PDB-7yxg: Drosophila melanogaster JMJD7 (dmJMJD7) in complex with Mn and 2OG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yxg

タイトル

Drosophila melanogaster JMJD7 (dmJMJD7) in complex with Mn and 2OG

要素

GH14974p

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE / OXYGENASE / JMJC / JMJC DOMAIN / JMJC DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 7 / JMJD7 / JMJC HYDROXYLASE / JMJC DEMETHYLASE / KDMS / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS / PTM / HYDROXYLATION / LYSYL HYDROXYLATION / DIMERISATION / TRANSLATION FACTOR / DEVELOPMENTALLY REGULATED GTP BINDING PROTEINS / DRG1 / DRG2 / TRAFAC GTPASE / HYPOXIA / NUCLEIC ACID- BINDING / METAL-BINDING / TRANSLATION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / DEVELOPMENT / CANCER / RIBOSOME BIOGENESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-lysine (3S)-dioxygenase / peptidyl-lysine 3-dioxygenase activity / Protein hydroxylation / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / circadian behavior / ferrous iron binding / endopeptidase activity / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.641 Å

データ登録者

Chowdhury, R. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Conservation of the unusual dimeric JmjC fold of JMJD7 from Drosophila melanogaster to humans.
著者: Chowdhury, R. / Abboud, M.I. / Wiley, J. / Tumber, A. / Markolovic, S. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2022年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: refine_ls_restr
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yxg.cif.gz	396.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yxg.ent.gz	329.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yxg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yxg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yxg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7yxhC 7yxiC 7yxjC 7yxkC 7yxlC 5nfoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (6) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GH14974p

B: GH14974p

ヘテロ分子

74.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.325, 62.856, 99.001
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.060, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	GH14974p / Jumonji domain containing 7 分子量: 36698.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: JMJD7, Dmel\CG10133, CG10133, Dmel_CG10133 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9VU77, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9VU77, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

GH14974p / Jumonji domain containing 7

分子量: 36698.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: JMJD7, Dmel\CG10133, CG10133, Dmel_CG10133 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9VU77, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 5種, 489分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium ...詳細: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium acetate (or alternatively, 0.1 M barium chloride), and 0.002 M manganese chloride. Cryo-protection: 20% v/v ethylene glycol.

結晶

マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.34 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97945 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月11日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97945 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 103935 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.3 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.085 / R_sym value: 0.076 / Χ²: 1.034 / Net I/σ(I): 18

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_sym value	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
1.64-1.68	4.8	1.2	6886	0.58	0.808	1.369	1.005	99.9
1.68-1.72	4.6		6891	0.711	0.652		0.999	99.7
1.72-1.77	4.6		6849	0.783	0.509		1.034	99.5
1.77-1.82	4.9		6934	0.891	0.35	0.728	1.001	99.9	0.81
1.82-1.88	4.9		6841	0.932	0.27	0.563	1.002	99.6	0.626
1.88-1.94	4.7		6933	0.947	0.2	0.4	1.014	100	0.449
1.94-2.02	5		6943	0.974	0.133	0.282	1.006	100	0.313
2.02-2.11	5		6851	0.981	0.1	0.212	1.018	100	0.235
2.11-2.23	4.8		6954	0.987	0.082	0.168	1.024	100	0.187
2.23-2.37	4.9		6935	0.991	0.059	0.123	1.041	100	0.137
2.37-2.55	5		6961	0.992	0.05	0.106	1.046	100	0.118
2.55-2.8	4.8		6929	0.993	0.042	0.086	1.005	99.9	0.096
2.8-3.21	4.8		6967	0.996	0.033	0.069	1.079	100	0.077
3.21-4.04	4.6		6974	0.996	0.028	0.057	1.144	99.6	0.064
4.04-50	4.6		7087	0.996	0.025	0.051	1.105	99.3	0.057

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NFO

5nfo

解像度: 1.641→45.893 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.186	4996	4.81 %
R_work	0.1618	98796	-
obs	0.163	103792	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.82 Å² / B_iso mean: 44.2843 Å² / B_iso min: 19.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.641→45.893 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4920	0	151	481	5552
B_iso mean	-	-	60.46	48.49	-
残基数	-	-	-	-	625

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5357
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.119	7324
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.289	4211
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	786
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	962

