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Yorodumi- PDB-7x0p: Crystal structure of sugar binding protein CbpD from Clostridium ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7x0p | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of sugar binding protein CbpD from Clostridium thermocellum | ||||||||||||
Components | CbpD | ||||||||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / ABC-transporter / substrate binding protein / cellodextrin | ||||||||||||
Function / homology | Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Periplasmic binding protein-like I / Peripla_BP_4 domain-containing protein Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Acetivibrio thermocellus (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||||||||
Authors | Dong, S. / Yao, X. / Feng, Y. | ||||||||||||
Funding support | China, 3items
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Citation | Journal: Mbio / Year: 2022 Title: Deciphering Cellodextrin and Glucose Uptake in Clostridium thermocellum. Authors: Yan, F. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Yao, X. / Chen, C. / Xiao, Y. / Bayer, E.A. / Shoham, Y. / You, C. / Cui, Q. / Feng, Y. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7x0p.cif.gz | 193.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7x0p.ent.gz | 153.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7x0p.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0p | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7x0gC 7x0hC 7x0iC 7x0jC 7x0kC 7x0lC 7x0mC 7x0nC 7x0oC 7x0qC 7x0rC 5xssS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37500.410 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acetivibrio thermocellus (bacteria) Strain: ATCC 27405 / DSM 1237 / JCM 9322 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372 Gene: Cthe_2446 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A3DI69 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 0.1 M Sodium acetate, pH 4.5, 20% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 20, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→33.467 Å / Num. obs: 86939 / % possible obs: 94.7 % / Redundancy: 1.925 % / Biso Wilson estimate: 19.48 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 167390 / Scaling rejects: 32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5XSS Resolution: 1.5→33.467 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 102.52 Å2 / Biso mean: 36.4131 Å2 / Biso min: 10.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→33.467 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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