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Yorodumi- PDB-7x0k: Crystal structure of sugar binding protein CbpB complexed wtih ce... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7x0k | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of sugar binding protein CbpB complexed wtih cellotriose from Clostridium thermocellum | ||||||||||||
Components | CpbB | ||||||||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / ABC-transporter / substrate binding protein / cellodextrin | ||||||||||||
Function / homology | beta-cellotriose Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Acetivibrio thermocellus (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.7 Å | ||||||||||||
Authors | Dong, S. / Yao, X. / Feng, Y. | ||||||||||||
Funding support | China, 3items
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Citation | Journal: Mbio / Year: 2022 Title: Deciphering Cellodextrin and Glucose Uptake in Clostridium thermocellum. Authors: Yan, F. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Yao, X. / Chen, C. / Xiao, Y. / Bayer, E.A. / Shoham, Y. / You, C. / Cui, Q. / Feng, Y. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7x0k.cif.gz | 470.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7x0k.ent.gz | 396 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7x0k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7x0k_validation.pdf.gz | 963.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7x0k_full_validation.pdf.gz | 965.5 KB | Display | |
Data in XML | 7x0k_validation.xml.gz | 38.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7x0k_validation.cif.gz | 59.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0k | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7x0gC 7x0hC 7x0iC 7x0jC 7x0lC 7x0mC 7x0nC 7x0oC 7x0pC 7x0qC 7x0rC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45855.402 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acetivibrio thermocellus (bacteria) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #2: Polysaccharide | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.2 M Ammonium phosphate monobasic, pH 4.6, 22% w/v Polyethylene glycol 3350 |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: May 6, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→40.958 Å / Num. obs: 136991 / % possible obs: 95.6 % / Redundancy: 3.485 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 1.099 / Net I/σ(I): 6.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.7→40.958 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.69 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 72.61 Å2 / Biso mean: 21.8061 Å2 / Biso min: 6.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→40.958 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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