PDB-7vkw: The apo structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavibact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vkw

タイトル

The apo structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavibacterium album

要素

beta-1,2-glucosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / beta-1 / 2-glucosyltransferase / Glycoside hydrolase family 35 / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-1,2-glucosyltransferase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Ignavibacterium album (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Characterization and structural analyses of a novel glycosyltransferase acting on the beta-1,2-glucosidic linkages.
著者: Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

履歴

登録	2021年10月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vkw.cif.gz	318.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vkw.ent.gz	247.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vkw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vkw_validation.pdf.gz	435.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vkw_full_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示
XML形式データ	7vkw_validation.xml.gz	52.7 KB	表示
CIF形式データ	7vkw_validation.cif.gz	78.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vkw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vkxC 7vkyC 7vkzC 7vl0C 7vl1C 7vl2C 7vl3C 7vl4C 7vl5C 7vl6C 7vl7C 7x87C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7vl7-d 7vl3-d 7vl1-d 7vl6-d 7vky-d 7vl2-d 7vkz-d 7vl0-d 7vl5-d 7vl4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-1,2-glucosyltransferase

B: beta-1,2-glucosyltransferase

170 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.649, 71.680, 129.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.390, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	beta-1,2-glucosyltransferase / Beta-galactosidase 分子量: 84846.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ignavibacterium album (strain DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16) (バクテリア) 株: DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16 / 遺伝子: IALB_1185 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: I0AIT9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 729 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

beta-1,2-glucosyltransferase / Beta-galactosidase

分子量: 84846.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ignavibacterium album (strain DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16) (バクテリア)
株: DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16 / 遺伝子: IALB_1185 / プラスミド: pET30a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: I0AIT9

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 729 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 0.2M calcium acetate, 20%(w/v) PEG 3350 PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→65.33 Å / Num. obs: 146514 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.156 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique obs: 7086 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→65.329 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 1.98 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1973	7304	4.993 %
R_work	0.1619	138988	-
all	0.164	-	-
obs	-	146292	99.376 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.393 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.001 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→65.329 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11651	0	0	729	12380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	11951
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.681	1.64	16137
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.453	1.581	25969
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.974	5	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.459	23.498	646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.065	15	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.935	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	13425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2876
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	10833
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	5875
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	5633
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	659
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.002	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.17	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.403	1.329	5632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.402	1.329	5631
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.094	1.988	7033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.094	1.988	7034
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.261	1.577	6319
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.26	1.578	6320
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.529	2.253	9104
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.529	2.253	9105
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.461	15.631	13702
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.437	15.522	13553

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.75-1.795	0.234	467	0.186	10088	0.189	10851	0.927	0.934	97.2721	0.157
1.795-1.845	0.208	474	0.169	9859	0.171	10526	0.939	0.949	98.1665	0.142
1.845-1.898	0.212	532	0.167	9596	0.17	10249	0.939	0.95	98.8194	0.142
1.898-1.956	0.206	474	0.167	9399	0.169	9983	0.942	0.951	98.8981	0.147
1.956-2.02	0.203	472	0.162	9084	0.164	9649	0.947	0.955	99.0362	0.143
2.02-2.091	0.195	454	0.159	8887	0.161	9386	0.95	0.958	99.5206	0.144
2.091-2.17	0.195	494	0.161	8535	0.162	9036	0.949	0.958	99.9225	0.146
2.17-2.259	0.206	398	0.159	8282	0.161	8682	0.949	0.958	99.977	0.146
2.259-2.359	0.202	440	0.153	7928	0.155	8368	0.949	0.96	100	0.139
2.359-2.474	0.197	421	0.148	7558	0.151	7979	0.952	0.964	100	0.138
2.474-2.608	0.213	389	0.156	7189	0.159	7578	0.945	0.959	100	0.148
2.608-2.765	0.173	382	0.157	6833	0.157	7215	0.958	0.962	100	0.149
2.765-2.956	0.224	330	0.167	6420	0.17	6759	0.94	0.956	99.8668	0.162
2.956-3.192	0.214	311	0.177	5970	0.178	6281	0.939	0.951	100	0.175
3.192-3.496	0.192	289	0.175	5530	0.176	5826	0.955	0.959	99.8799	0.176
3.496-3.908	0.203	271	0.167	5023	0.169	5296	0.949	0.961	99.9622	0.173
3.908-4.509	0.153	229	0.138	4429	0.139	4676	0.976	0.977	99.6151	0.147
4.509-5.516	0.17	234	0.148	3711	0.149	3945	0.975	0.98	100	0.16
5.516-7.773	0.217	153	0.175	2945	0.177	3098	0.96	0.967	100	0.183
7.773-65.329	0.173	88	0.172	1679	0.172	1780	0.972	0.968	99.2697	0.199

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)