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.641-1.6592	0.3768	182	0.3531	3102	94
1.6592-1.6787	0.3605	162	0.3357	3243	100
1.6787-1.6991	0.3485	180	0.3248	3299	99
1.6991-1.7207	0.3184	172	0.2968	3239	99
1.7207-1.7433	0.312	165	0.2784	3254	99
1.7433-1.7672	0.2901	159	0.2569	3256	100
1.7672-1.7924	0.3096	181	0.251	3312	100
1.7924-1.8192	0.2637	158	0.2305	3278	100
1.8192-1.8476	0.284	143	0.2208	3272	99
1.8476-1.8779	0.2689	156	0.2049	3272	100
1.8779-1.9103	0.2191	172	0.1903	3297	100
1.9103-1.945	0.2029	142	0.1859	3315	100
1.945-1.9824	0.2139	156	0.1681	3317	100
1.9824-2.0229	0.1619	157	0.165	3307	100
2.0229-2.0669	0.18	160	0.1618	3273	100
2.0669-2.115	0.1884	133	0.1526	3323	100
2.115-2.1679	0.1866	148	0.1515	3368	100
2.1679-2.2265	0.1533	155	0.1508	3292	100
2.2265-2.292	0.1856	165	0.1465	3282	100
2.292-2.366	0.1983	186	0.1474	3289	100
2.366-2.4505	0.1882	164	0.1559	3332	100
2.4505-2.5486	0.1901	173	0.1547	3312	100
2.5486-2.6646	0.1751	185	0.1552	3267	100
2.6646-2.8051	0.1832	183	0.1575	3307	100
2.8051-2.9808	0.1722	142	0.1594	3331	100
2.9808-3.2109	0.2006	193	0.1579	3304	100
3.2109-3.5339	0.1659	188	0.1516	3296	99
3.5339-4.045	0.1659	176	0.138	3332	100
4.045-5.0952	0.1331	167	0.1191	3327	99
5.0952-45.893	0.1874	193	0.1742	3398	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.4475	-2.2418	4.7416	1.066	-1.3715	4.2162	0.4018	-0.3198	-1.0373	0.3733	-0.1027	0.2796	1.0032	0.0035	-0.2578	0.5219	0.0863	0.0456	0.276	0.107	0.4304	-1.1087	-30.6775	-34.4171
2	4.4415	-1.6555	0.8163	6.3	-3.1559	6.2305	-0.5051	-0.1047	-0.2711	-0.0937	0.1745	0.2964	0.2841	-0.6674	0.1978	0.2491	-0.0186	0.058	0.2574	-0.0119	0.4026	-10.4253	-21.1911	-51.2816
3	1.071	-0.8841	-1.4742	3.4732	1.332	3.5906	-0.1915	-0.0614	-0.1874	0.1014	-0.0095	0.371	-0.2176	-0.5534	0.1352	0.2333	0.0424	-0.0032	0.2871	-0.0203	0.2938	-10.8698	-10.9627	-50.8469
4	3.0017	1.1094	-2.3086	2.5731	-1.1199	3.2701	0.0603	0.5722	0.2168	-0.4982	0.1835	0.1334	-0.4876	-0.7979	-0.1945	0.4043	0.0851	-0.0475	0.4441	0.039	0.2965	-5.6367	-7.8715	-71.1222
5	6.8786	0.7173	-0.1272	3.9497	-0.7965	3.6617	-0.1268	0.6112	0.3732	0.0061	0.086	-0.8413	-0.8569	0.2045	0.0741	0.5491	0.0203	0.0903	0.4771	0.0695	0.5148	8.359	-5.5339	-79.689
6	2.9094	-1.3373	0.422	2.3025	-1.787	4.7217	-0.2567	0.2035	0.3104	0.1686	-0.1022	0.0933	-0.0623	0.372	0.2896	0.2168	0.0093	-0.0349	0.3183	0.0455	0.3264	16.9643	-18.644	-67.2494
7	2.3828	-2.1283	-0.5683	2.5166	0.5064	0.8316	-0.1741	-0.3753	0.0108	0.0322	0.2131	-0.0296	-0.0485	-0.062	-0.0285	0.208	0.0472	-0.0183	0.283	-0.0038	0.2616	23.3712	-28.2083	-57.7849
8	3.878	-0.835	3.0213	3.2709	-1.9994	3.048	-0.4655	1.0822	0.6285	-0.2429	0.0567	-0.4566	-0.6143	0.6805	0.2505	0.3368	-0.0743	-0.0029	0.471	0.1049	0.3767	17.6988	-13.5175	-75.065
9	2.3229	-1.0293	-0.3908	3.4996	-0.1771	3.0515	-0.0193	-0.192	0.2888	-0.0901	0.156	0.0136	-0.2211	0.42	-0.0925	0.2624	-0.0578	0.0274	0.4052	-0.0315	0.3604	12.8517	-13.3143	-69.847
10	1.1315	0.2658	-2.1464	0.618	-0.6391	5.8658	0.2205	0.215	0.2294	-0.3496	-0.0229	-0.1832	-0.8673	-0.2626	-0.2669	0.4854	0.0721	0.045	0.2824	0.0387	0.3361	-3.3084	-0.9508	-61.5019
11	1.7845	-1.5256	-1.3617	2.5983	3.1913	4.2041	0.1937	-0.2769	0.2738	0.0871	0.1489	0.0308	-0.6691	0.9515	-0.3709	0.4478	-0.146	0.0679	0.3	-0.0707	0.3254	5.1978	-4.6999	-58.3402
12	2.1681	0.0556	-1.2353	2.7307	0.5427	1.6576	-0.2003	-0.1591	-0.0133	-0.0671	-0.0351	-0.0302	-0.0147	-0.0764	0.2133	0.2054	0.0379	-0.0078	0.251	-0.0016	0.2624	8.8928	-21.4334	-60.5862
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15	2.2233	0.06	0.2272	3.9827	0.6659	5.8544	0.0255	-0.4006	0.2807	-0.1141	0.227	-0.8358	-0.6962	1.4571	-0.2963	0.2535	-0.0248	-0.0183	0.5221	-0.0349	0.4533	31.0012	-21.8945	-60.8077
16	5.9773	0.7542	0.604	3.7135	-0.2172	2.4824	-0.2795	-0.0839	-0.2957	-0.0257	0.1473	0.0347	0.4881	0.2157	0.1345	0.3331	0.0931	0.0364	0.3112	-0.02	0.2874	13.2312	-27.4541	-53.0663
17	2.0773	0.0044	0.2927	2.1359	-0.0573	2.5502	-0.1192	-0.1357	-0.6558	0.0886	0.1001	0.1639	0.5407	0.1025	0.0828	0.2876	0.0378	0.0631	0.2424	0.0164	0.3747	1.6297	-31.097	-53.2105
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19	0.8117	0.0061	-0.0715	1.1325	0.6935	1.7809	-0.0833	0.0912	-0.0594	-0.0726	0.0558	0.0184	-0.0728	0.0707	0.0661	0.2042	0.0055	-0.0037	0.2618	-0.0102	0.2485	4.7382	-21.1435	-64.7808
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35	0.2427	0.1308	-0.1355	0.1963	0.2981	1.1015	-0.2808	-0.5154	-0.2951	0.0798	-0.0482	-0.0525	0.5583	0.6105	0.3706	0.4511	0.1306	0.0853	0.3668	0.089	0.3455	-6.3628	-18.3821	-14.809
36	2.7442	0.2223	1.5149	5.7333	3.823	3.9683	-0.3915	-0.2075	-0.7011	0.0417	-0.5262	0.2691	1.0436	-0.5026	0.9237	0.7539	0.0083	0.2046	0.3852	0.0494	0.389	-20.2789	-22.7946	-1.3361
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40	0.3073	0.245	0.4165	1.5296	0.4005	1.6322	-0.0471	-0.1221	0.0743	0.1551	-0.072	0.0333	-0.1596	0.006	0.2613	0.2752	0.0501	0.0049	0.2984	-0.0052	0.2455	-13.4745	-2.4968	-14.5038
41	2.987	-2.0803	-2.365	3.0857	4.1095	8.9704	-0.2181	0.1438	-0.2504	0.3187	-0.074	0.1078	0.5783	-0.4531	0.1847	0.2484	-0.0103	0.026	0.2312	-0.0159	0.3038	-20.6096	-6.2173	-26.5945
42	6.7134	-1.9977	2.1357	2.9518	0.0566	3.8329	-0.0606	-0.4038	0.362	0.0723	-0.1485	0.1316	0.4998	-0.3398	0.1109	0.3763	0.0191	0.1006	0.3167	-0.0409	0.3972	-4.9127	-20.7707	-32.3237

