PDB-7yxk: Drosophila melanogaster JMJD7 (dmJMJD7) in complex with Mn and N-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yxk

タイトル

Drosophila melanogaster JMJD7 (dmJMJD7) in complex with Mn and N-oxalyl-D-alanine (NODA)

要素

GH14974p

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE / OXYGENASE / JMJC / JMJC DOMAIN / JMJC DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 7 / JMJD7 / JMJC HYDROXYLASE / JMJC DEMETHYLASE / KDMS / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS / PTM / HYDROXYLATION / LYSYL HYDROXYLATION / DIMERISATION / TRANSLATION FACTOR / DEVELOPMENTALLY REGULATED GTP BINDING PROTEINS / DRG1 / DRG2 / TRAFAC GTPASE / HYPOXIA / NUCLEIC ACID- BINDING / METAL-BINDING / TRANSLATION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / DEVELOPMENT / CANCER / RIBOSOME BIOGENESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-lysine 3-dioxygenase activity / Protein hydroxylation / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / phospholipase A2 / hydrolase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Chowdhury, R. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Conservation of the unusual dimeric JmjC fold of JMJD7 from Drosophila melanogaster to humans.
著者: Chowdhury, R. / Abboud, M.I. / Wiley, J. / Tumber, A. / Markolovic, S. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2022年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: refine_ls_restr
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yxk.cif.gz	367.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yxk.ent.gz	304.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yxk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7yxk_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yxk_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7yxk_validation.xml.gz	25.8 KB	表示
CIF形式データ	7yxk_validation.cif.gz	36 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yxk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7yxgSC 7yxhC 7yxiC 7yxjC 7yxlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GH14974p

B: GH14974p

ヘテロ分子

74.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.384, 64.568, 99.559
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.970, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	GH14974p / Jumonji domain containing 7 分子量: 36714.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: JMJD7, Dmel\CG10133, CG10133, Dmel_CG10133 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9VU77, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9VU77, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

GH14974p / Jumonji domain containing 7

分子量: 36714.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: JMJD7, Dmel\CG10133, CG10133, Dmel_CG10133 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9VU77, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 5種, 185分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-I78 / (2~{R})-2-(carboxycarbonylamino)propanoic acid / N-oxalyl-D-alanine / N-(2-ヒドロキシ-1,2-ジオキソエチル)-D-アラニン分子量: 161.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₇NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium ...詳細: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium acetate (or alternatively, 0.1 M barium chloride), and 0.002 M manganese chloride. Cryo-protection: 20% v/v ethylene glycol.

結晶

マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.58 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月23日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 26191 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 32.1 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_pim(I) all: 0.114 / R_rim(I) all: 0.226 / R_sym value: 0.228 / Χ²: 1.007 / Net I/σ(I): 6.333

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_sym value	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
2.43-2.52	3.9	1.111	2574	0.52	0.523	0.966	1.005	98.8
2.52-2.62	4.2		2573	0.603	0.483	0.904	1	99.2
2.62-2.74	4.6		2599	0.711	0.395	0.783	1	100	0.881
2.74-2.88	4.8		2587	0.832	0.299	0.605	1.005	99.9	0.678
2.88-3.06	4.7		2640	0.859	0.243	0.486	1.007	100	0.546
3.06-3.3	5		2608	0.935	0.167	0.344	1.014	99.9	0.384
3.3-3.63	5		2621	0.956	0.117	0.241	1.006	100	0.269
3.63-4.15	5		2618	0.973	0.078	0.159	1.012	100	0.177
4.15-5.23	4.9		2654	0.982	0.055	0.109	1.013	100	0.123
5.23-50	4.9		2717	0.99	0.046	0.091	1.008	100	0.103

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7YXG

7yxg

解像度: 2.43→48.87 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2412	1312	5.02 %
R_work	0.2043	24804	-
obs	0.2062	26116	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.12 Å² / B_iso mean: 45.7979 Å² / B_iso min: 10.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.43→48.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4803	0	138	170	5111
B_iso mean	-	-	39.39	36.13	-
残基数	-	-	-	-	616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5058
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.832	6912
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.485	2988
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	750
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	905

