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- PDB-7yxh: Drosophila melanogaster JMJD7 (dmJMJD7) in complex with Mn and su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yxh
タイトルDrosophila melanogaster JMJD7 (dmJMJD7) in complex with Mn and succinate
要素GH14974p
キーワードOXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE / OXYGENASE / JMJC / JMJC DOMAIN / JMJC DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 7 / JMJD7 / JMJC HYDROXYLASE / JMJC DEMETHYLASE / KDMS / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS / PTM / HYDROXYLATION / LYSYL HYDROXYLATION / DIMERISATION / TRANSLATION FACTOR / DEVELOPMENTALLY REGULATED GTP BINDING PROTEINS / DRG1 / DRG2 / TRAFAC GTPASE / HYPOXIA / NUCLEIC ACID- BINDING / METAL-BINDING / TRANSLATION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / DEVELOPMENT / CANCER / RIBOSOME BIOGENESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-lysine (3S)-dioxygenase / peptidyl-lysine 3-dioxygenase activity / Protein hydroxylation / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / circadian behavior / ferrous iron binding / endopeptidase activity / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SUCCINIC ACID / Bifunctional peptidase and (3S)-lysyl hydroxylase JMJD7
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chowdhury, R. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
Wellcome Trust106244/Z/14/Z 英国
引用
ジャーナル: Sci Rep / : 2022
タイトル: Conservation of the unusual dimeric JmjC fold of JMJD7 from Drosophila melanogaster to humans.
著者: Chowdhury, R. / Abboud, M.I. / Wiley, J. / Tumber, A. / Markolovic, S. / Schofield, C.J.
#1: ジャーナル: Nat Chem Biol / : 2018
タイトル: The Jumonji-C oxygenase JMJD7 catalyzes (3S)-lysyl hydroxylation of TRAFAC GTPases.
著者: Markolovic, S. / Zhuang, Q. / Wilkins, S.E. / Eaton, C.D. / Abboud, M.I. / Katz, M.J. / McNeil, H.E. / Lesniak, R.K. / Hall, C. / Struwe, W.B. / Konietzny, R. / Davis, S. / Yang, M. / Ge, W. ...著者: Markolovic, S. / Zhuang, Q. / Wilkins, S.E. / Eaton, C.D. / Abboud, M.I. / Katz, M.J. / McNeil, H.E. / Lesniak, R.K. / Hall, C. / Struwe, W.B. / Konietzny, R. / Davis, S. / Yang, M. / Ge, W. / Benesch, J.L.P. / Kessler, B.M. / Ratcliffe, P.J. / Cockman, M.E. / Fischer, R. / Wappner, P. / Chowdhury, R. / Coleman, M.L. / Schofield, C.J.
履歴
登録2022年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Refinement description / カテゴリ: refine_ls_restr
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH14974p
B: GH14974p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7738
ポリマ-73,3972
非ポリマー3766
2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area26190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.630, 65.334, 103.671
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GH14974p / Jumonji domain containing 7


分子量: 36698.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: JMJD7, Dmel\CG10133, CG10133, Dmel_CG10133 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9VU77, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9VU77, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 5種, 130分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mn
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium ...詳細: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium acetate (or alternatively, 0.1 M barium chloride), and 0.002 M manganese chloride. Cryo-protection: 20% v/v ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月5日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→101.506 Å / Num. obs: 31994 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.127 / Rsym value: 0.114 / Net I/av σ(I): 5.1 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.3-2.425.10.746300.5270.5121.1741.052100
2.42-2.575.1144090.3750.8570.767100
2.57-2.7551.441360.2750.6230.557100
2.75-2.974.92.338560.1610.360.321100
2.97-3.255.13.935510.090.2040.182100
3.25-3.645.26.132220.0550.1280.115100
3.64-4.258.628330.0380.0860.07799.9
4.2-5.144.91024010.030.0680.06199.7
5.14-7.274.89.818890.0320.0720.06499.8
7.27-65.3344.510.210670.0260.0580.05299.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7YXG
解像度: 2.3→53.489 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2284 1640 5.13 %
