PDB-7vl3: The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vl3

タイトル

The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavibacterium album with phenyl alpha-D-glucoside

要素

beta-1,2-glucosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / beta-1 / 2-glucosyltransferase Glycoside / hydrolase family 35 / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-1,2-glucosyltransferase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ignavibacterium album (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Characterization and structural analyses of a novel glycosyltransferase acting on the beta-1,2-glucosidic linkages.
著者: Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

履歴

登録	2021年10月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vl3.cif.gz	328.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vl3.ent.gz	253.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vl3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vl3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vkwC 7vkxC 7vkyC 7vkzC 7vl0C 7vl1C 7vl2C 7vl4C 7vl5C 7vl6C 7vl7C 7x87C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7vl7-d 7vkw-d 7vky-d 7vl6-d 7vl5-d 7vl1-d 7vl4-d 7vkz-d 7vl0-d 7vl2-d 7vkx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-1,2-glucosyltransferase

B: beta-1,2-glucosyltransferase

ヘテロ分子

167 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	165.124, 71.523, 130.151
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.004, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	beta-1,2-glucosyltransferase / Beta-galactosidase 分子量: 83165.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ignavibacterium album (strain DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16) (バクテリア) 株: DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16 / 遺伝子: IALB_1185 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: I0AIT9
#2: 化合物	ChemComp-7OL / (2R,3S,4S,5R,6R)-2-(hydroxymethyl)-6-phenoxy-oxane-3,4,5-triol / フェニルα-D-グルコピラノシド分子量: 256.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 949 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 0.2M calcium acetate, 20%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→47.88 Å / Num. obs: 131446 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6502 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.82→19.937 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 2.925 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2031	6529	4.971 %
R_work	0.1623	124802	-
all	0.164	-	-
obs	-	131331	99.899 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.121 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.002 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→19.937 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11666	0	37	949	12652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	12004
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11291
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.591	1.644	16209
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.388	1.584	26054
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.038	5	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.231	23.509	647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.442	15	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.683	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	13457
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2887
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	10913
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	5865
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	5514
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	885
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.051	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.06	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.133	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.057	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.587	1.716	5640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.586	1.716	5639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.383	2.565	7043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.383	2.565	7044
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.297	1.965	6364
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.297	1.965	6365
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.659	2.831	9166
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.658	2.831	9167
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.802	20.226	14010
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.801	20.226	14011

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.82-1.867	0.282	484	0.239	9114	0.241	9601	0.835	0.862	99.9688	0.213
1.867-1.918	0.272	502	0.22	8899	0.223	9402	0.871	0.895	99.9894	0.192
1.918-1.973	0.252	423	0.204	8641	0.206	9065	0.892	0.908	99.989	0.176
1.973-2.033	0.228	430	0.19	8416	0.192	8847	0.913	0.921	99.9887	0.164
2.033-2.099	0.225	434	0.179	8156	0.181	8592	0.926	0.937	99.9767	0.153
2.099-2.171	0.2	440	0.167	7858	0.169	8300	0.936	0.946	99.9759	0.144
2.171-2.252	0.214	411	0.16	7619	0.162	8030	0.939	0.95	100	0.138
2.252-2.343	0.222	372	0.156	7283	0.159	7655	0.937	0.952	100	0.134
2.343-2.446	0.196	340	0.148	7118	0.151	7458	0.951	0.958	100	0.127
2.446-2.563	0.215	376	0.151	6748	0.154	7124	0.939	0.956	100	0.132
2.563-2.699	0.202	321	0.148	6434	0.151	6755	0.947	0.961	100	0.131
2.699-2.86	0.184	315	0.152	6078	0.154	6393	0.957	0.962	100	0.136
2.86-3.053	0.212	305	0.162	5707	0.165	6012	0.942	0.956	100	0.15
3.053-3.291	0.211	286	0.169	5384	0.171	5670	0.946	0.954	100	0.16
3.291-3.595	0.203	253	0.17	4966	0.172	5219	0.95	0.959	100	0.164
3.595-4.003	0.163	225	0.147	4485	0.148	4711	0.967	0.972	99.9788	0.147
4.003-4.592	0.151	203	0.126	3991	0.128	4194	0.974	0.979	100	0.131
4.592-5.551	0.176	167	0.135	3452	0.137	3620	0.971	0.98	99.9724	0.14
5.551-7.563	0.162	154	0.153	2724	0.153	2878	0.965	0.972	100	0.152
7.563-19.937	0.188	88	0.149	1728	0.151	1816	0.973	0.977	100	0.156

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