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:18)	A	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 19:27)	A	19 - 27
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 28:49)	A	28 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 50:62)	A	50 - 62
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 63:73)	A	63 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 74:86)	A	74 - 86
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 87:99)	A	87 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 100:114)	A	100 - 114
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 115:135)	A	115 - 135
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 136:154)	A	136 - 154
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 155:165)	A	155 - 165
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 166:178)	A	166 - 178
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 179:195)	A	179 - 195
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 196:215)	A	196 - 215
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 216:234)	A	216 - 234
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 235:245)	A	235 - 245
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 246:265)	A	246 - 265
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 266:276)	A	266 - 276
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 277:286)	A	277 - 286
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 287:294)	A	287 - 294
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain A and resid 295:312)	A	295 - 312
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 1:18)	B	1 - 18
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 19:27)	B	19 - 27
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 28:49)	B	28 - 49
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 50:62)	B	50 - 62
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 63:73)	B	63 - 73
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 74:86)	B	74 - 86
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 87:99)	B	87 - 99
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 100:114)	B	100 - 114
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 115:135)	B	115 - 135
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 136:154)	B	136 - 154
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 155:165)	B	155 - 165
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 166:178)	B	166 - 178
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 179:195)	B	179 - 195
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 196:215)	B	196 - 215
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 216:234)	B	216 - 234
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 235:245)	B	235 - 245
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 246:265)	B	246 - 265
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 266:276)	B	266 - 276
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 277:286)	B	277 - 286
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain B and resid 287:294)	B	287 - 294
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain B and resid 295:312)	B	295 - 312

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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