PDB-7x0r: Crystal structure of substrate binding protein Lbp complexed wtih...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x0r

タイトル

Crystal structure of substrate binding protein Lbp complexed wtih guanosine from Clostridium thermocellum

要素

Lbp

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / ABC-transporter / substrate binding protein / guanosine

機能・相同性

GUANOSINE

機能・相同性情報

生物種

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Dong, S. / Yao, X. / Feng, Y.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32070125	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32170051	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32171203	中国

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Deciphering Cellodextrin and Glucose Uptake in Clostridium thermocellum.
著者: Yan, F. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Yao, X. / Chen, C. / Xiao, Y. / Bayer, E.A. / Shoham, Y. / You, C. / Cui, Q. / Feng, Y.

履歴

登録	2022年2月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x0r.cif.gz	352.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x0r.ent.gz	287.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7x0gC 7x0hC 7x0iC 7x0jC 7x0kC 7x0lC 7x0mC 7x0nC 7x0oC 7x0pC 7x0qC 2fqxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lbp

B: Lbp

ヘテロ分子

71.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Lbp

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lbp

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.830, 62.090, 81.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.700, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lbp 分子量: 35409.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GMP / GUANOSINE 分子量: 283.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.02 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M zinc acetate, 16% w/v polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.47→31.045 Å / Num. obs: 165622 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 1.774 % / B_iso Wilson estimate: 14.76 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 1.068 / Net I/σ(I): 9.73 / Num. measured all: 293817 / Scaling rejects: 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.47-1.51	1.615	0.373	2.15	19111	12964	11830	0.756	0.508	91.3
1.51-1.55	1.801	0.3	2.83	21427	12744	11898	0.842	0.402	93.4
1.55-1.59	1.821	0.244	3.38	21188	12320	11634	0.882	0.328	94.4
1.59-1.64	1.806	0.198	3.97	20165	11870	11164	0.923	0.266	94.1
1.64-1.7	1.761	0.164	4.67	18945	11578	10759	0.946	0.221	92.9
1.7-1.76	1.818	0.138	5.59	19641	11277	10804	0.96	0.186	95.8
1.76-1.82	1.796	0.115	6.67	18522	10776	10312	0.969	0.155	95.7
1.82-1.9	1.728	0.086	8.33	17165	10418	9934	0.983	0.117	95.4
1.9-1.98	1.785	0.068	10.11	16851	9966	9441	0.988	0.092	94.7
1.98-2.08	1.816	0.057	11.86	16531	9584	9101	0.991	0.077	95
2.08-2.19	1.794	0.049	13.52	15210	9033	8477	0.992	0.067	93.8
2.19-2.32	1.74	0.044	14.55	13963	8576	8023	0.993	0.06	93.6
2.32-2.48	1.809	0.041	15.54	14066	8087	7775	0.994	0.057	96.1
2.48-2.68	1.787	0.039	16.56	12764	7493	7143	0.994	0.054	95.3
2.68-2.94	1.718	0.036	17.43	11264	6908	6558	0.994	0.05	94.9
2.94-3.29	1.833	0.034	19.44	10895	6240	5943	0.995	0.046	95.2
3.29-3.8	1.765	0.031	20.06	9158	5502	5190	0.996	0.043	94.3
3.8-4.65	1.78	0.031	20.92	7854	4645	4413	0.995	0.043	95
4.65-6.57	1.72	0.031	20.04	5827	3571	3388	0.995	0.044	94.9
6.57-31.045	1.782	0.034	20.61	3270	1976	1835	0.994	0.048	92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FQX

2fqx

解像度: 1.47→31.045 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1736	3743	2.26 %
R_work	0.1565	161855	-
obs	0.1569	165598	94.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.46 Å² / B_iso mean: 21.1172 Å² / B_iso min: 7.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.47→31.045 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4617	0	48	529	5194
B_iso mean	-	-	14.02	32.72	-
残基数	-	-	-	-	624