Rwork0.1961 30332 -
obs0.1978 31972 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 200.75 Å2 / Biso mean: 65.5187 Å2 / Biso min: 25.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→53.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4868 0 35 124 5027
Biso mean--67.67 49.07 -
残基数----613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055020
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7836850
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.1752977
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05741
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005893
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.3-2.36770.33811320.28742525
2.3677-2.44410.32411000.28022521
2.4441-2.53150.28821470.25972499
2.5315-2.63280.28461540.2592502
2.6328-2.75260.29461430.24182518
2.7526-2.89770.2941280.23622515
2.8977-3.07930.27291270.22492534
3.0793-3.3170.25321490.19652500
3.317-3.65070.2541300.19952553
3.6507-4.17880.2121410.16772528
4.1788-5.26420.16071350.14212538
5.2642-53.4890.19371540.18842599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0869-0.298-0.44470.41760.3730.0104-0.49160.37050.1375-0.15290.54721.06480.104-0.0760.00050.418-0.0469-0.04890.3939-0.01240.5423-29.4205-4.3304-18.4836
20.55250.3067-0.0860.1162-0.33860.56610.3280.80990.02830.73970.15810.4927-0.5165-0.9270.02230.51140.019-0.02810.3647-0.00190.4401-17.602214.0078-21.8215
30.5970.80590.18830.1065-0.09570.66760.2271-0.0376-0.12870.2982-0.19730.0034-0.3916-0.1825-0.00140.3834-0.0275-0.00460.3370.03360.3578-7.523913.8823-17.8003
40.53820.48510.16581.593-0.56630.5279-0.4756-0.06641.0533-0.7264-0.09240.3826-1.54690.3765-0.28871.0145-0.40520.09980.53860.26530.19021.316122.1528-35.1423
50.0794-0.056-0.06930.00520.0442-0.029-0.65830.5147-0.0121-1.1550.4763-1.1464-1.00762.15140.00011.1225-0.40460.1721.1763-0.03390.90858.436216.8163-49.2042
60.1761-0.0024-0.1540.6666-0.22220.15640.24220.6048-0.38480.0477-0.2615-0.07320.01550.04930.00040.9442-0.0990.05330.922-0.05290.5775-6.16082.505-49.1067
7-0.00380.02370.06760.1708-0.16930.0811-0.49130.76910.4861-0.68410.203-0.0922-0.4920.16170.00141.0066-0.1928-0.01670.8672-0.14630.4769-16.7059-8.0965-48.9617
81.6998-0.1444-0.39280.1463-0.44861.3414-0.89131.1074-1.7545-2.50490.838-0.52020.17381.13890.42291.4585-0.50690.61791.0719-0.1420.25540.47836.9461-53.7539
90.9733-0.93471.15380.64-0.70082.5462-0.03840.31340.0973-0.91870.25430.39890.6097-0.1494-0.49351.0028-0.11380.09250.833-0.04040.5138-2.93627.7185-48.6945
100.95490.196-0.46652.5075-0.39850.2463-0.27810.953-0.42750.82360.6469-0.686-0.87120.82120.190.418-0.31150.03880.8540.02760.44154.674914.1765-24.9592
110.53010.3311-0.40390.6579-0.01180.2231-0.37960.5173-0.7453-0.46370.2008-0.28430.77910.4178-0.00080.6551-0.02430.0890.81590.10420.61462.35286.5428-32.5353
120.10510.2330.32940.3323-0.14450.3069-0.20910.3368-0.25-0.5210.2201-0.01210.05870.0688-0.03040.7458-0.0421-0.04350.59990.00340.4371-11.57184.9169-40.6033
131.0425-0.44220.03340.35180.43820.6811-0.2570.3308-0.1183-0.61260.10970.0298-0.003-0.01870.00010.5452-0.0062-0.01710.45620.09430.4294-8.436711.3022-33.5482
140.90430.55760.04481.1626-0.51290.6349-0.6243-0.1047-0.2156-0.50380.71890.12530.09780.08230.87080.6804-0.31330.00470.4092-0.16610.3427-17.091-5.3526-37.5752
150.6865-0.03460.07560.16750.17620.14650.18140.5897-0.1338-1.2572-0.605-0.2860.14832.025201.6159-0.21090.29130.8642-0.07670.7007-8.5054-11.3472-53.7169
160.55660.4087-0.02160.29340.05380.134-0.27760.63060.1144-0.57560.25380.30260.7716-0.95890.03130.8945-0.1308-0.0980.7848-0.01460.4404-19.0288-3.1811-39.1717
171.3766-0.6606-0.11030.14990.25280.73510.01610.53550.0444-0.12130.12190.203-0.14-0.2947-0.00040.5611-0.0152-0.12420.6020.01580.4791-24.81975.5817-33.7188
180.72930.05770.76050.0480.23910.85550.06940.22150.0216-0.414-0.1859-0.23480.13430.07240.00030.4484-0.02990.06130.39190.04370.3763-8.93019.1791-27.2632
190.48010.25480.2320.1826-0.05450.2275-0.5440.0921-0.1285-0.74390.0850.02240.26430.1971-0.04780.6655-0.1208-0.10020.47330.04680.3472-11.380810.5788-40.6065
200.10970.22240.30420.1031-0.42560.06430.30930.4954-0.2136-0.4951-0.47770.47010.59940.6937-0.00050.61190.00190.06190.5846-0.01270.6655-0.2087.4705-31.8191