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.4301-2.5274	0.3381	153	0.3092	2676	99
2.5274-2.6424	0.323	145	0.2835	2715	99
2.6424-2.7817	0.2945	136	0.2607	2765	100
2.7817-2.9559	0.287	148	0.2434	2735	100
2.9559-3.1841	0.2439	155	0.2265	2750	100
3.1841-3.5045	0.2456	147	0.1998	2758	100
3.5045-4.0114	0.2222	143	0.171	2779	100
4.0114-5.0531	0.1609	140	0.1437	2788	100
5.0531-48.87	0.2387	145	0.2035	2838	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0238	1.3165	0.1859	2.8345	-0.2474	3.3329	0.1193	0.3481	-1.993	-0.5123	-0.1091	-0.1453	0.9833	-0.2218	-0.1782	0.5223	-0.0515	-0.2109	0.292	-0.0205	0.5705	-9.2476	-15.3428	27.4549
2	2.5299	-0.4706	-0.5722	2.1977	-0.8586	1.1934	0.182	0.5309	-0.8291	-0.2679	0.1365	-0.1514	0.445	0.0243	-0.1392	0.3896	-0.0046	-0.1072	0.3442	-0.0637	0.2744	9.663	-6.3481	30.0764
3	1.1361	0.0507	-0.772	0.474	0.0556	1.6628	0.0113	-0.0503	0.1603	-0.3659	0.1416	-0.1112	0.0941	0.3287	-0.0247	0.2682	0.066	-0.0113	0.2567	-0.0389	0.254	10.1611	4.3489	29.7276
4	0.4332	0.1516	0.4783	0.4027	1.2663	3.6968	-0.2292	0.1755	0.2425	-0.0467	-0.1605	0.3381	-0.1421	1.231	0.0069	0.3086	-0.0293	0.0262	0.3003	0.0122	0.3126	22.866	6.379	45.9827
5	0.7706	0.1575	0.9009	1.2856	-1.5675	3.4503	-0.3765	-1.0453	0.4412	0.4015	-0.4954	0.0447	-1.5433	0.7264	0.4354	0.6171	-0.1655	0.0672	0.4518	-0.0673	0.5081	21.8371	8.7214	62.5733
6	2.5069	1.3044	0.7714	3.0689	0.8322	2.4749	0.3959	-0.1855	0.3005	0.3628	-0.4926	-0.2273	0.0644	-0.3418	0.0651	0.3146	-0.0294	0	0.2886	0.01	0.302	6.3375	-4.0378	61.9354
7	2.6625	-0.3703	-0.345	2.5323	-0.8179	3.5139	0.6398	-0.4133	0.0265	-0.3029	-0.3458	0.2487	0.0165	-0.0395	-0.2043	0.2165	-0.0141	-0.0109	0.2315	0.0073	0.2323	-5.1486	-13.5087	61.0693
8	4.5804	0.1307	1.3224	0.224	-0.0707	0.5849	0.1497	-1.0237	0.9194	0.4082	-0.1532	-0.1626	0.1813	-0.1527	-0.0746	0.5309	-0.0883	-0.071	0.4244	-0.0115	0.31	12.9001	0.4465	67.4459
9	3.1493	0.7625	-1.1057	1.6879	-0.0257	3.8639	-0.0183	-0.1711	0.2386	-0.0775	0.251	-0.5672	-0.1764	-0.4031	-0.1514	0.3459	0.0141	-0.1165	0.345	-0.0951	0.4555	11.8285	-0.007	60.9918
10	2.7004	-0.3157	2.7526	0.7319	-0.8598	2.828	-0.4135	-0.3655	0.4141	0.2822	-0.1285	0.1005	-0.4964	-0.3072	0.3242	0.3392	-0.0326	-0.0517	0.2496	0.0406	0.4088	14.6146	13.917	42.7203
11	0.7274	-1.1995	1.071	1.4965	-1.9962	3.1893	-0.3958	-0.1574	-0.2343	0.1662	0.3308	0.1866	-0.6065	-0.4879	-0.0018	0.3523	0.0602	-0.0813	0.1903	-0.0372	0.3713	7.5299	8.0999	49.0371
12	0.5645	0.3639	-0.7535	2.0239	-0.1056	1.2153	0.1804	-0.3928	-0.1265	-0.1676	-0.0634	-0.3445	0.3595	-0.1634	-0.0625	0.2893	-0.0445	-0.0638	0.1936	0.0479	0.3169	6.8296	-6.7077	52.0033
13	0.9909	0.5656	0.3901	2.1083	0.384	1.7479	0.1422	0.0474	-0.0859	0.5238	-0.0263	-0.1989	-0.0573	-0.0576	-0.0862	0.2262	-0.0055	0.002	0.2043	0.0254	0.2387	10.847	-1.3643	44.5427
14	0.3514	-0.3626	-0.1398	0.7783	-0.0633	1.3568	-0.0963	-0.0809	0.0404	-0.0701	-0.04	0.2994	-0.3265	-0.174	0.0172	0.2653	-0.1312	-0.0134	0.3081	0.0609	0.2757	-5.2519	-10.1774	49.8976
15	1.701	0.9245	-0.3583	2.7444	0.8803	2.4353	0.0071	-0.574	0.3572	0.4762	0.1239	0.1561	-0.4514	-0.7432	-0.2114	0.468	0.0243	0.0277	0.4759	-0.0135	0.4024	-6.7673	-7.1653	69.3593
16	1.8437	-0.703	-0.229	1.1983	0.5064	1.8037	-0.0233	0.0936	-0.1289	-0.2775	0.2989	0.125	0.1452	-0.2037	-0.048	0.3273	-0.0426	-0.053	0.2563	0.0207	0.306	-2.6304	-13.0579	50.1028
17	1.981	1.0253	-0.333	2.3102	-0.1022	0.8152	0.0752	-0.0293	-0.4385	-0.2764	-0.1438	-0.0147	0.2604	-0.0374	0.0746	0.2922	-0.0495	0.0267	0.2491	-0.0643	0.3973	2.9584	-16.7603	40.7002
18	0.8742	-0.143	0.708	0.8693	-0.275	0.9533	-0.1137	-0.1913	-0.0116	0.2843	0.147	-0.0553	0.1581	-0.0188	-0.0231	0.208	-0.0154	-0.0257	0.2388	-0.0265	0.2995	7.3885	0.2719	39.1952