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.47-1.4885	0.2419	133	0.2439	5766	91
1.4885-1.5081	0.2265	133	0.228	5799	91
1.5081-1.5288	0.2179	138	0.2173	5928	93
1.5288-1.5506	0.2218	140	0.2064	6016	94
1.5506-1.5738	0.194	133	0.2014	5987	95
1.5738-1.5984	0.2428	137	0.1945	6021	95
1.5984-1.6246	0.1991	140	0.1887	5945	94
1.6246-1.6526	0.2259	137	0.1863	5965	94
1.6526-1.6826	0.2326	136	0.1817	5923	92
1.6826-1.715	0.1772	139	0.1793	5913	95
1.715-1.75	0.2071	141	0.1791	6102	96
1.75-1.788	0.1937	142	0.1736	6101	96
1.788-1.8296	0.1969	140	0.1694	6121	96
1.8296-1.8754	0.1788	135	0.1564	5974	95
1.8754-1.9261	0.1603	138	0.1576	6072	95
1.9261-1.9827	0.1829	142	0.1492	6005	95
1.9827-2.0467	0.1753	139	0.1428	6072	95
2.0467-2.1199	0.1339	142	0.1343	5943	94
2.1199-2.2047	0.1756	138	0.1339	5990	94
2.2047-2.305	0.1617	137	0.1339	5911	93
2.305-2.4265	0.142	139	0.136	6115	96
2.4265-2.5785	0.1419	142	0.141	6085	96
2.5785-2.7774	0.1679	143	0.1418	6007	95
2.7774-3.0567	0.192	135	0.1413	6025	95
3.0567-3.4985	0.1424	144	0.1384	6038	95
3.4985-4.4058	0.1524	140	0.1367	6028	95
4.4058-31.04	0.1943	140	0.1961	6003	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2789	1.9137	0.8414	2.4017	1.8953	1.614	-0.043	-0.4302	0.3974	0.0237	-0.0008	0.0201	-0.1473	-0.256	0.0635	0.1373	-0.0061	0.02	0.142	-0.0037	0.0939	11.4054	-2.6061	34.5532
2	4.3507	-3.1669	1.2239	6.5848	-1.9887	3.4497	0.1454	-0.0934	-0.1578	-0.0002	0.0139	0.1745	0.1612	-0.1549	-0.1222	0.089	-0.0097	0.0326	0.0953	0.0073	0.0668	11.8233	-8.029	35.7425
3	5.1512	-0.3759	0.6482	6.4873	2.2253	5.3389	-0.0941	-0.0199	0.1509	0.2494	0.1595	-0.1993	-0.1378	-0.0286	-0.0699	0.1076	-0.0122	0.0013	0.0794	0.0167	0.1067	19.4469	2.8811	37.07
4	3.2641	0.4586	2.1726	2.4905	0.9378	3.2565	-0.07	0.201	0.1824	-0.1158	0.0642	-0.3298	-0.2097	0.2319	0.0067	0.1101	-0.0162	0.0415	0.134	0.0311	0.1612	22.644	2.4199	26.0612
5	2.2842	0.0112	1.3369	1.9079	0.7326	2.9528	-0.013	0.0798	0.0705	-0.0895	-0.0205	0.0193	-0.069	0.0567	0.0368	0.0938	0.0101	0.0126	0.0759	0.0203	0.0572	-0.7794	0.2022	11.3833
6	1.8593	-0.5278	1.2299	0.978	-0.2292	1.1765	0.0422	-0.0393	-0.0908	-0.0266	0.0099	0.0473	0.0858	-0.0707	-0.0541	0.1171	-0	0.0213	0.1065	0.0082	0.0869	1.0939	-6.776	21.5304
7	3.1004	1.1633	0.9622	3.3961	0.0532	1.6307	0.1905	0.5244	-0.2645	-0.9783	-0.2666	-0.0401	0.4473	0.4548	-0.0244	0.3756	0.0907	-0.0296	0.1996	-0.0661	0.177	5.1622	-13.2316	5.3321
8	2.9961	0.8854	-1.9188	8.3624	3.6257	3.5507	0.0028	0.2785	0.3328	-0.4726	0.0005	-0.1003	-0.4915	0.0108	-0.0162	0.1751	-0.0037	-0.0047	0.2028	0.044	0.1337	4.5829	6.9279	4.0669
9	4.9135	-1.5455	1.0446	1.2291	-1.368	1.8212	-0.0862	0.6305	0.0366	-0.0534	0.1233	-0.0176	-0.15	0.3647	0.0297	0.0983	0.0004	0.0154	0.1334	-0.0041	0.0698	-3.0795	-3.1479	44.4567
10	3.0881	2.5696	1.2532	8.292	3.0847	3.0045	0.0323	0.1542	-0.14	-0.0971	0.083	-0.092	0.1027	0.1313	-0.0899	0.0701	0.0007	0.034	0.1024	-0.0041	0.0695	-1.7729	-7.7598	43.688
11	4.6711	1.8341	1.2093	6.6704	-1.1032	2.8648	-0.0446	0.0616	0.157	-0.248	0.0224	0.1702	-0.1201	0.0242	0.009	0.0879	0.0178	0.0213	0.0836	-0.0111	0.09	-10.4384	2.7079	43.5739
12	3.81	-0.3165	2.0489	1.5426	-0.028	2.2911	-0.0716	-0.1589	0.137	0.0118	0.0044	0.1153	-0.1486	-0.1325	0.0711	0.0915	0.0069	0.0256	0.1199	-0.0124	0.1114	-12.9268	1.0021	54.8562
13	1.7586	-0.3031	0.9767	1.6142	-0.6492	2.0006	-0.0561	-0.0927	0.0544	0.078	0.0374	-0.033	-0.068	0.028	0.0223	0.0908	0.001	0.0127	0.1028	-0.0245	0.0701	11.1838	-0.0674	68.1726
14	1.3635	0.1926	0.5616	0.577	0.0647	0.8949	-0.0073	0.0331	-0.0164	0.0036	0.0257	-0.0227	0.0162	0.0871	-0.0228	0.1004	0.0054	0.0215	0.1018	-0.0066	0.0869	9.5148	-6.3753	57.547
15	3.2657	-1.4895	-0.4253	4.9763	0.0096	1.4723	-0.2056	-0.3312	-0.4388	0.3201	0.2088	0.3292	0.2349	-0.015	0.016	0.1949	0.018	0.0264	0.1622	0.029	0.1096	6.9389	-14.5935	73.2418
16	8.2923	-0.629	-0.4308	6.331	-2.622	4.2612	0.0124	-0.3353	0.2265	0.3738	-0.1018	0.2103	-0.1252	-0.0615	0.0664	0.1364	-0.0069	0.0207	0.1436	-0.053	0.0888	5.5062	5.4842	76.1962

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 45 through 61 )	A	45 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 62 through 88 )	A	62 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 89 through 111 )	A	89 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 112 through 149 )	A	112 - 149
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 150 through 211 )	A	150 - 211
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 212 through 315 )	A	212 - 315
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 316 through 339 )	A	316 - 339
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 340 through 355 )	A	340 - 355
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 43 through 61 )	B	43 - 61
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 62 through 88 )	B	62 - 88
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 89 through 111 )	B	89 - 111
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 112 through 149 )	B	112 - 149
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 150 through 211 )	B	150 - 211
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 212 through 315 )	B	212 - 315
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 316 through 339 )	B	316 - 339
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 340 through 355 )	B	340 - 355

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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