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- PDB-7yxj: Drosophila melanogaster JMJD7 (dmJMJD7) in complex with Mn and 2,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yxj
タイトルDrosophila melanogaster JMJD7 (dmJMJD7) in complex with Mn and 2,4-PDCA
要素GH14974p
キーワードOXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE / OXYGENASE / JMJC / JMJC DOMAIN / JMJC DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 7 / JMJD7 / JMJC HYDROXYLASE / JMJC DEMETHYLASE / KDMS / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS / PTM / HYDROXYLATION / LYSYL HYDROXYLATION / DIMERISATION / TRANSLATION FACTOR / DEVELOPMENTALLY REGULATED GTP BINDING PROTEINS / DRG1 / DRG2 / TRAFAC GTPASE / HYPOXIA / NUCLEIC ACID- BINDING / METAL-BINDING / TRANSLATION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / DEVELOPMENT / CANCER / RIBOSOME BIOGENESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-lysine (3S)-dioxygenase / peptidyl-lysine 3-dioxygenase activity / Protein hydroxylation / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / circadian behavior / ferrous iron binding / endopeptidase activity / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PYRIDINE-2,4-DICARBOXYLIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Bifunctional peptidase and (3S)-lysyl hydroxylase JMJD7
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Chowdhury, R. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust106244/Z/14/Z 英国
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Conservation of the unusual dimeric JmjC fold of JMJD7 from Drosophila melanogaster to humans.
著者: Chowdhury, R. / Abboud, M.I. / Wiley, J. / Tumber, A. / Markolovic, S. / Schofield, C.J.
#1: ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2018
タイトル: The Jumonji-C oxygenase JMJD7 catalyzes (3S)-lysyl hydroxylation of TRAFAC GTPases.
著者: Markolovic, S. / Zhuang, Q. / Wilkins, S.E. / Eaton, C.D. / Abboud, M.I. / Katz, M.J. / McNeil, H.E. / Lesniak, R.K. / Hall, C. / Struwe, W.B. / Konietzny, R. / Davis, S. / Yang, M. / Ge, W. ...著者: Markolovic, S. / Zhuang, Q. / Wilkins, S.E. / Eaton, C.D. / Abboud, M.I. / Katz, M.J. / McNeil, H.E. / Lesniak, R.K. / Hall, C. / Struwe, W.B. / Konietzny, R. / Davis, S. / Yang, M. / Ge, W. / Benesch, J.L.P. / Kessler, B.M. / Ratcliffe, P.J. / Cockman, M.E. / Fischer, R. / Wappner, P. / Chowdhury, R. / Coleman, M.L. / Schofield, C.J.
履歴
登録2022年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Refinement description / カテゴリ: refine_ls_restr
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH14974p
B: GH14974p
C: GH14974p
D: GH14974p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,65826
ポリマ－146,8574
非ポリマー1,80122
水3,531196
1
A: GH14974p
B: GH14974p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,47515
ポリマ－73,4292
非ポリマー1,04713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area25860 Å2
手法PISA
2
C: GH14974p
D: GH14974p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,18311
ポリマ－73,4292
非ポリマー7549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area26610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.557, 65.762, 206.957
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
GH14974p / Jumonji domain containing 7


分子量: 36714.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: JMJD7, Dmel\CG10133, CG10133, Dmel_CG10133 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9VU77, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9VU77, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 5種, 218分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-PD2 / PYRIDINE-2,4-DICARBOXYLIC ACID / 2,4-ピリジンジカルボン酸


分子量: 167.119 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium ...詳細: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium acetate (or alternatively, 0.1 M barium chloride), and 0.002 M manganese chloride. Cryo-protection: 20% v/v ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月5日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→205.054 Å / Num. obs: 52754 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 50.1 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.14 / Rsym value: 0.125 / Net I/av σ(I): 4.7 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.45-2.5851.776670.5520.4661.0690.958100
2.58-2.7451.872670.3570.8090.72299.9
2.74-2.934.81.968050.2420.5430.48499.9
2.93-3.1652.463650.1410.3180.28499.8
3.16-3.465458300.0830.1890.16899.9
3.46-3.875.15.753230.0570.1290.11699.7
3.87-4.4757.546850.0410.0930.08399.6
4.47-5.484.98.139700.0360.0810.07299.7
5.48-7.754.88.931020.0350.0780.0799.7
7.75-55.3544.69.617400.0280.0640.05899

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7YXG

7yxg


解像度: 2.45→55.354 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 2517 4.78 %
Rwork0.2061 50195 -
obs0.2073 52712 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.47 Å2 / Biso mean: 65.058 Å2 / Biso min: 22.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→55.354 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9702 0 210 196 10108
Biso mean--62.9 49.89 -
残基数----1238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77813876
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6185989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061817
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.45-2.49710.30091240.30322788100
2.4971-2.54810.32091240.30522810100
2.5481-2.60350.341190.29022739100
2.6035-2.66410.28771130.29222834100
2.6641-2.73070.28841500.28132777100
2.7307-2.80450.30591430.28232748100
2.8045-2.8870.35431390.29062758100
2.887-2.98020.2811550.25712782100
2.9802-3.08670.23461250.2332760100
3.0867-3.21030.26171260.21762806100
3.2103-3.35640.23611840.2192755100
3.3564-3.53330.22321360.2092787100
3.5333-3.75470.22251190.20222776100
3.7547-4.04450.20871370.17412827100
4.0445-4.45130.21591380.1657280999
4.4513-5.09510.17781580.15312764100
5.0951-6.41770.20421720.18462802100
6.4177-55.3540.20891550.19287399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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