210.40010.00930.81310.1532-0.5350.56190.51930.75440.56130.3796-0.3151-0.47430.12760.2419-0.00060.462-0.0109-0.02720.48440.07490.5309-13.5816-7.5711-20.8509
220.1525-0.02170.2434-0.3255-0.09470.37270.33150.4628-0.8159-0.6335-0.0825-0.29580.3755-0.10530.00040.4486-0.0263-0.01320.3902-0.03230.5001-14.8745-16.6137-16.8848
23-0.11850.056-0.00640.14030.1254-0.0208-0.18240.3037-0.340.31870.4273-0.02240.61090.1933-0.00010.38770.0570.04270.50860.02340.4146-1.152-6.7005-4.4361
240.47710.09480.1544-0.0840.46141.0259-0.09690.0904-0.0167-0.09120.2113-0.097-0.35240.4606-0.00020.3726-0.0727-0.0010.4049-0.00660.3986-0.78783.7224-4.9827
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400.00210.35490.06810.077-0.04160.055-0.0581-0.071-0.15040.1515-0.1306-0.03110.3573-0.40420.00030.29680.0084-0.00230.3610.01450.3608-11.091-6.436413.3542
41-0.10280.03840.1009-0.0007-0.03330.07840.1423-0.43480.4131-0.1433-0.1529-0.23220.2759-0.4399-0.00020.429-0.05510.08370.40970.00010.3955-12.15896.72467.3004
420.4438-0.32680.49930.5212-0.64360.1224-0.10020.0567-0.0772-0.16760.2650.0293-0.18240.1595-0.00010.32380.0263-0.0240.4124-0.00120.4168-21.82-3.0448-11.2239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:18)A1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 19:27)A19 - 27
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 28:49)A28 - 49
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 50:62)A50 - 62
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 63:73)A63 - 73
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 74:86)A74 - 86
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 87:99)A87 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 100:114)A100 - 114
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 115:135)A115 - 135
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 136:154)A136 - 154
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 155:165)A155 - 165
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 166:178)A166 - 178
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 179:195)A179 - 195
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 196:215)A196 - 215
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 216:234)A216 - 234
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 235:245)A235 - 245
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 246:265)A246 - 265
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 266:276)A266 - 276
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 277:286)A277 - 286
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 287:294)A287 - 294
21X-RAY DIFFRACTION21(chain A and resid 295:312)A295 - 312
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 1:18)B1 - 18
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 19:27)B19 - 27
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 28:49)B28 - 49
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 50:62)B50 - 62
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 63:73)B63 - 73
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 74:86)B74 - 86
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 87:99)B87 - 99
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 100:114)B100 - 114
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 115:129)B115 - 129
31X-RAY DIFFRACTION31(chain B and resid 139:154)B139 - 154
32X-RAY DIFFRACTION32(chain B and resid 155:165)B155 - 165
33X-RAY DIFFRACTION33(chain B and resid 166:178)B166 - 178
34X-RAY DIFFRACTION34(chain B and resid 179:195)B179 - 195
35X-RAY DIFFRACTION35(chain B and resid 196:215)B196 - 215
36X-RAY DIFFRACTION36(chain B and resid 216:234)B216 - 234
37X-RAY DIFFRACTION37(chain B and resid 235:245)B235 - 245
38X-RAY DIFFRACTION38(chain B and resid 246:265)B246 - 265
39X-RAY DIFFRACTION39(chain B and resid 266:276)B266 - 276
40X-RAY DIFFRACTION40(chain B and resid 277:286)B277 - 286
41X-RAY DIFFRACTION41(chain B and resid 287:294)B287 - 294
42X-RAY DIFFRACTION42(chain B and resid 295:312)B295 - 312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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