PDB-7vl7: The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vl7

タイトル

The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavibacterium album with esculin

要素

beta-1,2-glucosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / beta-1 / 2-glucosyltransferase Glycoside / hydrolase family 35 / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-1,2-glucosyltransferase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ignavibacterium album (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Characterization and structural analyses of a novel glycosyltransferase acting on the beta-1,2-glucosidic linkages.
著者: Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

履歴

登録	2021年10月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vl7.cif.gz	324.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vl7.ent.gz	250.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vl7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vl7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vkwC 7vkxC 7vkyC 7vkzC 7vl0C 7vl1C 7vl2C 7vl3C 7vl4C 7vl5C 7vl6C 7x87C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7vky-d 7vl5-d 7vkw-d 7vl2-d 7vl3-d 7vl1-d 7vl6-d 7vkx-d 7vl0-d 7vl4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-1,2-glucosyltransferase

B: beta-1,2-glucosyltransferase

ヘテロ分子

167 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.494, 71.705, 129.817
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.820, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	beta-1,2-glucosyltransferase / Beta-galactosidase 分子量: 83165.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ignavibacterium album (strain DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16) (バクテリア) 株: DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16 / 遺伝子: IALB_1185 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: I0AIT9
#2: 化合物	ChemComp-7OU / 6-[(2S,3R,4S,5S,6R)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-7-oxidanyl-chromen-2-one / Esculin / エスクリン分子量: 340.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆O₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 796 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 0.2M calcium acetate, 20%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→47.9 Å / Num. obs: 115794 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.89→1.92 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5660 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→19.876 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 3.687 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.139 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2146	5805	5.018 %
R_work	0.174	109871	-
all	0.176	-	-
obs	-	115676	99.89 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.187 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.002 Å²	-0 Å²	0.001 Å²
2-	-	-0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→19.876 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11651	0	25	796	12472

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	11984
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11270
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.544	1.64	16186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.339	1.581	26006
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.113	5	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.144	23.498	646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.691	15	2149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.902	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	13452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	10958
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	5835
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	5574
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	781
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.099	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.231	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.088	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.546	1.946	5637
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.546	1.946	5636
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.28	2.911	7041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.28	2.912	7042
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.334	2.205	6347
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.334	2.205	6348
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.714	3.193	9145
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.714	3.193	9146
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.851	22.625	13884
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.813	22.49	13732

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.89-1.939	0.278	459	0.237	7987	0.239	8446	0.852	0.869	100	0.215
1.939-1.991	0.257	372	0.218	7874	0.22	8247	0.876	0.892	99.9879	0.195
1.991-2.048	0.252	447	0.207	7546	0.21	7993	0.887	0.901	100	0.183
2.048-2.111	0.241	401	0.198	7380	0.2	7782	0.901	0.917	99.9872	0.175
2.111-2.179	0.229	383	0.19	7195	0.192	7578	0.91	0.924	100	0.167
2.179-2.255	0.222	365	0.179	6912	0.182	7278	0.921	0.932	99.9863	0.158
2.255-2.339	0.236	358	0.18	6700	0.183	7059	0.919	0.929	99.9858	0.156
2.339-2.433	0.23	355	0.171	6432	0.174	6787	0.926	0.937	100	0.151
2.433-2.539	0.225	321	0.164	6240	0.167	6561	0.925	0.946	100	0.145
2.539-2.661	0.237	312	0.17	5924	0.173	6236	0.926	0.944	100	0.151
2.661-2.802	0.235	300	0.167	5645	0.17	5946	0.933	0.947	99.9832	0.15
2.802-2.968	0.212	267	0.179	5395	0.18	5662	0.939	0.945	100	0.164
2.968-3.168	0.23	236	0.176	5080	0.178	5316	0.939	0.951	100	0.167
3.168-3.415	0.229	230	0.186	4747	0.188	4977	0.939	0.947	100	0.18
3.415-3.73	0.194	219	0.175	4375	0.176	4594	0.959	0.962	100	0.173
3.73-4.152	0.17	214	0.142	3918	0.144	4132	0.97	0.974	100	0.145
4.152-4.76	0.142	188	0.129	3561	0.129	3749	0.98	0.98	100	0.134
4.76-5.747	0.19	149	0.153	3018	0.155	3167	0.971	0.976	100	0.159
5.747-7.808	0.186	149	0.165	2396	0.166	2545	0.967	0.971	100	0.167
7.808-19.876	0.208	80	0.176	1545	0.178	1627	0.973	0.979	99.8771	0.189

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