PDB-7x87: The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x87

タイトル

The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavibacterium album with sophotetraose observed as sophorose

要素

Beta-galactosidase

キーワード

TRANSFERASE / beta-1 / 2-glucosyltransferase / Glycoside hydrolase family 35

機能・相同性

Glycoside hydrolase 35, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 35 / Glycoside hydrolase, family 35 / Class I glutamine amidotransferase-like / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / Beta-galactosidase

機能・相同性情報

生物種

Ignavibacterium album (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: Characterization and structural analyses of a novel glycosyltransferase acting on the beta-1,2-glucosidic linkages.
著者: Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

履歴

登録	2022年3月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x87.cif.gz	325.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x87.ent.gz	251.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x87.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7x87_validation.pdf.gz	793 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x87_full_validation.pdf.gz	801.4 KB	表示
XML形式データ	7x87_validation.xml.gz	56.1 KB	表示
CIF形式データ	7x87_validation.cif.gz	83.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/7x87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/7x87	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vkwSC 7vkxC 7vkyC 7vkzC 7vl0C 7vl1C 7vl2C 7vl3C 7vl4C 7vl5C 7vl6C 7vl7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-galactosidase

B: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

170 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	165.135, 71.615, 130.308
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.894, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Beta-galactosidase

分子量: 84845.805 Da / 分子数: 2 / 変異: E343Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ignavibacterium album (バクテリア)
プラスミド: pET30a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I0AIT9

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 863 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 0.2M calcium acetate, 20%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→47.93 Å / Num. obs: 138455 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.79→1.82 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 6743 / CC_1/2: 0.57 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VKW

7vkw

解像度: 1.79→47.905 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / WR_factor R_free: 0.187 / WR_factor R_work: 0.154 / SU B: 2.725 / SU ML: 0.082 / Average fsc free: 0.9289 / Average fsc work: 0.9375 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2005	6808	4.917 %
R_work	0.1663	131642	-
all	0.168	-	-
obs	-	138450	99.969 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.597 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0.02 Å²
2-	-	-0.011 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.008 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→47.905 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11687	0	27	863	12577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	12019
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11307
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.591	1.643	16233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.381	1.583	26094
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.004	5	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.082	23.513	649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.266	15	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.766	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	13485
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2887
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	10761
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	5812
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	5428
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	783
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.049	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.149	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.35	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.3	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.087	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.518	1.663	5653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.505	1.663	5652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.255	2.486	7061
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.255	2.486	7062
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.283	1.913	6366
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.283	1.913	6367
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.625	2.755	9172
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.625	2.755	9173
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.822	19.381	13756
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.822	19.381	13757

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.79-1.836	0.315	476	0.27	9714	0.272	10216	0.823	0.833	99.7455	0.263
1.836-1.887	0.281	501	0.237	9368	0.239	9870	0.861	0.878	99.9899	0.225
1.887-1.941	0.236	474	0.212	9178	0.213	9652	0.903	0.91	100	0.196
1.941-2.001	0.226	463	0.193	8908	0.194	9371	0.917	0.925	100	0.176
2.001-2.066	0.219	466	0.184	8606	0.185	9072	0.926	0.934	100	0.165
2.066-2.139	0.208	409	0.173	8416	0.174	8825	0.934	0.943	100	0.156
2.139-2.219	0.192	447	0.161	8056	0.163	8503	0.947	0.952	100	0.144
2.219-2.31	0.198	394	0.155	7791	0.157	8185	0.947	0.957	100	0.138
2.31-2.412	0.204	379	0.155	7460	0.158	7839	0.945	0.954	100	0.137
2.412-2.53	0.187	379	0.146	7103	0.148	7482	0.953	0.961	100	0.13
2.53-2.666	0.192	318	0.149	6864	0.151	7183	0.951	0.963	99.9861	0.134
2.666-2.827	0.189	313	0.151	6436	0.153	6749	0.953	0.962	100	0.136
2.827-3.022	0.199	296	0.161	6090	0.163	6386	0.95	0.959	100	0.149
3.022-3.263	0.199	315	0.171	5642	0.173	5957	0.951	0.958	100	0.164
3.263-3.573	0.198	281	0.172	5190	0.173	5473	0.95	0.962	99.9635	0.168
3.573-3.991	0.17	279	0.147	4674	0.149	4954	0.968	0.973	99.9798	0.148
3.991-4.604	0.159	212	0.127	4162	0.129	4374	0.975	0.981	100	0.131
4.604-5.625	0.176	185	0.148	3590	0.149	3775	0.979	0.982	100	0.153
5.625-7.901	0.191	142	0.166	2772	0.168	2914	0.966	0.971	100	0.169
7.901-47.905	0.197	79	0.157	1623	0.159	1704	0.963	0.974	99.8826	0.179

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