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Yorodumi- PDB-7yxh: Drosophila melanogaster JMJD7 (dmJMJD7) in complex with Mn and su... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7yxh | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Drosophila melanogaster JMJD7 (dmJMJD7) in complex with Mn and succinate | ||||||
 Components | GH14974p | ||||||
 Keywords | OXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE / OXYGENASE / JMJC / JMJC DOMAIN / JMJC DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 7 / JMJD7 / JMJC HYDROXYLASE / JMJC DEMETHYLASE / KDMS / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS / PTM / HYDROXYLATION / LYSYL HYDROXYLATION / DIMERISATION / TRANSLATION FACTOR / DEVELOPMENTALLY REGULATED GTP BINDING PROTEINS / DRG1 / DRG2 / TRAFAC GTPASE / HYPOXIA / NUCLEIC ACID- BINDING / METAL-BINDING / TRANSLATION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / DEVELOPMENT / CANCER / RIBOSOME BIOGENESIS | ||||||
| Function / homology |  Function and homology informationpeptidyl-lysine (3S)-dioxygenase / peptidyl-lysine 3-dioxygenase activity / Protein hydroxylation / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases) / circadian behavior / ferrous iron binding / endopeptidase activity / identical protein binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function  | ||||||
| Biological species | ![]()  | ||||||
| Method |  X-RAY DIFFRACTION /  SYNCHROTRON /  MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å  | ||||||
 Authors | Chowdhury, R. / Schofield, C.J. | ||||||
| Funding support |   United Kingdom, 1items 
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 Citation |  Journal: Sci Rep / Year: 2022Title: Conservation of the unusual dimeric JmjC fold of JMJD7 from Drosophila melanogaster to humans. Authors: Chowdhury, R. / Abboud, M.I. / Wiley, J. / Tumber, A. / Markolovic, S. / Schofield, C.J. #1:   Journal: Nat Chem Biol / Year: 2018Title: The Jumonji-C oxygenase JMJD7 catalyzes (3S)-lysyl hydroxylation of TRAFAC GTPases. Authors: Markolovic, S. / Zhuang, Q. / Wilkins, S.E. / Eaton, C.D. / Abboud, M.I. / Katz, M.J. / McNeil, H.E. / Lesniak, R.K. / Hall, C. / Struwe, W.B. / Konietzny, R. / Davis, S. / Yang, M. / Ge, W. ...Authors: Markolovic, S. / Zhuang, Q. / Wilkins, S.E. / Eaton, C.D. / Abboud, M.I. / Katz, M.J. / McNeil, H.E. / Lesniak, R.K. / Hall, C. / Struwe, W.B. / Konietzny, R. / Davis, S. / Yang, M. / Ge, W. / Benesch, J.L.P. / Kessler, B.M. / Ratcliffe, P.J. / Cockman, M.E. / Fischer, R. / Wappner, P. / Chowdhury, R. / Coleman, M.L. / Schofield, C.J.  | ||||||
| History | 
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule:  Molmil Jmol/JSmol | 
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format |  7yxh.cif.gz | 366.1 KB | Display |  PDBx/mmCIF format | 
|---|---|---|---|---|
| PDB format |  pdb7yxh.ent.gz | 304 KB | Display |  PDB format | 
| PDBx/mmJSON format |  7yxh.json.gz | Tree view |  PDBx/mmJSON format | |
| Others |  Other downloads | 
-Validation report
| Summary document |  7yxh_validation.pdf.gz | 733.8 KB | Display |  wwPDB validaton report | 
|---|---|---|---|---|
| Full document |  7yxh_full_validation.pdf.gz | 738.8 KB | Display | |
| Data in XML |  7yxh_validation.xml.gz | 23.7 KB | Display | |
| Data in CIF |  7yxh_validation.cif.gz | 33.2 KB | Display | |
| Arichive directory |  https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yxh | HTTPS FTP  | 
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7yxgSC ![]() 7yxiC ![]() 7yxjC ![]() 7yxkC ![]() 7yxlC S: Starting model for refinement C: citing same article (  | 
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology  F&H Search | 
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]() 
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 
  | ||||||||
| Unit cell | 
  | 
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB 
| #1: Protein | Mass: 36698.309 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q9VU77, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With 2-oxoglutarate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into each donor  | 
|---|
-Non-polymers , 5 types, 130 molecules 








| #2: Chemical | | #3: Chemical |  ChemComp-SIN /  | #4: Chemical | #5: Chemical |  ChemComp-MG /  | #6: Water |  ChemComp-HOH /  |  | 
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y | 
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method:  X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1  | 
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.46 % | 
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.4  Details: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium ...Details: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium acetate (or alternatively, 0.1 M barium chloride), and 0.002 M manganese chloride. Cryo-protection: 20% v/v ethylene glycol.  | 
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source:  SYNCHROTRON / Site:  Diamond   / Beamline: I24 / Wavelength: 0.96863 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 5, 2017 / Details: MIRRORS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: SI 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.96863 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.3→101.506 Å / Num. obs: 31994 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.127 / Rsym value: 0.114 / Net I/av σ(I): 5.1 / Net I/σ(I): 8.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 
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Processing
| Software | 
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| Refinement | Method to determine structure:  MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 7YXG Resolution: 2.3→53.489 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.77 / Stereochemistry target values: ML 
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 200.75 Å2 / Biso mean: 65.5187 Å2 / Biso min: 25.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→53.489 Å
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| Refine LS restraints | 
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 % 
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 
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| Refinement TLS group | 
  | 
Movie
Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
United Kingdom, 1items 
Citation




PDBj