19	0.3587	-0.2605	-0.7433	0.1972	0.3471	1.8421	-0.285	0.2636	-0.0497	0.2042	-0.0892	-0.5343	0.2351	0.3948	0.2903	0.2122	0.0264	-0.13	0.1723	0.0442	0.4206	11.6585	-6.4161	50.6132
20	1.8919	0.052	0.401	1.8206	-0.5475	2.3287	-0.1348	-0.3385	-0.1649	0.2779	0.1375	0.2113	-0.4441	-0.3027	-0.1927	0.3115	0.0209	-0.1114	0.2121	0.0145	0.309	8.2466	6.8529	46.6253
21	2.784	-0.0437	1.2278	3.1133	-0.1287	2.3998	0.3567	0.0125	-0.2602	0.207	0.0479	0.178	0.2839	0.2002	-0.3816	0.2855	-0.0269	-0.0529	0.3557	-0.0081	0.2797	-10.9486	-1.6251	36.0407
22	3.7462	0.7933	0.3499	5.8281	-0.9911	3.3512	0.3098	-0.1365	0.0271	0.9455	0.4075	0.9527	0.5602	-0.5177	-0.4366	0.3189	0.0027	-0.0282	0.4552	0.0624	0.2982	-21.1717	-2.4299	34.3998
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25	0.8199	0.1098	-0.6193	0.1412	0.0089	0.6587	-0.3331	0.4917	0.3963	-0.1534	0.0635	0.1149	-1.3335	0.3654	0.0903	0.6624	-0.1348	-0.1323	0.616	0.0921	0.2973	-3.6032	24.131	4.7619
26	3.8673	2.3216	2.6661	6.7704	-1.6063	3.7538	-1.2319	0.728	-0.2378	-1.225	-0.8288	-0.9499	0.3594	1.7334	0.565	0.9095	-0.3538	0.1644	1.3594	0.1594	0.5032	-5.3674	19.2285	-11.3032
27	1.171	0.3516	-0.3876	1.9508	-0.5977	3.0357	0.4521	0.3145	-0.0669	-0.3904	-0.1186	-0.214	-0.3307	0.139	-0.1865	0.9438	-0.2591	-0.1146	0.7848	0.0553	0.4011	-18.6216	5.6074	-4.0421
28	1.0766	0.2255	0.7358	1.5633	-0.3913	0.6029	-0.3513	-0.1022	-0.0578	-0.9228	0.5723	1.0116	0.7062	-0.0845	-0.0492	0.6326	-0.0473	-0.2338	0.6286	-0.0731	0.5785	-27.6945	-4.6469	1.4224
29	0.7788	0.8889	-0.6132	1.2499	-0.841	0.5155	-0.7481	1.1804	-0.16	-2.1353	0.4457	0.0387	-0.1091	-0.3487	0.4258	1.2035	-0.1881	-0.1056	0.8729	0.0413	0.5018	-14.9969	9.9838	-11.2693
30	3.0361	-0.4919	0.6161	4.0719	-0.3828	3.0206	-0.0087	0.1805	0.2581	-0.509	0.476	-0.173	0.1477	0.1824	-0.2688	0.5921	-0.1004	-0.0439	0.8012	-0.054	0.4168	-14.3599	11.4093	-5.5842
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33	1.4767	0.4944	-0.563	0.7986	0.7098	1.3644	-0.4037	0.279	0.1446	-0.0303	0.2736	0.1442	-0.2413	-0.0746	0.0517	0.4876	-0.0468	-0.1067	0.5	-0.0277	0.358	-17.8793	7.5802	6.2465
34	2.3436	0.4423	-0.4357	0.9562	0.1043	1.8933	0.0851	0.4921	-0.0353	-0.2824	0.0264	0.0118	-0.04	-0.0417	-0.0754	0.3629	0.0041	-0.0234	0.3427	0.0425	0.2117	-11.1426	13.425	10.6595
35	1.7942	-0.0182	-0.291	0.3646	-0.0762	0.1637	-0.3148	-0.0672	-0.1967	-0.3503	-0.0011	0.2828	0.1246	0.1638	0.044	0.5181	-0.1454	-0.1193	0.3238	-0.0187	0.2839	-21.6494	-2.5567	11.7376
36	3.804	3.475	-3.7256	4.0721	-3.4277	4.9766	-0.7909	1.3883	-0.7431	-1.4684	-0.2398	-0.8767	0.2624	1.0308	-0.7173	1.1866	-0.2009	-0.2087	0.7718	-0.219	0.3953	-23.013	-8.7085	-6.7843
37	2.8037	0.1291	-0.1486	3.6423	1.1007	2.4538	0.0277	-0.422	-0.1759	-0.0025	0.479	-0.1031	0.6211	-0.2758	-0.351	0.4331	-0.006	-0.1652	0.4357	-0.0434	0.4875	-23.9223	-0.4475	11.0657
38	2.0729	0.4166	0.4996	2.6563	-0.1257	2.7022	-0.5277	-0.0733	0.4092	-0.3669	0.2534	0.3946	-0.1189	-1.0357	0.1223	0.2937	0.0568	-0.0676	0.3929	-0.0205	0.3446	-25.2484	8.1808	19.1354
39	1.6458	-1.0277	0.3706	0.8266	0.1089	1.6253	-0.0393	0.1734	-0.0348	-0.6991	0.0049	0.5709	0.1343	0.0837	0.0951	0.3661	-0.0676	-0.0589	0.294	0.0388	0.2909	-8.324	11.1297	16.056
40	2.4667	0.0999	0.3314	0.6323	-0.0235	0.9836	-0.1816	0.1823	0.9122	-0.3936	-0.1641	0.635	-0.0002	-0.2674	0.1178	0.6075	-0.0314	-0.3384	0.3593	0.0818	0.3457	-17.5417	13.2023	6.2509
41	2.2568	-0.6813	0.6625	0.4436	-0.0534	1.5551	0.1255	0.3234	-0.2988	-0.3651	-0.3145	0.2779	0.3052	0.0971	0.1987	0.4605	-0.0439	0.0434	0.4787	-0.1312	0.2519	-3.6334	9.4004	7.5749
42	4.4896	-1.1345	0.5877	3.4589	-0.0438	5.0742	0.3566	0.6011	-0.2923	-0.5191	0.0493	-0.4127	0.0404	-0.1219	-0.5886	0.4467	0.0462	-0.0159	0.2945	0.0152	0.4281	-9.4789	-5.8142	23.5365

