PDB-7vl1: The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vl1

タイトル

The complex structure of beta-1,2-glucosyltransferase from Ignavibacterium album with methyl alpha-D-glucoside

要素

beta-1,2-glucosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / beta-1 / 2-glucosyltransferase Glycoside hydrolase family 35 / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-1,2-glucosyltransferase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ignavibacterium album (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Characterization and structural analyses of a novel glycosyltransferase acting on the beta-1,2-glucosidic linkages.
著者: Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M. / Taguchi, H.

履歴

登録	2021年10月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vl1.cif.gz	327.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vl1.ent.gz	252.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vl1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vl1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vl1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vkwC 7vkxC 7vkyC 7vkzC 7vl0C 7vl2C 7vl3C 7vl4C 7vl5C 7vl6C 7vl7C 7x87C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7vl2-d 7vl6-d 7vl7-d 7vkw-d 7vl3-d 7vky-d 7vl5-d 7vl4-d 7vl0-d 7vkx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-1,2-glucosyltransferase

B: beta-1,2-glucosyltransferase

ヘテロ分子

167 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	165.545, 71.827, 130.574
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.140, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

beta-1,2-glucosyltransferase / Beta-galactosidase

分子量: 83165.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ignavibacterium album (strain DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16) (バクテリア)
株: DSM 19864 / JCM 16511 / NBRC 101810 / Mat9-16 / 遺伝子: IALB_1185 / プラスミド: pET30a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: I0AIT9

#2: 糖

ChemComp-GYP / methyl alpha-D-glucopyranoside / METHYL-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSIDE / ALPHA-METHYL-D-GLUCOPYRANOSIDE / methyl alpha-D-glucoside / methyl D-glucoside / methyl glucoside / メチルα-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 925 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 0.2M calcium acetate, 20%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→48.06 Å / Num. obs: 194796 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.819 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 9587 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→44.187 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 1.905 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.197	9661	4.96 %
R_work	0.1712	185131	-
all	0.172	-	-
obs	-	194792	99.992 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.378 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.187 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11645	0	14	925	12584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	11967
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11267
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.672	1.642	16161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.435	1.582	25997
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.969	5	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.914	23.509	647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.973	15	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.279	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	13438
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2878
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	10360
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	5802
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	5409
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	712
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.094	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.071	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.152	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.097	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.464	1.417	5633
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.462	1.417	5632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.157	2.12	7036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.157	2.121	7037
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.41	1.671	6334
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.41	1.671	6334
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.74	2.389	9125
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.74	2.389	9126
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.754	16.778	13603
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.754	16.778	13604

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.642	0.314	714	0.286	13635	0.287	14351	0.788	0.806	99.9861	0.268
1.642-1.686	0.288	668	0.263	13240	0.264	13909	0.83	0.84	99.9928	0.24
1.686-1.735	0.256	660	0.233	12973	0.234	13634	0.866	0.88	99.9927	0.207
1.735-1.789	0.243	638	0.219	12533	0.22	13171	0.897	0.9	100	0.192
1.789-1.847	0.228	664	0.202	12139	0.203	12803	0.912	0.915	100	0.174
1.847-1.912	0.221	618	0.188	11763	0.19	12381	0.919	0.929	100	0.163
1.912-1.984	0.21	603	0.177	11324	0.179	11927	0.935	0.943	100	0.156
1.984-2.065	0.186	551	0.168	10999	0.169	11550	0.95	0.955	100	0.15
2.065-2.156	0.198	534	0.168	10514	0.169	11048	0.947	0.955	100	0.153
2.156-2.261	0.182	492	0.156	10076	0.157	10568	0.956	0.962	100	0.143
2.261-2.383	0.182	505	0.151	9542	0.152	10047	0.956	0.964	100	0.138
2.383-2.527	0.191	488	0.145	9022	0.147	9510	0.953	0.965	100	0.134
2.527-2.701	0.187	455	0.151	8483	0.153	8938	0.954	0.963	100	0.142
2.701-2.917	0.188	403	0.157	7985	0.159	8388	0.956	0.964	100	0.151
2.917-3.194	0.19	395	0.165	7284	0.166	7679	0.954	0.961	100	0.161
3.194-3.568	0.194	388	0.168	6603	0.169	6991	0.954	0.96	100	0.171
3.568-4.116	0.163	277	0.145	5911	0.146	6188	0.972	0.973	100	0.155
4.116-5.03	0.15	258	0.134	4986	0.135	5244	0.978	0.981	100	0.148
5.03-7.068	0.177	216	0.169	3876	0.17	4092	0.975	0.975	100	0.181
7.068-44.187	0.16	134	0.16	2242	0.16	2377	0.974	0.976	99.9579	0.181

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