0.2632	-0.3506	-0.2529	-0.0293	0.2102	0.0798	-0.0288	0.3026	-0.0078	0.272	-12.5501	29.8682	25.5568
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25	1.2792	0.9907	-1.0046	0.8691	-0.6281	1.1094	-0.7034	0.6711	0.5659	-0.5199	-0.062	0.0414	-0.5641	0.7534	0.098	0.6617	-0.178	-0.0369	0.7713	0.2431	0.4316	-3.1467	38.3256	4.5421
26	5.0438	0.5598	-0.7616	1.9232	-1.4192	1.4231	-0.5726	0.5064	0.5228	-0.2386	-0.8526	-0.8774	0.0387	1.2076	0.6566	0.9004	-0.2051	-0.0504	1.1385	0.3349	0.5618	-5.4215	33.3111	-11.7935
27	2.9912	0.5278	0.7139	4.03	-1.1534	3.9418	0.0501	0.0122	-0.3869	-0.6375	0.1817	0.0631	0.2105	0.3567	-0.4806	0.8023	-0.2174	-0.1532	0.8505	0.0867	0.428	-18.4891	19.6947	-4.2202
28	3.86	2.2275	2.3104	2.643	0.9377	3.2147	0.3486	0.1936	-0.287	-0.8382	-0.0715	0.4156	0.5543	-0.4291	-0.0513	0.7667	-0.0837	-0.2194	0.6748	-0.1113	0.5904	-27.5037	9.2801	1.4332
29	1.1315	-0.0328	-0.9558	0.9514	-0.1125	0.8147	-0.2375	0.9582	-0.0602	-1.8695	-0.4026	-0.0015	0.1913	0.0869	0.1812	1.1084	-0.3067	0.1921	1.2255	0.1267	0.0372	-15.3929	24.4984	-11.6731
30	1.9918	1.0699	-0.2883	3.0207	0.441	2.943	0.1806	0.1989	-0.0691	-0.1225	0.2731	0.3278	0.6519	-0.4419	-0.3075	0.6956	-0.1527	-0.0021	0.9522	0.0236	0.3435	-16.3627	25.0336	-5.6952
31	0.0906	-0.2597	-0.1251	1.5569	-1.1838	5.0247	-0.1749	0.5606	0.333	0.1825	0.0665	-0.0398	-0.8413	0.7044	0.1489	0.4657	-0.176	0.0204	0.8803	0.1263	0.4242	4.5112	29.9804	8.5935
32	2.5195	-0.7181	2.9205	2.4162	0.0272	3.7609	0.1725	0.9131	-0.7479	-0.4317	-0.2262	0.0539	0.578	0.9969	0.4231	0.4783	0.0344	0.1104	0.7004	0.1246	0.2763	-1.8309	22.3216	5.4142
33	2.5127	0.6719	-0.2961	1.3647	0.7523	2.4351	-0.2845	0.112	0.0644	-0.1484	0.4388	0.3532	-0.0439	-0.509	-0.075	0.497	-0.0812	-0.1111	0.5488	0.0004	0.352	-17.9022	21.6471	6.1874
34	1.8067	0.7783	-0.5594	0.5487	-0.9433	2.1578	0.0051	0.3941	0.1009	-0.3887	-0.0694	0.0863	0.0359	0.045	0.1927	0.4815	0.007	-0.0395	0.3793	0.0418	0.2841	-11.0237	27.4385	10.5079
35	1.0342	-0.2412	-0.0262	0.8697	0.0544	0.6236	-0.055	0.338	-0.3834	-0.3976	0.142	-0.0146	0.2596	0.0022	-0.1028	0.5465	-0.1439	-0.0659	0.4817	-0.0267	0.3641	-21.5018	11.5181	11.3086
36	4.7857	1.2845	-0.9038	1.8649	-1.1529	2.365	-0.7965	1.6417	-0.2972	-1.1725	0.386	-0.2968	1.0434	0.6001	-0.5256	1.3094	-0.1815	-0.0534	0.9088	-0.2927	0.481	-23.1425	5.8637	-7.1822
37	5.1127	-1.5013	-1.0376	6.8404	1.9112	4.8467	-0.428	-0.1539	0.0177	-0.383	0.6697	-0.0672	0.041	-0.081	-0.0268	0.4497	-0.1004	-0.1058	0.5079	0.0214	0.3788	-23.8038	13.5861	11.0519
38	2.7309	0.5258	-0.0348	2.1038	-0.5225	2.2119	-0.231	0.1193	0.2763	-0.1486	0.3025	0.6084	-0.1586	-0.7486	-0.0694	0.2988	0.04	-0.0066	0.4893	0.0217	0.31	-25.2289	22.1354	19.0484
39	1.3936	-0.1497	0.326	2.0406	-1.7943	1.5616	-0.0231	0.3944	0.0086	-0.2322	-0.0694	-0.1352	-0.2184	0.0331	0.0841	0.4218	-0.0043	-0.0171	0.3582	0.0417	0.3249	-8.2504	25.159	15.9917
40	1.7898	0.3756	0.0934	1.4432	1.0551	0.7788	-0.2666	0.535	0.5219	-0.1348	-0.125	-0.0586	-0.3107	0.3042	0.2507	0.406	-0.025	-0.123	0.4081	0.0922	0.4515	-17.4946	27.21	6.1333
41	4.5949	-3.2511	3.5331	3.3417	-3.1232	3.0871	0.5536	0.3774	-0.1298	-0.8915	-0.2251	-0.0123	0.574	0.5602	-0.1239	0.4749	-0.0556	0.066	0.6763	-0.0738	0.2885	-3.6177	23.3306	7.4653
42	6.873	1.2144	-0.9179	3.1491	-1.312	3.5382	0.0316	0.43	-0.5842	-0.3981	0.1241	-0.0823	-0.0717	-0.1205	-0.1116	0.459	0.0453	0.0238	0.2946	-0.0104	0.2851	-9.2698	8.2969	23.4544

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:18)	A	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 19:27)	A	19 - 27
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 28:49)	A	28 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 50:62)	A	50 - 62
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 63:73)	A	63 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 74:86)	A	74 - 86
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 87:99)	A	87 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 100:114)	A	100 - 114
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 115:135)	A	115 - 135
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 136:154)	A	136 - 154
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 155:165)	A	155 - 165
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 166:178)	A	166 - 178
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 179:195)	A	179 - 195
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 196:215)	A	196 - 215
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 216:234)	A	216 - 234
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 235:245)	A	235 - 245
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 246:265)	A	246 - 265
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 266:276)	A	266 - 276
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 277:286)	A	277 - 286
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 287:294)	A	287 - 294
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain A and resid 295:312)	A	295 - 312
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 1:18)	B	1 - 18
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 19:27)	B	19 - 27
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 28:49)	B	28 - 49
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 50:62)	B	50 - 62
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 63:73)	B	63 - 73
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 74:86)	B	74 - 86
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 87:99)	B	87 - 99
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 100:114)	B	100 - 114
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 115:128)	B	115 - 128
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 136:154)	B	136 - 154
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 155:165)	B	155 - 165
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 166:178)	B	166 - 178
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 179:195)	B	179 - 195
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40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 277:286)	B	277 - 286
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain B and resid 287:294)	B	287 - 294
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新型コロナ情報

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