PDB-7vl6: The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vl6

タイトル

The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavibacterium album with arbutin

要素

beta-1,2-glucosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / beta-1 / 2-glucosyltransferase Glycoside hydrolase family 35 / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-1,2-glucosyltransferase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ignavibacterium album (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Characterization and structural analyses of a novel glycosyltransferase acting on the beta-1,2-glucosidic linkages.
著者: Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

履歴

登録	2021年10月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vl6.cif.gz	330.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vl6.ent.gz	254.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vl6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vl6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vkwC 7vkxC 7vkyC 7vkzC 7vl0C 7vl1C 7vl2C 7vl3C 7vl4C 7vl5C 7vl7C 7x87C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7vl1-d 7vl4-d 7vl3-d 7vl7-d 7vkw-d 7vl2-d 7vky-d 7vl5-d 7vl0-d 7vkx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-1,2-glucosyltransferase

B: beta-1,2-glucosyltransferase

ヘテロ分子

167 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	165.530, 71.846, 130.716
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.990, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	beta-1,2-glucosyltransferase / Beta-galactosidase 分子量: 83165.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ignavibacterium album (strain DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16) (バクテリア) 株: DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16 / 遺伝子: IALB_1185 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: I0AIT9
#2: 化合物	ChemComp-7OQ / (2R,3S,4S,5R,6S)-2-(hydroxymethyl)-6-(4-oxidanylphenoxy)oxane-3,4,5-triol / アルブチン分子量: 272.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₆O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 995 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 0.2M calcium acetate, 20%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→48.09 Å / Num. obs: 149359 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 7279 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→19.999 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 2.435 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1966	7448	4.99 %
R_work	0.161	141797	-
all	0.163	-	-
obs	-	149245	99.914 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.259 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.999 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11651	0	39	995	12685

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	12014
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11298
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.627	1.645	16229
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.394	1.584	26073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.884	5	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.982	23.498	646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.977	15	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.21	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	13483
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2889
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	2242
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	10415
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	5793
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	5345
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	817
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.053	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.168	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.059	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.5	1.614	5647
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.497	1.614	5646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.2	2.413	7057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.199	2.413	7058
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.364	1.874	6367
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.364	1.874	6368
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.713	2.693	9172
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.713	2.693	9173
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.799	19.104	13744
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.799	19.105	13745

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.75-1.795	0.299	489	0.252	10440	0.254	10929	0.852	0.857	100	0.226
1.795-1.844	0.254	484	0.23	10194	0.231	10678	0.878	0.889	100	0.2
1.844-1.897	0.244	533	0.206	9721	0.208	10254	0.9	0.909	100	0.175
1.897-1.955	0.235	490	0.188	9571	0.19	10062	0.91	0.927	99.9901	0.156
1.955-2.018	0.216	475	0.177	9303	0.179	9778	0.928	0.937	100	0.15
2.018-2.088	0.196	478	0.165	8982	0.166	9460	0.945	0.95	100	0.141
2.088-2.166	0.202	472	0.161	8609	0.163	9081	0.943	0.953	100	0.139
2.166-2.254	0.196	430	0.157	8424	0.159	8854	0.948	0.955	100	0.136
2.254-2.352	0.192	417	0.15	7923	0.152	8340	0.95	0.96	100	0.128
2.352-2.465	0.196	429	0.142	7688	0.145	8117	0.951	0.963	100	0.123
2.465-2.597	0.192	406	0.141	7260	0.144	7667	0.951	0.964	99.987	0.124
2.597-2.751	0.188	381	0.15	6916	0.152	7298	0.954	0.961	99.9863	0.132
2.751-2.937	0.201	325	0.154	6529	0.156	6855	0.95	0.961	99.9854	0.138
2.937-3.167	0.199	333	0.162	6067	0.164	6401	0.949	0.959	99.9844	0.149
3.167-3.46	0.201	293	0.165	5639	0.167	5933	0.954	0.962	99.9831	0.157
3.46-3.855	0.19	275	0.155	5083	0.157	5359	0.959	0.967	99.9813	0.151
3.855-4.424	0.156	236	0.128	4558	0.129	4794	0.975	0.978	100	0.128
4.424-5.353	0.147	234	0.135	3868	0.136	4102	0.979	0.982	100	0.136
5.353-7.312	0.191	169	0.158	3078	0.159	3247	0.967	0.971	100	0.155
7.312-19.999	0.173	99	0.16	1944	0.161	2043	0.975	0.972	100	0.163

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