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:18)	A	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 19:27)	A	19 - 27
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 28:49)	A	28 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 50:62)	A	50 - 62
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 63:73)	A	63 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 74:86)	A	74 - 86
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 87:99)	A	87 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 100:114)	A	100 - 114
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 115:135)	A	115 - 135
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 136:154)	A	136 - 154
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 155:165)	A	155 - 165
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 166:178)	A	166 - 178
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 179:195)	A	179 - 195
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 196:215)	A	196 - 215
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 216:234)	A	216 - 234
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 235:245)	A	235 - 245
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 246:265)	A	246 - 265
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 266:276)	A	266 - 276
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 277:286)	A	277 - 286
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 287:294)	A	287 - 294
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain A and resid 295:312)	A	295 - 312
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 1:18)	B	1 - 18
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 19:27)	B	19 - 27
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 28:49)	B	28 - 49
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 50:62)	B	50 - 62
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 63:73)	B	63 - 73
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 74:86)	B	74 - 86
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 87:99)	B	87 - 99
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 100:114)	B	100 - 114
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 115:135)	B	115 - 135
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 136:154)	B	136 - 154
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 155:165)	B	155 - 165
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 166:178)	B	166 - 178
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 179:195)	B	179 - 195
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39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 266:276)	B	266 - 276
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 277:286)	B	277 - 286
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain B and resid 287:294)	B	287 - 294
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